分子機能研究所 インシリコ創薬受託研究サービス（MFDDサービス） ツイート
インシリコ創薬受託研究サービス（MFDDサービス）
Molecular Function Drug Design and Discovery サービス （MFDDサービス）
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| MFDDインシリコ創薬受託研究サービスは、単純な受託計算ではなく、事前に検証や論文調査を行い、最先端の構造ベース創薬（SBDD）やリガンドベース創薬（LBDD）、次世代の量子化学創薬（QMDD）などのインシリコ創薬技術を駆使して、お客様に最善の手法を提案します。 |
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分子機能研究所 MFDD: Molecular Function Drug Design and Discovery | |
| MFDDインシリコ創薬受託研究サービス | ||
| 構造ベース創薬（SBDD）やリガンドベース創薬（LBDD）技術を駆使してお客様の課題解決を支援するオーダーメイドの受託研究サービスです | ||
| 一般：20万円〜 アカデミック：10万円〜 |
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| ・ホモロジーモデリング ・立体構造予測/精密化 |
金属タンパク質、複雑な四次構造やキメラ構造も予測できます 鋳型がなくてもAlpha Foldと組み合わせて高精度モデルが予測できます |
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| アミノ酸配列さえ用意できればタンパク質分子の立体構造を予測し、精密化まで実施できます。 生体高分子（タンパク質や核酸）の安定性や着目残基の情報が予測できます。 精密化した立体構造を用いて、分子ドッキングやインシリコ/バーチャルスクリーニングが実施できます。 |
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| ・分子ドッキング ・結合部位予測/結合様式予測 ・親和性予測 |
複合体形成部位が既知のサイトドッキングだけでなく、生体高分子全体構造からアロステリックサイトを予測するなど、ブラインドドッキングにも対応しています | |
| 結合部位を予測して、分子ドッキングを実施することで着目化合物（医薬品、農薬、食品成分など）の結合様式や生体高分子との親和性が予測できます。 生体高分子−低分子ドッキングだけでなく、タンパク質−タンパク質ドッキングやタンパク質−ペプチドドッキングにも対応しています。 |
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| ・インシリコスクリーニング ・バーチャルスクリーニング |
インハウスデータベース、公共データベース、市販化合物データベースなど様々なデータベースを用いてスクリーニングできます | |
| 標的生体高分子に対する活性化合物（医薬品、農薬、食品成分など）をコンピュータ上で予測します（ヒット化合物といいます）。 数百万化合物から探索することも可能です。 ヒット化合物を生物評価することで偶然に頼るより実際に目的の活性が認められる可能性が格段に高くなります。 |
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| ・定量的構造活性相関解析 ・化合物デザイン/分子設計 |
活性化合物の構造から標的生体高分子を予測してSBDDを実施できます | |
| 分子ドッキングで構造活性相関解析を実施し、目的化合物（医薬品、農薬、食品成分など）の活性を予測します。 化合物デザイン/分子設計で活性向上を図ります。 シード/リード最適化に利用できます。 合成ルートデザインなども承っています。 |
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| リガンドベース創薬（LBDD）、ファーマコフォアベース創薬、分子動力学計算、量子化学計算による創薬も取り揃えています | ||
| リーフレットはこちら |
| お見積、お問い合わせ |
インシリコ創薬受託研究サービス（MFDDサービス）
| ホモロジー検索、アミノ酸配列アラインメント解析、ホモロジーモデリング、タンパク質二次構造予測、立体構造予測、生体高分子立体構造精密化、核酸（DNA、RNA）モデリング、ペプチドモデリング、複雑な生体高分子システムモデリング、分子動力学計算、分子シミュレーション、リガンド結合部位予測、基質結合部位予測、相互作用部位予測、分子ドッキング、誘導適合効果(インデュースドフィット)を考慮した生体高分子システム及びリガンドフレキシブルドッキング、タンパク質-リガンドドッキング、核酸-リガンドドッキング、タンパク質-タンパク質(ペプチド)ドッキング、化合物ライブラリー構築、化合物データベース作成、三次元化合物ライブラリー構築、インシリコスクリーニング、バーチャルスクリーニング、精密ドッキングスタディー解析、構造ベースファーマコフォア予測、結合様式予測、生体分子及び低分子の量子化学計算、フラグメント分子軌道計算、全系量子化学計算、インターフラグメント相互作用解析、QM/MM計算、ONIOM計算、電子相関MP2レベルでの振動解析による結合自由エネルギー計算、リガンドベースファーマコフォア予測、ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング、リガンドベースバーチャルスクリーニング、類似化合物検索、部分構造検索、類似構造探索、活性化合物からの標的予測(逆引き予測)、定量的構造活性相関解析、3D QSAR、ROC分析、分子設計、ドラッグデザイン、リード最適化、遷移状態解析、NBO解析、反応座標解析、合成ルート検索、逆合成解析による合成ルートデザイン、ADMET予測、生体分子ネットワーク・パスウェイ解析などを駆使して創薬化学研究の課題解決をトータルにサポートします。 |
医薬品、農薬、食品成分などの化合物ライブラリを保有しており、お客様のニーズにマッチした費用対効果の高いバーチャルスクリーニング（VS）をリーズナブルな価格でご利用いただけます。医薬品（ドラッグリポジショニング）、食品成分で複数の国際学術論文発表、国際特許取得の実績があります。
基本料金込みで、一般：70万円〜、アカデミック：35万円〜
MFDD VS（バーチャルスクリーニング）
MFDD VS（バーチャルスクリーニング）では最大100万化合物のバーチャルスクリーニングが基本料金込、一般：税抜70万円（内、基本料金20万円、本体50万円）〜、アカデミック：税抜35万円（内、基本料金10万円、本体25万円）〜、と非常にリーズナブルな価格でご利用いただけます。納期も2週間と短期間です。オーダーメイドの学術研究成果が高品質でありながら低価格で実現でき、費用対効果も抜群です（多数の学術論文、特許明細書出願、国際学会、国内学会での成果発表の実績があります）。
分子機能研究所が保有する、HTSライブラリ（約300,000化合物）、ドラッグライブラリ（約13,000化合物）、天然物化合物ライブラリ（約20,000化合物）、食品成分ライブラリ（約20,000化合物）の構造ベースバーチャルスクリーニング（SBVS）を実施される場合は、スクリーニング用三次元化合物ライブラリ構築費用は不要です。
さらに、AlphaFold2の予測構造を使用する場合はホモロジーモデリングや生体高分子立体構造精密化にかかる費用も不要です。
プレスリリース：分子機能研究所と東京大学がバーチャルスクリーニングによるドラッグリポジショニングで成果
プレスリリース：分子機能研究所がバーチャルスクリーニングで有効成分を発見
プレスリリース：新型コロナウイルス（COVID-19）治療薬候補化合物リストを発表：世界最高水準のコンピュータシミュレーションによる医薬品分子設計方法論で成果
プレスリリース：抗新型コロナウイルスSARS-CoV-2薬の医薬品候補リストを発表
最近の実績
新型コロナウイルス（COVID-19）治療薬研究では世界初の大規模バーチャルスクリーニングを実施し、SARS-CoV-2複製増殖抑制や感染予防に関する研究成果を国内外にいち早く発信し、世界的に注目されています。
東京大学医学部との共同研究ではドラッグライブラリ（10,409化合物）を用いたバーチャルスクリーニングで複数のドラッグリポジショニング候補化合物（EC50値：0.6nM〜）を発見しています。
食品成分についても構造未決定の味覚受容体、膜貫通タンパク質（GPCR）、を標的としたバーチャルスクリーニングにより有効成分を発見することに成功しています。
がんを標的とした東京大学との研究ではやはりドラッグリポジショニングの観点に基づく嗅覚受容体（GPCR）に対するバーチャルスクリーニングを分子機能研究所が担当し、東京大学が細胞評価系を用いてヒット化合物中に複数の新規リガンド(作動薬や拮抗薬)の同定に成功しています。
バーチャルスクリーニングでの成果以外にも、分子ドッキングによる仮説の裏付けでも多数の学術論文実績があります。
目次
・ 研究結果の無保証（免責事項）
・ 2000年以前の医薬化学、生物有機化学、精密有機合成化学関連論文
2026年3月6日
2025年10月2日
プレスリリース：分子機能研究所と東京大学がバーチャルスクリーニングによるドラッグリポジショニングで成果
2025年9月25日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果、「Effects of the number of ethylene glycol units on the efficacy of novel complex I inhibitor 9bw」が日本大学から第84回日本癌学会学術総会で発表されました
2025年9月
分子機能研究所大阪研究拠点着工2027完成予定
2025年8月30日
2025年8月30日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究の研究成果、「In silicoスクリーニングを利用した、嗅覚受容体を標的としたがん治療薬シード化合物の探索研究」、が東京大学薬学部池谷研究室から次世代を担う若手のための創薬・医療薬理シンポジウム2025(宮城)で発表されました
2025年7月11日
令和7年度公益財団法人横浜工業会学術研究等助成金贈呈式・講演会にて辻一徳が「原子動力学ソフトウェアによる分子ドッキング計算の創薬応用への評価」と題して成果発表を行いました
2025年6月25日
化学工業日報紙CCS特集に分子機能研究所の記事「独自ノウハウで創薬支援」が掲載されました
2025年6月14日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が東京医科大学からEULAR 2025 Congress（バルセロナ）で発表されました
2025年5月7日
プレスリリース：分子機能研究所がインシリコ創薬で製薬メーカーからロイヤリティを受領。分子ドッキングとホモロジーモデリングでも成果
2025年4月14日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が日本大学から第84回日本癌学会学術総会（金沢、2025年9月25-27日）で発表されます
2025年3月14日
2025年3月13日
2025年1月11日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が東京医科大学からEULAR 2025 Congress（バルセロナ、2025年6月11-14日）で発表されます
2025年1月9日
プレスリリース：分子機能研究所、東京農工大学、株式会社ティムスとの共同研究成果「生理活性脂質によるドメイン内アロステリック制御が炎症関連酵素の活性調節に関わることを発見」がプレスリリースされました
2024年12月15日
2024年10月12日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究の研究成果、「ドッキングスクリーニングを用いた嗅覚受容体を標的としたがん治療医薬品候補化合物の探索」、が東京大学薬学部池谷研究室から第151回日本薬理学会関東部会で発表されました
2024年9月10日
プレスリリース：分子機能研究所がMFDDインシリコ創薬受託研究サービスで量子化学計算による生体高分子のシミュレーション・解析サービスを充実
