最終修正日
2020/3/7
インシリコ創薬受託研究サービス（MFDDサービス）
新型コロナウイルスに対するコンピュータシミュレーションによる医薬品設計についての分子機能研究所の取り組みを公開中
2020年7月2日
大阪大学感染症国際研究拠点とのウイルススパイクの中和抗体に関する共同研究論文が2020年7月2日付で米ウイルス雑誌J. Virol.（インパクトファクター：4.324）に受理されました
2020年5月5日
新型コロナウイルスSARS-CoV-2メインプロテアーゼダイマーの全系量子化学計算（フラグメント分子軌道法）を公開
2020年5月1日
プレスリリース：抗新型コロナウイルスSARS-CoV-2薬の医薬品候補リストを発表
世界初大規模仮想スクリーニング成果
国内最初のインシリコ創薬による新型コロナウイルス薬スクリーニングに関する査読論文受理：Motonori Tsuji. (2020) Potential anti-SARS-CoV-2 drug candidates identified through virtual screening of the ChEMBL database for compounds that target the main coronavirus protease. FEBS Open Bio, DOI:10.1002/2211-5463.12875.
FEBS Open Bio誌直近5年間のMost Read Articleとなりました
2020年4月27日
新型コロナウイルスSARS-CoV-2メインプロテアーゼダイマー（アポ型）のナノ秒スケールの分子動力学計算シミュレーションを公開
2020年3月7日
新型コロナウイルスSARS-CoV-2（2019-nCoV）主要プロテアーゼを阻害する既知医薬品のインシリコスクリーニング（コンピュータシミュレーション）による探索研究を公開
2020年2月25日
新型コロナウイルスに対する抗体医薬の分子設計に関する研究を公開
2019年12月11日
弘前大学大学院医学研究科との共同研究論文が2019年12月11日付で米薬理雑誌J. Pharmacol. Exp. Ther.（インパクトファクター：3.867）に受理されました
2019年11月3日
2019年に担当したMFDDインシリコ創薬受託研究サービスのお客様満足度が100%を達成！ほぼすべての受託研究で高インパクトファクターの国際査読誌への論文投稿準備に入っています
2019年9月5日
2019年6月に担当したMFDDインシリコ創薬受託研究サービスの成果を含む研究成果が国際フォーラムAsian-African Research Forum on Emerging and Reemerging Infections 2019で発表されました
2019年1月26日
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスWebページ開設
高度な創薬受託研究サービスを提供：30年の経験と実績
分子機能研究所は、1986年から1992年に九州大学大学院農学研究科農芸化学農業薬剤化学江藤守総研究室（1994年アメリカ化学会農薬研究国際賞受賞、2004年瑞宝中綬章叙勲受賞）とその流れを汲む大学での遷移状態アナログ薬剤の合成・生物活性と分子設計研究から始まり、1992年から2001年まで東京大学大学院薬学系研究科薬化学首藤紘一研究室（2005年タミバロテン承認、2010年瑞宝中綬章叙勲受賞）で実験創薬化学を修得、1998年からポストゲノム創薬を先導する「コンピュータ分子設計法の高度化とその有効性の実験的検証研究」に関する国家プロジェクトに参画、1980年代からコンピュータ薬物分子設計（CADD）システムの研究分野を牽引してきた東京大学薬学部医薬分子設計学研究室、東京大学発ベンチャー株式会社医薬分子設計研究所から2003年に独立し、それまで確立した手順のなかったホモロジーモデリング過程を科学的根拠に基づいて世界で最初に標準化した国産初のホモロジーモデリングソフトを研究開発製品化し、また、世界で初めて生体高分子側のインデュースドフィット効果も取り扱え、かつ、試行化合物の電荷をコンフォメーション毎に任意半経験分子軌道法でアサインしながらドッキングできる商用としては現在（2020年時点）も国産唯一のドッキングシミュレーションソフト（ドッキングスタディー、バーチャルスクリーニングシステム）を研究開発製品化している民間の研究機関です（分子機能研究所以外の国内民間企業が提供している国産ホモロジーモデリングおよび国産ドッキングあるいはインシリコスクリーニングソフトと呼ばれているものは国家プロジェクトや大学研究機関で開発されたフリーのプログラムのインターフェイス部分のみです）。
2003年から2014年までは研究成果を具現化したソフトウエア開発・高度化と販売を主体に、分子機能研究所独自の受託サービスも提供してきました。
2008年には分子機能研究所が提供した受託研究がScience誌に受理されるなど、多くの実績を持ちます。