2024年7月9日
公益財団法人横浜工業会 学術研究等助成金贈呈式にて贈呈状が分子機能研究所代表辻一徳に授与されました
2024年6月26日
化学工業日報紙CCS特集に分子機能研究所の記事「インシリコ創薬技術強み」が掲載されました
2024年6月11日
令和6年度公益財団法人横浜工業会研究開発助成、「産学連携に対する研究開発助成」に「原子動力学ソフトウェアによる分子ドッキング計算の創薬応用への評価」が採択されました
2024年6月9日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が東京大学医学部から第45回日本炎症・再生医学会（7月17日、福岡）にて発表されます
2024年4月9日
プレスリリース：分子機能研究所と理科研株式会社がインシリコ創薬分野で代理店契約を締結
2024年4月4日
理科研株式会社（本社：東京都文京区本郷）とMFDDインシリコ創薬受託研究サービスの代理店契約を締結
2024年4月1日
分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学の共同研究「構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究」が2024年度生体医歯工学共同研究拠点共同研究プロジェクトに採択されました
2023年12月6日
2023年11月7日
CCSnewsで分子機能研究所が担当しているインシリコ創薬の受託・共同研究と研究成果に関する記事が取り上げられました
2023年11月1日
プレスリリース：分子機能研究所が大阪大学、京都府立医科大学とがん治療薬の開発を目指した共同研究を開始
2023年10月30日
一般の個別計算メニューについて単価を改定しました。ご理解をお願い致します
2023年10月23日
プレスリリース：分子機能研究所がインシリコスクリーニングで有効成分を発見
2023年8月10日
辻一徳が「AutoDockおよびAutoDock Vinaの概要と使用方法：フリーソフトだけで実施する構造ベースドラッグデザイン」と題して北海道科学大学（計算科学技術を成長的発展に導くプロフェッショナル人材育成の足場づくり）で招待講演（講演と実演で180分）を行いました
2023年7月1日
分子機能研究所創立20周年を迎えました
2023年6月29日
化学工業日報紙CCS特集で分子機能研究所のMFDDインシリコ創薬受託研究に関する記事が掲載されました
2023年6月16日
2023年6月5日
プレスリリース：MFDDインシリコ創薬受託研究サービス「基本料金半年間無料キャンペーン」を実施 〜分子機能研究所創立20周年記念〜
2023年6月1日−2023年9月30日
祝20周年記念 半年間基本料金無料キャンペーン
2023年5月26-27日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が第66回春季日本歯周病学会学術大会にて発表されます
2023年4月1日
分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学の共同研究「構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究」が2023年度生体医歯工学共同研究拠点共同研究プロジェクトに採択されました
2023年4月1日
個別計算メニューの一部について単価を改定しました。ご理解をお願い致します
2023年3月1日−2023年5月31日
祝20周年記念 半年間基本料金無料キャンペーン
2022年11月27日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が第1回日本唾液ケア研究会学術集会で発表されます
2022年11月10日
第50回構造活性相関シンポジウムで辻一徳が「インシリコスクリーニングとCADDによるCOVID-19治療薬候補化合物の探索研究」と題して口頭発表を行います
2022年9月21日
プレスリリース：新型コロナウイルス（COVID-19）治療薬候補化合物リストを発表：世界最高水準のコンピュータシミュレーションによる医薬品分子設計方法論で成果
2022年9月20日
COVID-19治療薬候補候補化合物リストに関する辻一徳の学術論文がオンライン出版されました。Virtual screening and quantum chemistry analysis for SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase using the ChEMBL database: Reproduction of the remdesivir-RTP and favipiravir-RTP binding modes obtained from cryo-EM experiments with high binding affinity. Int. J. Mol. Sci. 23, 11009, 2022.
2022年9月17日
COVID-19治療薬候補化合物リスト、世界最高水準のコンピュータシミュレーションによる医薬品分子設計方法論に関する辻一徳の学術論文がInternational Journal of Molecular Sciences誌（インパクトファクター：6.208）に受理されました
2022年6月29日
化学工業日報紙CCS特集で分子機能研究所のMFDDインシリコ創薬受託研究・共同研究に関する記事が掲載されました
2022年6月23日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果がIADR/APP General Session国際学会（成都）で発表されました
2022年6月16日
抗SARS-CoV-2薬に関する辻一徳の論文に対してTop Downloaded Article証明書がWiley社から授与されました
2022年6月15日
分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果がEuroPrio10国際学会（コペンハーゲン）で発表されました
2022年5月1日
分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学の共同研究「構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究」が2022年度生体医歯工学共同研究拠点共同研究プロジェクトに採択されました
2022年3月4日
生体医歯工学共同研究拠点＜文部科学省 共同利用・共同研究拠点＞ 令和3年度成果報告会（オンライン開催）にて「COVID-19治療薬開発を目的としたERリガンドの構造展開」、お茶の水女子大学、分子機能研究所、大阪大学、東京医科歯科大学の共同研究成果が発表されました
2022年2月11日
東京大学医学部とのMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が第5回日本免疫不全学会・自己炎症学会総会・学術集会で発表（オンライン）されました
2021年10月9日―10月11日
第63回歯科基礎医学会学術大会で分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含むCOVID-19感染予防研究に関する2件のポスター発表（オンライン）が行われました
2021年10月4日
プレスリリース：口腔内における新型コロナウイルスの主要感染経路を阻害
2021年10月1日
新型コロナウイルスに関するMFDDインシリコ創薬受託研究サービスの成果を含む研究成果がThe 14th International Conference of Asian Academy of Preventive Densityで発表されました
2021年9月3日
新型コロナウイルスに関するMFDDインシリコ創薬受託研究サービスの成果を含む研究成果が2021年9月3日付でPLOS ONE誌（インパクトファクター：3.24）に受理されました
2021年6月23日
* ケムフィズ社はタミバロテン(商品名：アムノレイク、東光薬品工業株式会社)の開発のほか、フルメット(協和発酵バイオ株式会社。シャインマスカットなどでの使用)を開発した企業です
2021年5月14日
一般社団法人企業研究会（オンライン、13:15-14:45）にて辻一徳が依頼講演「構造ベース創薬基盤技術の研究開発とその応用 −核内受容体リガンド、COVID-19治療薬のドラッグデザイン−」を行います
2021年4月1日
分子機能研究所（研究代表）、大阪大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学の共同研究「構造ベース創薬に基づく抗SARS-CoV-2薬候補化合物の探索研究」が2021年度生体医歯工学共同研究拠点共同研究プロジェクトに採択されました
2021年3月19日―3月22日
日本化学会第101回年会で分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含むCOVID-19感染予防研究に関する2件のポスター発表（オンライン）が行われました
2021年3月18日―3月21日
植物フィトケミカル及びその代謝物のSARS-CoV-2に関する兵庫県立大学、分子機能研究所、富山県立大学との共同研究が日本農芸化学会2021年度大会（仙台、オンライン）で発表されます
2021年3月5日
生体医歯工学共同研究拠点＜文部科学省 共同利用・共同研究拠点＞ 令和2年度成果報告会（オンライン開催）にて「構造ベース創薬に基づくCOVID-19治療薬候補化合物の探索研究」について発表します
2021年2月18日
世界初大規模仮想スクリーニング成果、国内最初の抗新型コロナウイルス治療薬に関する辻一徳の査読論文 Motonori Tsuji. Potential anti-SARS-CoV-2 drug candidates identified through virtual screening of the ChEMBL database for compounds that target the main coronavirus protease. FEBS Open Bio, DOI:10.1002/2211-5463.12875. が海外で高く評価され、FEBS Open Bio誌Award対象論文に選ばれました
2020年12月22日
分子機能研究所（研究代表）、大阪大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学の共同研究「構造ベース創薬に基づく抗SARS-CoV-2薬候補化合物の探索研究」が2020年度生体医歯工学共同研究拠点共同研究プロジェクトに採択されました
2020年10月17日
奨励賞（首藤賞）を受賞しました
第31回日本レチノイド研究会学術集会でCOVID-19治療薬に関する発表を行います
2020年9月28日―11月30日
兵庫県立大学とのMFDDインシリコ創薬受託研究成果が国立研究開発法人科学技術振興機構イノベーションジャパン2020、「植物成分及びその代謝産物によるコロナウイルスのプロテアーゼ阻害」、で出展されます
2020年9月15日
製薬メーカーとのMFDDインシリコ創薬受託研究論文が2020年9月15日付で日本薬学会誌、Chem. Pharm. Bull.に受理されました
2020年8月14日
SARS-CoV-2スパイクグリコプロテインとhuman ACE2のタンパク―タンパクドッキングシミュレーションを公開
2020年7月2日
2020年5月5日
新型コロナウイルスSARS-CoV-2メインプロテアーゼダイマーの全系量子化学計算（フラグメント分子軌道法）を公開
2020年5月1日
プレスリリース：抗新型コロナウイルスSARS-CoV-2薬の医薬品候補リストを発表
世界初大規模仮想スクリーニング成果
国内最初の新型コロナウイルス治療薬に関する査読論文受理：Motonori Tsuji. (2020) Potential anti-SARS-CoV-2 drug candidates identified through virtual screening of the ChEMBL database for compounds that target the main coronavirus protease. FEBS Open Bio, DOI:10.1002/2211-5463.12875.
FEBS Open Bio誌直近5年間のMost Read Article、かつ、直近2年間のMost Cited Articleとなりました
2020年4月27日
新型コロナウイルスSARS-CoV-2メインプロテアーゼダイマー（アポ型）のナノ秒スケールの分子動力学計算シミュレーションを公開
2020年3月7日
新型コロナウイルスSARS-CoV-2（2019-nCoV）主要プロテアーゼを阻害する既知医薬品のインシリコスクリーニング（コンピュータシミュレーション）による探索研究を公開
2020年2月25日
新型コロナウイルスに対する抗体医薬の分子設計に関する研究を公開
2019年12月11日
2019年11月3日
2019年に担当したMFDDインシリコ創薬受託研究サービスのお客様満足度が100%を達成！ほぼすべての受託研究で高インパクトファクターの国際査読誌への論文投稿準備に入っています
2019年9月5日
2019年6月に担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が大阪大学感染症国際研究拠点から国際フォーラムAsian-African Research Forum on Emerging and Reemerging Infections 2019で発表されました
2019年1月26日
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスWebページ開設
高度な創薬化学受託研究サービスを提供：35年以上の経験と実績
分子機能研究所は、1986年から1992年に九州大学大学院農学研究科農芸化学農業薬剤化学江藤守総研究室（1994年アメリカ化学会農薬研究国際賞受賞、2004年瑞宝中綬章叙勲受賞）とその流れを汲む大学での遷移状態アナログ薬剤の合成・生物活性と分子設計研究、特に、植物発芽生長開花と昆虫変態に関する細胞組織の分化・増殖・恒常性にかかわる受容体発見を目指した有機合成化学を基盤とする研究から始まり、1992年から2001年まで東京大学大学院薬学系研究科薬化学首藤紘一研究室（2005年タミバロテン承認、2010年瑞宝中綬章叙勲受賞）で有機合成化学を基盤とした動物の発生・分化・増殖・恒常性にかかわるレチノイン酸受容体を主とする核内受容体を標的とした実験創薬化学、特に、レチノイド化学を展開し、1998年から東京大学分子細胞生物学研究所でのポストゲノム創薬を先導する「コンピュータ分子設計法の高度化とその有効性の実験的検証研究」に関する国家プロジェクト（医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構）に参画、1980年代からコンピュータ薬物分子設計（CADD）システムの研究分野を牽引してきた東京大学薬学部医薬分子設計学研究室、東京大学発ベンチャー株式会社医薬分子設計研究所から2003年に独立し、それまで確立した手順のなかったホモロジーモデリング過程を科学的根拠に基づいて世界で最初に標準化した国産初のホモロジーモデリングソフトを研究開発製品化し（商用としては現在も国産唯一のホモロジーモデリングソフト）、また、世界で初めて生体高分子側のインデュースドフィット効果も取り扱え、かつ、試行化合物の電荷をコンフォメーション毎に任意半経験分子軌道法でアサインしながらドッキングできる商用としては現在も国産唯一のドッキングシミュレーションソフト、及び、これをクラスター化したバーチャルスクリーニングソフトを研究開発製品化している民間の研究機関です。インシリコ創薬、特に構造ベース創薬の更なる高度化と国内外オープンソースプログラムや商用プログラムを統合した革新的インシリコ創薬システム開発、及び、国内外研究機関との受託研究や共同研究で長年の豊富な実績があります。加えて、新規生物活性化合物（医農薬品）や分子標的発見、基盤である基礎有機化学（理論有機化学）では計算化学を駆使して医農薬品を目的通りに合成するための立体選択性起源の統一理論完成やビルディングブロックとしてのカルボラン化学、カルボラン生物活性化合物分野のパイオニアとしての実験創薬化学の長年の豊富な実績もあります。ドラッグリポジショニングやドラッグリユージングの戦略により、ドラッグラグやドラッグロスの課題解決にも取り組んでいます。副作用を抑制する目的で受容体サブタイプ選択性問題に取り組んでおり、次世代インシリコ創薬技術である量子化学創薬（QMDD）技術の開発を進めており、複数の成功事例を論文発表しています。QMDD技術を普及させることで、AI創薬が今後ますます高精度化することが期待されます。新型コロナウイルス（COVID-19）治療薬研究では世界初の大規模インシリコスクリーニングを実施し、SARS-CoV-2複製増殖抑制や感染予防に関する研究成果を国内外にいち早く発信しています。
サリチオン（アセチルコリンエステラーゼ阻害剤、有機リン系殺虫剤、遷移状態アナログ）
タミバロテン（AM80：レチノイン酸レセプターアゴニスト、急性前骨髄球性白血病治療薬）
ヒドロキシカルボラン（世界で初めてオルト、メタ、パラ全異性体のハイドロキシ-カルボラン（C2B10OH12）を求核置換反応で合成に成功（1999年）、現在は様々な医薬品、農薬や機能性材料のビルディングブロックとして利用されている）。カルボランを薬剤に導入してがん細胞だけを破壊するホウ素中性子補足療法（BNCT）への展開でも注目。カルボラン生物活性化合物分野のパイオニアとしての実験創薬化学の長年の豊富な実績をもつ
2003年から2014年までは研究成果を具現化したソフトウエア開発・高度化と販売を主体に、分子機能研究所独自の受託サービスも提供してきました。
20年間にわたる大学研究機関・国立研究機関・民間研究機関のインシリコ創薬の受託研究やコンサルタントを実施してきた長年の信頼と豊富な実績があります。
2008年には分子機能研究所が提供した受託研究がScience誌に受理されるなど、多くの実績を持ちます。
Science, 319, 624-7, 2008.