京都大学発ベンチャー株式会社京都コンステラ・テクノロジーズ社（現株式会社インテージヘルスケア）と2015年3月から提供している創薬支援ACISSサービスを立案・企画し、かつ、分子機能研究所がその業務も実施してきた実績もあります。
分子機能研究所は長年の豊富な実験創薬化学研究を基盤としつつ、独自に必要な創薬基盤技術を研究開発できる技術力があるため、他社では取り扱い困難な難易度の高い研究にも対応可能です。
圧倒的費用対効果：営利を第一目的とせず、社会貢献・科学技術振興のための研究を第一目的としています
業界最安値を謳う他社サービスと個別計算メニューが同じ場合、納期は同じで、定価はその半額以下です。その上で、受託研究は他社以上の成果が期待できます。
さらに、分子機能研究所の活動は営利を第一目的としておらず、研究的価値が高ければ高いほど、最大半額以上の大幅な特別割引を適用します。アカデミックではさらにリーズナブルな費用で対応します。
MFDDインシリコ創薬受託サービスで使用する分子機能研究所独自開発プログラムはもちろん、GaussianやHyperChemなどの商用計算化学プログラムおよび計算化学オープンソースプログラムのそれぞれの開発元から商用利用許可を得ていますので安心してご利用いただけます。
ただし、受託できる数に限りがあり、予約が必要になる場合があります。
お見積もり、お問い合わせ
お客様の課題やご質問内容をお知らせください。業務仕様書、御見積り書をご用意いたします（無料）。
計算メニューの一例と価格表
料金は基本料金に個別計算料金が加算されます。下記料金はおおよその費用のご参考にしてください。ご予算をオーバーする場合にも大幅割引を適用して対応しますのでまずはご相談ください。
基本料金
| 基本料金 | 一般 200,000円（税別） アカデミック 100,000円（税別） |
個別計算料金
| 計算メニュー（一例） | 納期 | 価格（税別） |
|
高速ドッキングスクリーニング（バーチャルスクリーニング） 100万化合物 |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| 高信頼性ドッキングスクリーニング 1,000化合物 |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| 精密ドッキングスタディー解析 10化合物（エナンチオマー、ジアステレオマーを含む）、生体高分子側 500残基以下 インデュースドフィット効果（側鎖、主鎖、部分構造や全体構造）対応 |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| 類似化合物探索 500万化合物 |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| スクリーニング用三次元化合物ライブラリ構築 100万化合物 |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| ホモロジーモデリング 500残基以下 鋳型配列同一性 40%以上 |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| ホモロジーモデリング 500残基以下 鋳型配列同一性 40%未満 |
4週間 | 一般 300,000円 アカデミック 200,000円 |
| 分子動力学計算 500残基以下 10ns |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| QM/MM構造最適化計算（B3LYP/6-31G*:AM1:AMBER） 300残基以下 QM領域 10残基以下 |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| 全系量子化学計算一点計算（MP2/6-31G) 300残基以下 |
2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
| 詳細報告書等 | 2週間 | 一般 150,000円 アカデミック 100,000円 |
実際の受託サービスではお客様のご要望に合わせて、これら個別計算メニューの組み合わせで対応することになります。
納品物はお客様の使用環境に変換した結果データ類の電子媒体、簡易報告書、簡単な結果報告が基本となります。
詳細報告書が必要な場合は詳細報告書等オプションも選択して頂く必要があります。
最高品位の成果報告
受託内容にもよりますが、詳細報告書は、通算で数万報の論文を精読し、数十報の論文を執筆、20年以上の国際査読誌論文レフェリー経験のある研究者が、そのまま論文として投稿可能な状態にまで短期間で仕上げて提出しており、これまでも多くのお客様からご好評をいただいています。
対応可能技術の一例
MFDDインシリコ創薬受託サービスでは、単に依頼内容を実施するのではなく、分子機能研究所が事前調査や受託研究中に多数の論文調査を行い、お客様に最善の手法を提案します。
| 対応可能技術（一例） |