分子機能研究所は長年の豊富な実験創薬化学研究を基盤としつつ、独自に必要な創薬基盤技術を研究開発できる技術力があるため、他研究機関では取り扱い困難な難易度の高い研究にも対応可能で、Gタンパク質共役受容体（G protein-coupled receptor、GPCR）、ADC（Antibody-Drug Conjugate）やPROTAC(Proteolysis Targeting Chimera)などの創薬モダリティーにも対応しています。
| 分子機能研究所コア技術 |
| 生体高分子システム立体構造からのリガンド結合部位予測、構造ベースファーマコフォア予測、生体高分子間相互作用部位予測に関する特許を取得しており、これら手法および構造ベースファーマコフォアとリガンドファーマコフォアとの重ね合わせによる高精度ドッキングシミュレーション、バーチャルスクリーニング、構造ベーススクリーニング、リガンドベーススクリーニング、構造ベースファーマコフォアを用いたデノボデザインなどの応用技術に関する権利を保有しています。 |
2005年の分子機能研究所ホームページ開設以来、分子機能研究所が保有するインシリコ創薬のコア技術に関する多くのページを公開してきました。これらのページも一読してください。
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスで使用する分子機能研究所独自開発プログラム（DSHC、HMHC、バーチャルスクリーニングシステム、AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス、rDockインターフェイス、ONIOMインターフェイス、Gaussianインターフェイス、Ab Init Protein 3D Modeling、Secondary Structure Predictionなど）はもちろん、GaussianやHyperChemなどの商用計算化学プログラムおよび計算化学オープンソースプログラムのそれぞれの開発元から商用利用許可を得ていますので安心してご利用いただけます。
医薬品の開発には膨大な資金・時間・労力がかかります。分子機能研究所は創薬化学（探索）研究を高度化・効率化するための創薬化学基盤研究にウエットとインシリコの両面から長年取り組んでおり、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスではこれまでに培ってきた構造ベース創薬（SBDD）やリガンドベース創薬（LBDD）などの創薬化学基盤技術に加え、分子機能研究所が牽引する次世代の量子化学創薬（QMDD）などの最先端創薬化学技術でお客様に最善の課題解決策を提案します。
ドラッグリポジショニングやドラッグリユージングの戦略により、ドラッグラグやドラッグロスの課題解決にも取り組んでいます。
量子化学創薬（QMDD）：「非経験的結合自由エネルギー計算など生体高分子システムを対象とする大規模量子化学計算に基づく創薬及び化学に関する研究」を指し、辻一徳が2005年から提唱する創薬手法です。
最先端のインシリコ創薬において、生体高分子システムなどの巨大分子システムに対して全系量子力学計算を実施する場合、分子力学計算による構造最適化計算や分子動力学計算で用意した初期構造では一点計算さえ収束しないか、異常なエネルギー値を与えます。フラグメント分子軌道法などで全系量子力学計算を実施する場合は、ONIOM法で予め初期構造を更に構造最適化して置く必要があります。ONIOM InterfaceはHMHCやDSHCで準備した高精度初期構造（複合体構造）を量子力学計算用に更に精密化して全系量子力学計算を成功させる最善のソリューションを提供します。
分子機能研究所では副作用を抑制する目的で受容体サブタイプ選択性問題に取り組んでおり、次世代インシリコ創薬技術である量子化学創薬（QMDD）技術の開発を進めており、非経験的結合自由エネルギーなどの生体高分子システム全体を対象とする大規模量子化学計算に関する複数の成功事例を論文発表しています。今後AI創薬の精度向上に必須の次世代の創薬化学技術として注目されることが期待されます。
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスは、単に依頼内容を実施するのではなく、分子機能研究所が事前検証や多数の論文調査を行い、お客様に最善の手法を提案するオーダーメイドの学術研究です。その上で、納期もお客様に合わせて対応しています。
対応可能技術のリンクをクリックしていただければ、分子機能研究所が保有する独自技術の詳細を確認することができます。
Homology Modeling Professional for HyperChem（HMHC） vs AlphaFold2
下図は、アミノ酸配列が報告されてから20年以上もファミリーも含めて立体構造が不明なGタンパク質共役受容体（G protein-coupled receptor、GPCR）についてHomology Modeling Professional for HyperChem（HMHC）とAlphaFold2で立体構造を予測した結果です。
HMHC（2005年公開）はAlphaFold2（2021年公開）より16年も前に公開していますが、膜貫通部分のアラインメントは一致しており、HMHCとAlphaFold2から得られたホモロジーモデルは熱力学的に複数のコンフォメーションを採用すると予測される膜外ループ構造が異なる程度でした。
本蛋白質は立体構造未知のため、どちらのホモロジーモデルが正解に近いかは現時点では不明ですが、HMHCのアルゴリズムは未公開であるものの開発当初より機械学習機能をそなえておりAlphaFold2と同様のモデルを提供できます。HMHCは側鎖ロータマーや生体高分子に含まれる結晶水や低分子までも高精度にモデリングできる点でアドバンテージがあります。加えて、HMHCではヘテロダイマーなどの高次構造や核酸との複合体モデルなども簡単にモデリングでき、量子化学計算プログラムGaussian（ONIOM計算）や分子動力学シミュレーションプログラムNAMDともシームレスに連携できます。AlphaFold2で主鎖構造を予測しておき、HMHCで側鎖立体配座や全体構造を精密化するといった方法論も有効と考えられます。
分子機能研究所は研究代表として国の研究助成に採択されており、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは採択研究と同レベルあるいはそれ以上のレベルの学術研究をサービスとして提供します。
| 2020年度 | 文部科学省 共同利用・共同研究拠点 生体医歯工学共同研究拠点 研究助成 構造ベース創薬に基づく抗SARS-CoV-2薬候補化合物の探索研究 分子機能研究所（研究代表）、大阪大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学 |
| 2021年度 | 文部科学省 共同利用・共同研究拠点 生体医歯工学共同研究拠点 研究助成 構造ベース創薬に基づく抗SARS-CoV-2薬候補化合物の探索研究 分子機能研究所（研究代表）、大阪大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学 |
| 2022年度 | 文部科学省 共同利用・共同研究拠点 生体医歯工学共同研究拠点 研究助成 構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究 分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学 |
| 2023年度 | 文部科学省 共同利用・共同研究拠点 生体医歯工学共同研究拠点 研究助成 構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究 分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学 |
| 2024年度 | 文部科学省 共同利用・共同研究拠点 生体医歯工学共同研究拠点 研究助成 構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究 分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学 |
分子機能研究所が独自に研究している研究成果は継続して国際査読誌に受理されており、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスの品質の信頼性に努めています。
特に、核内受容体を標的とした有機合成化学と分子細胞生物学などのウエット実験、構造ベース創薬、医薬化学、創薬化学、リガンド認識メカニズム、サブタイプ選択性について30年以上にわたる研究実績があります。
料金は基本料金に個別計算料金が加算されます。下記料金はおおよその費用のご参考にしてください。ご予算を大幅にオーバーする場合にもまずはご相談ください。最善の課題解決策をご提案いたします。
基本料金
| 基本料金 | 一般 200,000円（税別） アカデミック 100,000円（税別） |
個別計算料金と納期
| 計算メニュー（一例） | 納期 | 価格（税別） |
| 高速ドッキングスクリーニング（バーチャルスクリーニング、インシリコスクリーニング） 生体高分子システムのBelly計算、リガンドや阻害剤との複合体構造を用いる場合には再ドッキング検証を含む ヒット化合物のRule of 5（薬らしさの指標）結果やPAINS（擬陽性の指標）結果を提示 分子機能研究所が保有するHTSライブラリ（約300,000化合物）、ドラッグライブラリ（約13,000化合物）、天然物化合物ライブラリ（約20,000化合物）、食品成分ライブラリ（約20,000化合物）を使用される場合はスクリーニング用三次元化合物ライブラリ構築費用は不要（納品物には含まれません） |
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| 100万化合物以内（1つの化合物ライブラリ毎） | 2週間 | 一般 500,000円 アカデミック 250,000円 |
| 高信頼性ドッキングスクリーニング（サイトドッキングとブラインドドッキングにも対応） 生体高分子システムのBelly計算、リガンドや阻害剤との複合体構造を用いる場合には再ドッキング検証を含む |
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| 1,000化合物以内（1つの化合物ライブラリ毎） | 2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 精密ドッキングスタディー解析・結合様式予測（インデュースドフィット効果（誘導適合効果）を水素原子、側鎖、主鎖、部分構造や全体構造など指定部分に適用可能） 最安定複合体構造のドッキングモード・ドッキングポーズ予測、相互作用解析・定量的構造活性相関解析に有効 生体高分子システムのBelly計算、リガンドや阻害剤との複合体構造を用いる場合には再ドッキング検証を含む |
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| 10化合物以内（エナンチオマー、ジアステレオマーを含む） 生体高分子側 500残基以下 |
2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 10化合物以内（エナンチオマー、ジアステレオマーを含む） 生体高分子側 1,000残基以下 |
2週間 | 一般 300,000円 アカデミック 150,000円 |
| タンパク質−タンパク質ドッキング解析 生体高分子システムのBelly計算を含む |
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| 1,000残基以下（合計残基数） | 2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| ドッキング解析用PDB選定（通常はPDB選定はサービスとしています） メジャーなタンパク質では数百単位のPDBが登録されている場合があり、その中から論文受理に必要な根拠もって適切なPDBを選定してほしいというご依頼に対応します。特にドッキング解析ではPDBの選定作業が結果に左右するため、論文化では選定の根拠を求められる場合があります。目視確認、残基数確認、構造未決定部分確認、ミューテーション情報確認、文献確認を行い、根拠を添えて最善のPDBを選定します |
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| 100 PDB以内（同種生体高分子毎） | 1週間 | 一般 300,000円 アカデミック 150,000円 |
| 類似化合物探索、部分構造検索 | ||
| 1,000万化合物以内（1つの化合物ライブラリ毎） | 1週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 生体高分子システム立体構造精密化（複合体モデリング、ドッキング解析・相互作用解析・結合様式予測用立体構造精密化） NMRやCryo-EM構造など分解能が低い場合、あるいは、複数ユニットから成る四次構造作成時に有効 ミッシング残基やミューテーションがある場合はホモロジーモデリングとの組み合わせが必要 |
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| 500残基以下 | 1週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 1,000残基以下 | 1週間 | 一般 300,000円 アカデミック 150,000円 |
| リガンド結合部位予測、基質結合部位予測 リガンド結合部位や基質結合部位が不明な場合 |
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| 500残基以下 | 1週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 1,000残基以下 | 1週間 | 一般 300,000円 アカデミック 150,000円 |
| スクリーニング用三次元化合物ライブラリ構築 pHに合わせてプロトン化状態を反映、通常は生理的条件下のpH=7.4で準備 |
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| 100万化合物以内（1つの化合物平面構造データベース毎） | 2週間 | 一般 500,000円 アカデミック 250,000円 |
| ホモロジーモデリング (ホモロジー検索、鋳型検索、アミノ酸配列アラインメント解析を含む) ドッキング解析用の構造に構造未決定領域や多数のミューテーションや非天然残基がある場合に構造補完として有効、AlphaFoldによる予測構造を利用できない場合に有効 |
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| 500残基以下 鋳型配列同一性 40%以上 | 1週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 1,000残基以下 鋳型配列同一性 40%以上 | 2週間 | 一般 300,000円 アカデミック 150,000円 |
| 500残基以下 鋳型配列同一性 40%未満 | 2週間 | 一般 300,000円 アカデミック 150,000円 |
| 1,000残基以下 鋳型配列同一性 40%未満 | 3週間 | 一般 400,000円 アカデミック 200,000円 |
| 分子動力学シミュレーション（GPU対応） | ||
| 500残基以下 1ns | 1週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 500残基以下 10ns | 2週間 | 一般 300,000円 アカデミック 150,000円 |
| 500残基以下 100ns | 2週間 | 一般 400,000円 アカデミック 200,000円 |
| 1,000ns（1マイクロ秒）程度の分子動力学シミュレーションはスーパーコンピュータをご利用頂く必要があります* | 応相談 | 応相談 |
| QM/MM構造最適化計算（B3LYP/6-31G*:AM1:AMBER） 全系量子化学計算用安定構造準備に必須、量子化学計算レベルでの結合自由エネルギー計算が可能 |
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| 300残基以下 QM領域 10残基以下、High Layer（低分子） 分子量500以下 | 2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 上記条件を超える生体高分子システムのQM/MM構造最適化計算はスーパーコンピュータをご利用頂く必要があります* |
応相談 | 応相談 |
| 全系量子化学計算一点計算（MP2/6-31G) 電子レベルでの相互作用解析に有効 |
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| 300残基（300フラグメント）以下（金属タンパクを除く、周期表Krまでの系（特に、ヨウ素原子を含む系はご注意ください）） | 2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 上記条件を超える生体高分子システムの全系量子化学計算はスーパーコンピュータをご利用頂く必要があります* | 応相談 | 応相談 |
| ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング（構造ベース及びリガンドベース） | ||
| ファーマコフォアモデリング | 2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| ファーマコフォアモデリング用リガンド及びデコイ三次元構造準備（100化合物以内、10コンフォメーション / 1化合物） | 2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| ファーマコフォアベーススクリーニング 100万コンフォメーション以内（1化合物につき100コンフォメーション処理する場合は1万化合物以内）（別途、スクリーニング用三次元化合物ライブラリ構築が必要） | 2週間 | 一般 300,000円 アカデミック 150,000円 |
| 分子設計、ドラッグデザイン、リード最適化 精密ドッキング解析などから候補となった骨格化合物について、合成ルートから原材料調査と反応条件検索を実施し、合成可否を判断して目的化合物をデザインします（デザインした化合物の標的との親和性については別途に対応する個別計算を実施していただく必要があります）。目的活性及び合成達成を保証するものではありません |
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| 合成目的化合物の合成ルートの提示がある場合 1骨格 20化合物以内 | 2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 合成目的化合物の合成ルートの提示がない（合成ルートの調査が必要な）場合 1骨格 20化合物以内 | 3週間 | 一般 400,000円 アカデミック 200,000円 |
| ADMET予測（低分子） | ||
| 100化合物以内 | 1週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 詳細報告書等 | 2週間 | 一般 200,000円 アカデミック 100,000円 |
| 創薬戦略コンサルタント | 応相談 | 一般 従量制課金制 アカデミック 従量制課金制 |
実際の受託研究サービスではお客様のご要望に合わせて、これら個別計算メニューの組み合わせで対応することになります。
納品物はお客様の使用環境に変換した結果データ類の電子媒体、簡易報告書、結果報告会が基本となります。
詳細報告書が必要な場合は詳細報告書等オプションも選択して頂く必要があります。
国内数か所のスーパーコンピュータの利用実績もあります。スーパーコンピュータを利用される場合は研究テーマ等の使用目的が利用審査に必要になる場合がありますので、ご希望のスーパーコンピュータ利用規約をご確認ください。
* スーパーコンピュータで実施をご希望の場合にはスーパーコンピュータ利用料金の実費は別途、全額お客様ご負担となります。スパコンで商用ソフトをご利用されたい場合も、ソフトの使用ライセンス料金は全額お客様のご負担となります。その他、スパコンの使用にあたっては技術料等が別途に必要になります。詳しくはご相談ください。
お見積書を提示できた段階で報告書を残してほとんどの計算が完了しているため、契約成立後の納品期間は、2週間から1カ月程度、長くても1カ月半以内です。
通常納期は個別計算メニューの納期の加算以内となります。同じ計算メニューを複数実施する必要のある場合は並列計算しますので納期は変わりません。
お急ぎの場合は特急オプション（有償）を指定していただくことで柔軟に対応しますので、ご相談ください。
年内および年度内納品の案件が大変増えています。予約制となり、先に正式発注された案件の納期が優先されますので、ご了承ください。日数に十分な余裕をもってお問い合わせください。
圧倒的費用対効果（業界最安値）
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは、高額なコンピュータやソフトウエア使用料の元、限界まで費用を抑えています。
他研究機関と研究課題が同じ場合、納期も短く、費用も半額以下です（MFDDサービスの料金体系は他社相場の10分の1程度の価格で、かつ実績が突出しています。これは大手CROでは様々な経費が上乗せされているためであり、MFDDサービスは純粋な研究を主目的としているためです）。その上で、長年の豊富な実績があり、加えて、インシリコ創薬基盤技術の高度化を進めており、受託研究は他研究機関以上の成果が期待できます。
ご予算内で課題解決に努めますので、秘密保持契約の下で、まずはご予算とターゲット及び目的をお知らせください。
特別割引と併用することで、ご予算にあわせた受託研究サービスがご利用いただけます。
下記は1回目の受託で100万化合物のバーチャルスクリーニングを実施し、2回目の受託でヒット化合物について精密ドッキングスタディー解析を実施した場合の一般とアカデミックの概算イメージです。オプションの詳細報告書を付けた場合を示しています。
納期は１カ月程度ですので、年間契約の場合、4回目以降の受託の基本料金が回数分だけ不要となり、その分だけ費用を抑えることができます。
一般向け（上）
アカデミック向け
SARS-CoV-2関連タンパク、GPCR、イオンチャネル、トランスポーター、電子伝達系、光合成系などの膜貫通タンパク、核内受容体、各種受容体、PPI、輸送タンパク、抗原抗体、キナーゼ、プロテアーゼ、シンターゼなどの酵素、ペプチド医薬、DNA、RNAの核酸医薬等を標的とした創薬モダリティーを志向した多数の企業・大学・官庁への納品実績があります。医薬品、医薬中間体、医薬部外品、農薬、化粧品、サプリメント、健康食品、保健機能食品などの食品成分、ファイトケミカル、天然物、機能性材料、環境ホルモン、内分泌かく乱物質、ペプチド、環状ペプチド化合物などのペプチド医薬、核酸誘導体などの核酸医薬、抗体医薬、バイオ医薬、ヘルスケア製品成分などのドッキングシミュレーションやスクリーニングなど、様々な業界のご要望にお応えしてきた実績があります。がんなどのアンメットメディカルニーズの医薬品開発については核内受容体を中心に長年研究を行っており、ドラッグリポジショニングやドラッグリユージングの観点に基づくスクリーニングでも実績があります。機能性材料などの低分子の分子設計、触媒設計や遷移状態解析と反応経路探索などの反応解析・反応設計、反応メカニズムの提案、さらには、これまでに計算事例の存在しない医歯薬化粧材料の効果に対する新たな計算手法の提案と実施でも実績があります。
以下はこれまでに実施してきた受託研究の一例です。
| 過去の実施例（一例） |
| ねじれ結合17個からなる光学活性医薬候補化合物の精密ドッキングスタディー解析による最安定複合体構造予測 |
| 核内受容体を創薬ターゲットとしたリード探索と合成提案 |
| アポタンパク質を用いたインデュースドフィット効果を考慮した精密ドッキングスタディー解析 |
| 金属タンパク質のホモロジーモデリング、阻害剤との精密ドッキング解析、メカニズム解析 |
| ペプチドドッキングスタディーによる構造活性相関解析 |
| 抗原抗体ドッキングスタディーと最安定複合体構造に対するQM/MM（ONIOM）構造最適化計算 |
| DNAマイナーグルーブバインダーの精密ドッキングスタディー解析 |
| 6サブユニットから成る超巨大膜貫通型領域を持ち、かつ、巨大膜外領域からなる超巨大タンパク複合体アポフォームのホモロジーモデリングおよび立体構造予測と誘導適合効果を考慮した阻害剤の高精度ドッキングスタディーによるスコアリングおよびドッキングポーズ解析 |
| 膜貫通型タンパク質複合体全体構造のホモロジーモデリングと膜外および膜内領域の立体構造予測と医薬候補化合物とのドッキングポーズ（結合様式）予測 |
| DNAアプタマー（中分子）の精密ドッキングスタディー解析とQM/MM（ONIOM）構造最適化計算 |
| RNAアプタマーの精密ドッキングスタディー解析、QM/MM（ONIOM）構造最適化計算、全系量子化学計算（フラグメント分子軌道法）による構造活性相関解析 |