| ホモロジーモデリング（タンパク質、タンパク質−低分子複合体、タンパク質−タンパク質複合体、タンパク質−核酸複合体、等） |
| 二次構造予測（タンパク質） |
| 立体構造予測（タンパク質、核酸、低分子、等） |
| 分子動力学シミュレーション（タンパク質、核酸、低分子、等） |
| リガンド結合部位予測、基質結合部位予測、生体高分子間相互作用部位予測（タンパク質、核酸） |
| 精密ドッキングスタディー（生体高分子（タンパク質、核酸）−低分子、生体高分子−生体高分子、生体高分子−ペプチド、等）（生体高分子側の誘導適合効果（インデュースドフィット効果）も実施可能） |
| タンパク質−タンパク質ドッキング |
| 生体高分子システムモデリング（タンパク質、核酸、低分子、金属原子、水分子等から成る複合体、等） |
| インシリコスクリーニング（構造ベーススクリーニング、バーチャルスクリーニング） |
| 化合物データベース作成、化合物ライブラリ構築（低分子、等） |
| ドラッグデザイン（リード最適化、等） |
| 類似構造探索、類似化合物検索（リガンドベーススクリーニング） |
| 分子設計（低分子、等） |
| 量子化学計算、フラグメント分子軌道法計算（低分子、タンパク質−低分子、核酸−低分子、等） |
| QM/MM計算、ONIOM計算（低分子、タンパク質−低分子、核酸−低分子、等） |
| その他（メカニズム解析、遷移状態解析、反応経路探索、ナチュラル結合軌道解析（NBO解析）、等） |
過去の実施例
GPCR、イオンチャネル、トランスポーター、電子伝達系、光合成系などの膜貫通タンパク、核内受容体、各種受容体、PPI、輸送タンパク、抗原抗体、キナーゼ、プロテアーゼ、シンターゼなどの酵素、ペプチド医薬、DNA、RNAの核酸医薬等を標的とした多数の実績があります。
以下はこれまでに実施してきた受託研究の一例です。
| 過去の実施例（一例） |
| ねじれ結合17個からなる光学活性医薬候補化合物の精密ドッキングスタディー解析による最安定複合体構造予測 |
| 核内受容体を創薬ターゲットとしたリード探索と合成提案 |
| アポタンパク質を用いたインデュースドフィット効果を考慮した精密ドッキングスタディー解析 |
| 金属タンパク質のホモロジーモデリング、阻害剤との精密ドッキング解析、メカニズム解析 |
| ペプチドドッキングスタディーによる構造活性相関解析 |
| 抗原抗体ドッキングスタディーと最安定複合体構造に対するQM/MM（ONIOM）構造最適化計算 |
| DNAマイナーグルーブバインダーの精密ドッキングスタディー解析 |
| 6サブユニットから成る超巨大膜貫通型領域を持ち、かつ、巨大膜外領域からなる超巨大タンパク複合体アポフォームのホモローモデリングおよび立体構造予測と誘導適合効果を考慮した阻害剤の高精度ドッキングスタディーによるスコアリングおよびドッキングポーズ解析 |
| 膜貫通型タンパク質複合体全体構造のホモロジーモデリングと膜外および膜内領域の立体構造予測と医薬候補化合物とのドッキングポーズ予測 |
| DNAアプタマー（中分子）の精密ドッキングスタディー解析とQM/MM（ONIOM）構造最適化計算 |
| RNAアプタマーの精密ドッキングスタディー解析、QM/MM（ONIOM）構造最適化計算、全系量子化学計算（フラグメント分子軌道法）による構造活性相関解析 |
| 3500残基からなる超巨大複合体構造のホモロジーモデリング、1ns分子動力学シミュレーション、阻害剤結合サイト予測、医薬候補化合物の精密ドッキングスタディー解析と構造活性相関解析 |
| 輸送タンパクに対する150万化合物のインシリコスクリーニングと上位ヒット化合物に対する高信頼性ドッキングスクリーニングの組み合わせによるヒット絞り込み |
| 糖尿病、肥満、抗炎症、アルツハイマー、がん等のアンメット・メディカルニーズに対するパスウェイ検索による創薬ターゲット選定、ホモロジーモデリング、バーチャルスクリーニング、精密ドッキングスタディー解析、ファーマコフォアスクリーニング、デノボデザイン、リード最適化、合成ルート提案 |
分子機能研究所ではインフルエンザAウイルスに対する治療薬の研究開発やチクングニアウイルスを中和する抗体設計でも実績があります。
機能性材料などの低分子の分子設計、触媒設計や遷移状態解析や反応経路探索などの反応解析・反応設計にもご利用いただけます。
精密有機合成化学を基盤とした理論有機化学、反応理論、分子軌道理論、遷移状態理論の研究とプロセス化学への応用研究に関する多くの国際査読誌論文実績があり、有機EL材料や有機薄膜太陽電池材料などの機能性材料に関する実験・理論研究とこれら機能性材料に関する多くの国際特許取得実績があります。
分子機能研究所のコア技術
2005年の分子機能研究所ホームページ開設以来、分子機能研究所が保有するコア技術に関する多くのページを公開してきました。これらのページも一読してください。