| 3500残基からなる超巨大複合体構造のホモロジーモデリング、1ns分子動力学シミュレーション、阻害剤結合サイト予測、医薬候補化合物の精密ドッキングスタディー解析と構造活性相関解析 |
| 輸送タンパクに対する150万化合物のインシリコスクリーニングと上位ヒット化合物に対する高信頼性ドッキングスクリーニングの組み合わせによるヒット絞り込み |
| 糖尿病、肥満、抗炎症、アルツハイマー、がん等のアンメット・メディカルニーズに対するパスウェイ検索による創薬ターゲット選定、ホモロジーモデリング、バーチャルスクリーニング、精密ドッキングスタディー解析、ファーマコフォアスクリーニング、デノボデザイン、リード最適化、合成ルート提案 |
| 機能性材料の工業的合成ルートの設計：遷移状態解析による反応経路探索に基づく反応設計と触媒設計、反応メカニズムの提案 |
| スーパーコンピュータを用いた1マイクロ秒スケールでの分子動力学シミュレーション解析 |
| スーパーコンピュータを用いた約20,000原子からなるタンパクー核酸ーリガンドー金属イオン複合体のMP2理論レベルでのQM/MM（ONIOM）構造最適化計算と振動解析による結合自由エネルギー計算及びMP2理論レベルでの全系フラグメント分子軌道計算によるインターフラグメント相互作用エネルギー解析（約1,200フラグメント） |
| 計算事例のない医歯薬化粧材料の性能・機能・効果に対する計算手法の提案と実施、分子動力学シミュレーションと量子化学計算による化粧材料のシミュレーション解析 |
| ペプチドホルモンの標的探索（逆引き探索）と候補ターゲット膜貫通タンパク質のホモロジーモデリング、タンパク−ペプチドドッキング解析 |
| 1億化合物データベースを用いた類似構造検索、部分構造検索と合成ルートデザイン |
| RNAセンサータンパク質−RNA複合体の立体構造精密化とフラグメント分子軌道法によるインターフラグメント相互作用解析、及び、RNA結合表面でのリガンド結合部位予測とドラッグリポジショニングの観点に基づくドラッグライブラリーを用いたインシリコスクリーニング |
| 活性型の味覚受容体・嗅覚受容体のホモロジーモデリングとリガンド結合部位予測、及び、食品成分のインシリコスクリーニング（バーチャルスクリーニング） |
| ペプチドホルモン受容体の膜外領域活性コンフォメーションのホモロジーモデリング、リガンド結合部位予測、環状ペプチド化合物の精密ドッキング解析による構造活性相関解析、及び、活性候補化合物のデザインと合成ルートデザイン |
| 活性及び不活性化合物の分子重ね合わせ手法によるリガンドファーマコフォア予測とリガンドベースバーチャルスクリーニング |
| アロステリックサイト予測とアロステリックエフェクターのドッキング解析 |
| 分子動力学シミュレーションとフラグメント分子軌道法による経年劣化シミュレーション |
| 高精度ブラインドドッキング解析によるPPIインターフェイスの構造ベースファーマコフォア（ホットスポット）予測とペプチド及び生体高分子に置き換わる低分子阻害剤のスクリーニング |
| 心毒性(hERG)と作用分離したイオンチャンネルアンタゴニストの精密ドッキングスタディー解析による構造活性相関解析と逆合成解析による目的受容体選択的アンタゴニストの分子設計 |
| 約１万残基数の50サブユニットから成る超巨大複合体の立体構造調整と精密ドッキングスタディー解析による構造活性相関解析とメカニズム解析 |
| イオンチャンネルタンパク質における共有結合性リガンドの精密ドッキングスタディー解析と安定複合体構造のフロンティア軌道理論によるHOMO-LUMOエネルギー解析による軌道相互作用理論による構造活性相関解析と活性予測、及び、目的活性化合物の分子設計 |
以下はこれまでに担当したSBDDの創薬ターゲットです。同じ標的でも目的が異なるケースが多くあり、創薬ターゲットに流行があります。
| Target | Synonym | Family | Function |
| 59 kDa 2'-5'-Oligoadenylate synthetase-like protein | (OASL) | RNA sensor | RNAセンサー |
| Abscisic acid receptor | (ABA receptor) | Hormone receptor | 植物ホルモン受容体 |
| Acetylcholinesterase | (ACHE) | Hydrolase | 神経伝達物質エステラーゼ |
| Alpha7 nicotinic acetylcholine receptor | (Alpha 7 nAChR) | Ion-gated calcium channel | 神経伝達物質受容体 |
| Amylin 1 receptor | (AMY1R) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | ペプチドホルモン受容体 |
| Amyloid beta | (Abeta) | Peptide | ペプチド |
| Androgen receptor | (AR) | Nuclear receptor | 男性ホルモン核内受容体 |
| Angiotensin-converting enzyme 2 | (ACE2) | Metalloenzyme | アンジオテンシン変換酵素 |
| anti-Chikungunya virus-neutralizing monoclonal antibody | (CHE19) | Monoclonal antibody | モノクローナル抗体 |
| Aryl Hydrocarbon Receptor | (ArH) | Transcription factor | 転写因子 |
| Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator | (ARNT) | Transcription factor | 転写因子 |
| Cathepsin K | (CTSK) | lysosomal cysteine protease | タンパク質分解酵素 |
| Cereblon | (CRBN) | Thalidomide binding protein | サリドマイド結合タンパク質 |
| Cellular retinoic acid-binding protein 1 | (CRABP1) | Cytoplasmic binding protein | 輸送タンパク質 |
| Cellular retinoic acid-binding protein 2 | (CRABP2) | Cytoplasmic binding protein | 輸送タンパク質 |
| Chikungunya virus envelope proteins, E2 and E1 | (CHIKV Spike protein) | Spike protein | ウイルスエンベロープタンパク質 |
| Cluster of Differentiation 81 | (CD81) | Target of the Antiproliferative Antibody 1 | 4回膜貫通タンパク質 |
| CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 1 | (ST3GAL1) | Sialyltransferase | シアル酸転移酵素 |
| CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 2 | (ST3GAL2) | Sialyltransferase | シアル酸転移酵素 |
| CMP-N-acetylneuraminate-beta-1,4-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase | (ST3GAL3) | Sialyltransferase | シアル酸転移酵素 |
| CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 4 | (ST3GAL4) | Sialyltransferase | シアル酸転移酵素 |
| Consensus olfactory receptor 4 | (consOR4) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 10 | (CHCHD10) | Protein | ミトコンドリアタンパク質 |
| Corticotropin-releasing hormone receptor 1 | (CRHR1) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 下垂体ホルモン受容体 |
| Cyclin-dependent kinase 2 | (CDK2) | Cyclin-dependent kinase | 細胞周期関連酵素 |
| DNA gyrase | (Gyrase) | Topoisomerase | DNAトポイソメラーゼ |
| Ecdysone 22-kinase | (EcKL) | Kinase | エクジステロイドリン酸化酵素 |
| Ecdysteroid-phosphate phosphatase | (EPPase) | Posphatase | 脱皮ホルモン変換酵素 |
| Epidermal growth factor receptor | (EGFR) | Transmembrane protein | 上皮成長因子受容体 |
| Estrogen receptor | (ER) | Nuclear receptor | 女性ホルモン核内受容体 |
| Family with sequence similarity 151 member A | (FAM151A) | Transmembrane protein | 機能不明膜貫通タンパク質 |
| Family with sequence similarity 151 member B | (FAM151B) | Transmembrane protein | 機能不明膜貫通タンパク質 |
| Furin | (PACE) | Protease | プロタンパク質転換酵素 |
| Galectin 3 | (Gal3) | Lectin | レクチン |
| GATA-binding factor 2 | (GATA2) | Transcription factor | 転写因子 |
| Glucagon | (Glucagon) | Peptide hormone | 血糖降下ペプチドホルモン |
| Glucagon-like peptide-1 receptor | (GLP-1R) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | ペプチドホルモン受容体 |
| Glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor | (GIPR) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | インクレチン受容体 |
| Glucocorticoid receptor | (GR) | Nuclear receptor | 糖質副腎皮質ホルモン核内受容体 |
| Glucosamine-6-phosphate synthase | (GlcN6P) | Synthase | アミドトランスフェラーゼ |
| Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | (GAPDH) | Dehydrogenase | 解糖系酵素 |
| Histone deacetylase 8 | (HDAC8) | Histone deacetylase | ヒストン脱アセチル化酵素 |
| Human ATP synthase F1 unit | (ATP Synthase) | ATP Synthase | ATP合成酵素 |
| I kappa B kinase beta | (IKKbeta) | IkappaB kinase | 炎症反応シグナル関連酵素 |
| IMP-1 metallo-beta-lactamase | (Lactamase) | MetalloLactamase | 抗生物質金属加水分解酵素 |
| Integrin | (Integrin_alphaVbeta3) | Transmembrane receptor | 細胞接着分子 |
| Interleukin 15 receptor alpha subunit | (IL15RA) | Cytokine receptor | サイトカイン受容体 |
| Interleukin-15 | (IL-15) | Cytokine | 炎症性サイトカイン |
| Interleukin-2 | (IL-2) | Cytokine | Th1サイトカイン |
| Interleukin-2 receptor beta | (IL-2Rbeta) | Cytokine receptor | サイトカイン受容体 |
| Interleukin-2 receptor gamma | (IL-2Rgamma) | Cytokine receptor | サイトカイン受容体 |
| Interleukin-7 | (IL-7) | Cytokine | 造血性サイトカイン |
| Izumo sperm-egg fusion protein 1 | (IZUMO1) | Fusion Protein | 精子融合因子 |
| Juvenile Hormone receptor | (JHR) | Hormone receptor | 幼弱ホルモン受容体 |
| Kappa Opioid receptor | (KOR) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | オピオイド受容体 |
| KRAS | (KRAS) | GTPase | rasがん遺伝子ファミリーGTPアーゼ |
| Kynureninase | (KYNU) | Hydrolase | 加水分解酵素 |
| Lanosterol 14 alpha-demethylase | (ERG11) | Cytochrome P450 | チトクロームP450酵素 |
| Lymphocyte antigen 96 | (MD-2) | Myeloid differentiation factor 2 | リンパ球抗原 |
| Lyn tyrosine kinase | (Lyn) | Src-family tyrosine kinase | チロシンキナーゼ |
| Lysine-specific demethylase 5A | (KDM5A) | Histone demethylase | ヒストン脱メチル化酵素 |
| Malachite green aptamer | (MGA) | RNA Aptamer | RNAアプタマー |
| Matrix metalloproteinase | (MMP-8) | Metalloproteinase | 金属タンパク質分解酵素 |
| Metabotropic glutamate receptor | (mGluR) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 興奮性神経伝達物質受容体 |
| Mineralocorticoid receptor | (MR) | Nuclear receptor | 鉱質副腎質ホルモン核内受容体 |
| Mitogen-activated protein kinase kinase 1 | (MEK1) | Dual-specificity kinase | 細胞外シグナル調節キナーゼ |
| MondoA | (MondoA) | Transcription factor | 細胞老化制御転写因子 |
| Nociceptin/orphanin FQ opioid peptide receptor | (N/OFQ Opioid receptor) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | オピオイド様オーファン受容体 |
| Olfactory receptor 10G4 | (OR10G4) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 10G6 | (OR10G6) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 10G7 | (OR10G7) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 11H4 | (OR11H4) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 13D1 | (OR13D1) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 2M4 | (OR2M4) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 2W3 | (OR2W3) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 4E2 | (OR4E2) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 51E2 | (OR51E2) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 52C | (OR52C) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Olfactory receptor 6C2 | (OR6C2) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 嗅覚受容体 |
| Osteocalcin | (OC) | Protein hormone | 非コラーゲン性タンパク質 |
| Otopetrin-1 | (OTOP1) | Ion channel | 酸味受容体イオンチャンネル |
| Parvalbumin | (PVALB) | Albmin | 低分子量アルブミン |
| Penicillin-binding protein | (PBP) | Transpeptidase | ペニシリン結合タンパク質 |
| Peptidoglycan glycosyltransferase | (RodA) | Glycosyltransferase | ペプチドグリカン変換酵素 |
| Peroxisome proliferator-activated receptor | (PPAR) | Nuclear receptor | ペルオキシゾーム増殖剤応答性核内受容体 |
| Phytase | (Phytase) | Phosphatase | ファイターゼ |
| Plasminogen activator inhibitor-1 | (PAI-1) | Serine protease inhibitor | アトローム性動脈硬化因子 |
| Polycomb protein EED | (EED) | Polycomb-group protein | ヒストン脱アセチル化酵素相互作用因子 |
| Pregnane X receptor | (PXR) | Nuclear receptor | シトクロムP450転写核内受容体 |
| Progesterone receptor | (PR) | Nuclear receptor | プロゲステロンホルモン核内受容体 |
| Protein inhibitor of activated STAT | (PIAS) | E3 SUMO-protein ligase | リガーゼ |
| Pseudomonas aeruginosa lectins II | (PA-IIL) | Carbohydrate binding lectin | レクチン |
| RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase | (CRAF) | Raf kinase | MAPK/ERKシグナル関連酵素 |
| RAR-related orphan receptor gammat | (RORgammat) | Nuclear receptor | インターロイキン17転写因子 |
| Respiratory complex I | (Mitochondrial complex I) | Protein complex | 光合成系複合体 |
| Retinoic acid receptor | (RAR) | Nuclear receptor | レチノイン酸核内受容体 |
| Retinoic acid receptor-related orphan receptor | (ROR) | Nuclear receptor | レチノイン酸様オーファン核内受容体 |
| Retinoid X receptor | (RXR) | Nuclear receptor | レキシノイド核内受容体 |
| Rhodopsin | (RHO) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 光受容器 |
| Rubicon | (Rubicon) | Protein | 細胞老化抑制因子 |
| Sarco-endoplasmic reticulum Ca2+-ATPase | (SERCA1a) | Calcium ATPase-type P-ATPase | カルシウムポンプ |
| SARS-CoV-2 Main protease | (SARS-CoV-2 Mpro) | SARS-CoV-2 Protease | SARS-CoV-2主要プロテアーゼ |
| SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polumerase | (SARS-CoV-2 RdRp) | SARS-CoV 2 RNA polymerase | SARS-CoV-2 RNAポリメラーゼ |
| SARS-CoV-2 Spike | (SARS-CoV-2 Spike) | SARS-CoV-2 Spike | SARS-CoV-2エンベロープスパイクタンパク質 |
| SH3 domain-binding protein 2 | (3BP2) | Adaptor protein | アダプタータンパク質 |
| Signal transducer and activator of transcription 3 | (STAT3) | Transcription factor | 転写因子 |
| Signal transducer and activator of transcription 6 | (STAT6) | Transcription factor | 転写因子 |
| Sodium-glucose linked transporter 2 | (SGLT2) | transporter | ナトリウム・グルコース共輸送体 |
| Solute carrier family 45 member 4 | (SLC45A4) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 12回膜貫通Gタンパク質共役型受容体 |
| Soluble epoxide hydrolase | (sEH) | Epoxide hydrolase | エポキシ加水分解酵素 |
| Sperm-egg fusion protein Juno | (JUNO) | Fusion Protein | 卵子受容体 |
| T1R2:T1R3 | (T1R2-T1R3) | G Protein-coupled receptor (GPCR) | 甘味受容体 |
| Thrombin binding aptamer | (TBA) | Oligonucleotide | トロンビン結合アプタマー |
| Toll-like receptor 2 | (TLR2) | Toll-like receptor | Toll様受容体 |
| Toll-like receptor 4 | (TLR4) | Toll-like receptor | Toll様受容体 |
| Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 | (TPRA1) | Cation channel | イオンチャンネル |
| Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 | (TPRM8) | Cation channel | イオンチャンネル |
| Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 | (TPRV1) | Cation channel | イオンチャンネル |
| Transmembrane protease serine 2 | (TMPRES2) | Serine protease | 膜貫通セリンプロテアーゼ |
| Trypsin | (Trypsin) | Serine protease | 消化酵素 |
| Tryptophan 2,3-dioxygenase | (TDO2) | Oxygenase | 酸化還元酵素 |
| Tubulin | (Tubulin) | Tubulin | 微小管構成タンパク質 |