生体高分子システム立体構造からのリガンド結合部位予測、構造ベースファーマコフォア予測、生体高分子間相互作用部位予測に関する特許を取得しており、これら手法および構造ベースファーマコフォアとリガンドファーマコフォアとの重ね合わせによる高精度ドッキングシミュレーション、バーチャルスクリーニング、構造ベーススクリーニング、リガンドベーススクリーニング、構造ベースファーマコフォアを用いたデノボデザインなどの応用技術に関する権利を保有しています。
継続的研究成果発表による信頼性
分子機能研究所が独自に研究している研究成果は継続して国際査読誌に受理されており、MFDDインシリコ創薬受託サービスの品質の信頼性に努めています。
特に、核内受容体を標的としたウエット実験、構造ベース創薬、医薬化学、リガンド認識メカニズム、サブタイプ選択性について30年間にわたる研究実績があります。
なお、受託研究結果を公開する場合、分子機能研究所の研究成果も引用していただく必要があります。
知的財産権*
分子機能研究所の提供するMFDDインシリコ創薬受託サービスでは、分子機能研究所が担当した部分に知的財産権が発生します。成果物の一部または全部を使用する場合、分子機能研究所を連名に入れていただく必要があります。連名にすることにより、学会や論文などの発表で必要なサポートが受けられます。
知的財産権を分子機能研究所が完全に放棄する必要のある場合は、学術利用と商用利用で条件が異なりますが、いずれの場合にも受託料金とは別途にロイヤリティーに関する契約を取り交わさせていただきます。
* 2018年より方針を変更しましたので、ご注意ください。
受託研究期間終了後のサポート
研究成果を連名にしていただくことにより、受託研究期間終了後も査読論文受理や特許明細書出願まで徹底的にサポートを行っており、英文・和文に関係なく即日校正にも対応します。論文中の図表に必要な高品位図表作成等にも対応しています。
受託研究結果の無保証
MFDDインシリコ創薬受託サービスでは、事前調査で十分な調査・検証を行い、お客様が納得されたのちに、研究委託業務契約を締結し、発注していただいています。逆に、ヒアリングや事前調査で明らかに技術範囲を超える課題については対応できない旨をお伝えすることがありますので、ご了承ください。
MFDDインシリコ創薬受託サービスは、研究であり、お客様にとって価値のある結果を保証するものではありません。期待した結果が得られない可能性もある事をご理解の上、発注してください。
サービスの流れ
| お問い合わせ |
| まずはお問い合わせフォームまたは電話にてご連絡ください。 |
| ▼ |
| 秘密保持契約（必要時） |
| 企業様などではヒアリング前に必要に応じて秘密保持契約をいたします。 |
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| ヒアリング |
| 日程調整を行い、Web会議（必要に応じて指定場所）にて現状の確認やお客様のご要望などをお伺いいたします。 |
| ▼ |
| 業務仕様書・お見積り書提案 |
| ヒアリングした内容を元に1週間程度で文献調査、実施可能性検討を実施し、納期を含む業務仕様書とお見積り書をご提案させていただきます。 |
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| ご契約・発注 |
| 研究委託業務契約など、発注に際して必要な契約をいたします。その後、正式発注をお願いします。 |
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| サービスのご提供 |
| 給付内容（業務仕様書）にて業務を実施いたします。 受託計算と同時に多数の文献調査を実施しますので、最善の手法をご提案させていただく場合があります。 お客様にご納得いただける場合は、追加費用のご負担なしに、納期までに変更業務を実施します。 なお、お客様より直接ご指示のあった追加業務に関しては新たなお見積りと納期変更が伴います。 |
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| 納品・報告 |
| 成果物に対して、ご確認いただきます。 お客様で検収していただいたのちに、結果報告と質疑・応答に対応いたします。 瑕疵等が見つかった場合には修正を行い、納品いたします。 |
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| ご入金 |
| 納品と同時に請求書を発行させていただきますので、通常は翌月末までに入金をお願いします。 翌月末締め、翌々月末入金にも対応いたします。分割でのお支払いなどにも対応しますのでご相談ください。 |
お問い合わせ
是非、分子機能研究所が提供するMFDDインシリコ創薬受託サービスを検討してみてください。
ご不明な点等ありましたら、お気軽にご連絡ください。
まずはお問い合わせください。
パンフレットはこちらから。
即日納品可能、分子量1,000程度までの中・低分子を対象とした、単純計算あるいは分子のイラスト素材作成などをお気軽にお試しいただける受託計算サービスもご用意しています。