| Ubiquinol-cytochrome-c reductase | (Cytochrome bc1 complex) | Electron transport | 電子伝達系複合体 |
| Ubiquitin like modifier activating enzyme | (ATG7) | Ubiquitin-activating enzyme | ユビキチン様修飾因子活性化酵素 |
| Uracil phosphoribosyltransferase | (UPRT) | Transferase | ピリミジンサルベージ経路酵素 |
| Urate transporter 1 | (URAT1) | Transporter | 尿酸トランスポーター |
| Vitamin D receptor | (VDR) | Nuclear receptor | ビタミンDホルモン核内受容体 |
| Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1H | (Cav3.2) | Cation channel | T型カルシウムチャンネル |
| Voltage-gated inwardly rectifying potassium channel | (hERG) | Cation channel | カリウムチャンネル |
| v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B | (BRAF) | Raf Kinase | 細胞内シグナル伝達酵素 |
分子機能研究所ではCOVID-19治療薬候補薬に加え、インフルエンザAウイルスに対する治療薬の研究開発やチクングニアウイルスの中和抗体設計でも実績があります。
生命情報統合プラットフォームとの連携
| マイクロアレイ、mRNA-Seq、プロテオミクス、メタボロミクス、次世代シーケンシング（NGS）等のオミクスデータから分子ネットワークを生成させ、データに基づいて変動した生体内分子と関係が深いパスウェイや疾患・生体内現象をスコアとともにランキングし、創薬ターゲット探索、疾患メカニズム解析や実験データ解析が可能。 |
| 希少疾患に深く関係する創薬ターゲットやオミクスデータから関連性の高い創薬ターゲットを絞り込むのに有効。 |
受託研究過程で、生体分子ネットワーク・パスウェイ解析、定量的構造活性相関解析などの解析も実施します。
機能性材料などの低分子の分子設計、触媒設計や遷移状態解析や反応経路探索などの反応解析・反応設計にもご利用いただけます。
精密有機合成化学を基盤とした理論有機化学、反応理論、分子軌道理論、遷移状態理論の研究とプロセス化学への応用研究に関する多くの国際査読誌論文実績があり、有機EL材料や有機薄膜太陽電池材料などの機能性材料に関する実験・理論研究とこれら機能性材料に関する多くの国際特許取得実績があります。
分子機能研究所の提供するMFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは、分子機能研究所が担当した部分に知的財産権が発生します。成果物の一部または全部を使用する場合、分子機能研究所を連名に入れていただく必要があります。連名にすることにより、学会や論文などの発表で必要なサポートが受けられます。
知的財産権を分子機能研究所が完全に放棄する必要のある場合は、学術利用と商用利用で条件が異なりますが、いずれの場合にも受託料金とは別途にロイヤリティーに関する契約を取り交わさせていただきます。
* 2018年より方針を変更しましたので、ご注意ください。
なお、受託研究結果を公開する場合、分子機能研究所の研究成果も特許明細書や論文中で引用していただく必要があります。
ご注意ください
お客様の中にはMFDDインシリコ創薬受託研究サービスの成果報告だけでお客様ご自身の成果として公表される方がおられますが、そのような行為は違反行為となります。分子機能研究所はゴーストライターではありません。最大でも公表内容の3分の1以内に収めてください。
研究成果を連名にしていただくことにより、受託研究期間終了後も査読論文受理や特許明細書出願まで徹底的にサポートを行っており、英文・和文に関係なく即日校正にも対応します。論文中の図表に必要な高品位図表作成等にも対応しています。
最高品質の成果報告
受託内容にもよりますが、詳細報告書は、通算で数万報の論文を精読し、数十報の論文を執筆、20年以上の国際査読誌論文レフェリー経験のある研究者が、そのまま論文として投稿可能な状態にまで短期間で仕上げて提出しており、これまでも多くのお客様からご好評をいただいています。
学位（博士号）取得への対応
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスをご利用された民間企業及び大学研究機関のお客様の中には、大学教授になられた方や学位（博士号）を取得された方も複数おられ、分子機能研究所の受託研究成果の質の高さが裏付けられています。
受託研究過程で、依頼者とのディスカッション、学会発表や論文執筆共同作業等を通して学位（博士号）取得が適切と判断される場合、必要な推薦書、誓約書や同意書に対応します。
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは、事前調査で十分な調査・検証を行い、お客様が納得されたのちに、受託研究契約を締結し、発注していただいています。逆に、ヒアリングや事前調査で明らかに技術範囲を超える課題については対応できない旨をお伝えすることがありますので、ご了承ください。
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスは学術研究であり、お客様にとって価値のある結果を保証するものではありません。期待した結果が得られない可能性もある事をご理解の上、発注してください。
| お問い合わせ |
| まずはお問い合わせフォームまたは電話にてご連絡ください。 |
| ▼ |
| 秘密保持契約 |
| 具体的な課題に対するヒアリング前に秘密保持契約をいたします。 |
| ▼ |
| ヒアリング |
| 日程調整を行い、Web会議にて現状の確認やお客様のご要望などをお伺いいたします。 |
| ▼ |
| 研究計画書・お見積書提案 |
| ヒアリングした内容をもとに通常1〜2週間程度で文献調査、十分な事前検証を実施し、納期を含む研究計画書とお見積書をご提案させていただきます。 |
| ▼ |
| ご契約・発注 |
| 発注に際して受託研究契約を取り交わせていただきます。本契約締結を持って正式発注とさせていただきますので、あわせて発注書をお送りください。 |
| ▼ |
| サービスのご提供 |
| 研究計画書に基づいて受託研究を実施いたします。 受託研究と同時に多数の文献調査を実施しますので、最善の手法をご提案させていただく場合があります。 お客様にご納得いただける場合は、追加費用のご負担なしに、納期までに変更研究を実施します。 なお、お客様より直接ご指示のあった追加研究に関しては新たなお見積りと納期変更が伴います。 |
| ▼ |
| 納品・報告 |
| 成果物に対して、ご確認いただきます。 お客様で検収していただいたのちに、結果報告と質疑・応答に対応いたします。 瑕疵等が見つかった場合には修正を行い、納品いたします。 |
| ▼ |
| ご入金 |
| 納品と同時に請求書を発行させていただきますので、通常は翌月末までに入金をお願いします。 翌月末締め、翌々月末入金にも対応いたします。分割でのお支払いなどにも対応しますのでご相談ください。 |
受託研究実績
大阪大学、大阪工業大学、金沢工業大学、関西医科大学、京都大学、甲南大学、修文大学、女子栄養大学、帝京大学、電気通信大学、東海大学、東京医科歯科大学、東京医科大学、東京大学、東京農工大学、東京理科大学、東北大学、名古屋大学、日本大学、兵庫県立大学、弘前大学、北海道大学、北海道科学大学、名城大学、琉球大学
国立医薬品食品衛生研究所、日本医療研究開発機構、量子科学技術研究開発機構
民間多数
共同研究実績
大阪大学産業科学研究所、大阪大学蛋白質研究所、大阪大学微生物病研究所、お茶の水女子大学、神奈川歯科大学、北里大学、京都府立医科大学、金城学院大学、甲南大学、埼玉医科大学、自治医科大学、修文大学、千葉大学、東京医科歯科大学・東京科学大学生体材料工学研究所、東京医科歯科大学医学部、東京医科歯科大学大学院医歯学、東京医科大学、東京工業大学・東京科学大学、東京大学、東京農工大学、富山県立大学、兵庫県立大学、弘前大学大学院医学、横浜国立大学、University of Minnesota
乙卯研究所、国立医薬品食品衛生研究所、国立感染症研究所、東京都健康長寿医療センター、日本医薬情報センター、理化学研究所
民間多数
製品導入実績
愛知県立大学、岩手医科大学、愛媛大学、岡山大学、岡山理科大学、大阪大学、お茶の水女子大学、九州大学、京都大学、近畿大学、熊本県立大学、熊本高等専門学校、慶應義塾大学、静岡大学、創価大学、千葉大学、筑波大学、東海大学、東京大学、東京家政学院大学、東京農工大学、東京理科大学、東京薬科大学、獨協医科大学、長崎国際大学、奈良県立医科大学、新潟大学、広島大学、北陸大学、北海道大学、前橋工科大学、宮崎大学、武庫川女子大学、山口県立大学、横浜国立大学、Skagit Valley College、The University of Bradford、University of South Carolina
産業技術総合研究所、千葉県がんセンター、日本原子力研究開発機構、理化学研究所
民間多数
MFDDインシリコ創薬受託研究で発表された学術論文は20報以上あり、投稿中の学術論文や執筆中の特許明細書も複数あります。以下は受託研究で発表された論文の一部です。
インパクトファクター （2021年）： 4.353、4.354、41.845、3.162、3.575、4.937、2.867、3.686、2.518、3.319、2.231、3.686、4.030、2.231、5.103、1.645、3.240、6.208、14.511、9.043 、6.208、2.300、19.456、8.542.
2000年以前の医薬化学・生物有機化学・精密有機合成化学・理論有機化学関連論文
| Q1. 貴所サービスにて実施可能なのかどうかをご相談させていただきたく考えています。私どもはin silico解析をこれまで行ったことはなく、まずは一度お話をお聞かせいただくことは可能でしょうか。 |
| 上記のお問い合わを最初にいただき、ヒアリングをもとに適切な手法をご提案させて頂き、目的化合物を見出すことに成功しています。現在、お客様で特許化を進められています。 |
| Q2. 「どういった事が出来るのか？」や、「こういったスクリーニングを依頼することは可能ですか？」など、一度お話を伺う為の面談の場を設けさせて頂けませんでしょうか？ |
| 上記のお問い合わせを最初にいただき、ヒアリングの機会をいただきました。秘密保持契約を実施させていただき、より具体的な標的等をヒアリングさせていただき、課題解決策をご提案、受託を実施させていただきました。本お問い合わせから半年内に論文を投稿、レビューア対応や担当箇所執筆の対応をさせていただき、無事、学術論文として受理されました。また、学会発表も精力的に実施され、依頼者の方はその後博士号を取得されています。 |
| Q3. 新規変異蛋白の構造予測、変異部位へ結合する化合物のスクリーニングを検討しています。本領域に不慣れなため、手法の相談も含めお時間をいただけないでしょうか。 |
| 上記のお問い合わせを最初にいただき、ヒアリングの後、課題解決策をご提案させていただき、受託研究期間も含め１か月以内に受託成果を含む学会発表を行われています。その後もスクリーニングを実施され、特許性の高い成果が得られています。 |
| Q4. 他研究機関に依頼すると成果が出なくても1,000万円あるいはそれ以上かかる依頼内容が、貴所に依頼するとその10分の1以下の費用で済むのはなぜですか。 |
| 分子機能研究所は営利を第一目的としておらず、科学技術振興・人材育成・社会貢献を第一目的としているため、最低限の費用で学術論文として投稿できる水準の高度な研究成果を提供しており、実際にほとんどのお客様が受託成果を含む論文発表や学会発表を行っています。また、成果発表支援も行っており、サービスに一切の妥協はありません。一方で、同種受託サービスを行ってきた他の国内外創薬ベンチャー企業のほとんどは数年で実質的に倒産しています。これは分野が狭く、もともとニーズが少ないというだけでなく、高額な商用ソフトウエアの維持やワークステーションなどのインフラ整備に加え、依頼者それぞれの研究テーマについて課題解決能力が求められるため、専門の博士研究員を雇用する必要があり、他研究機関では高額な費用を請求されることになります。高額だからと言って、必ずしも成果が得られるとは限らないことは、発表している学術論文の質と数から明白です。ぜひ、分子機能研究所のインシリコ創薬受託研究サービスをまずはご検討ください。 |
| Q5. 指定の化合物に親和性のあるタンパクを探すことは難しいでしょうか。 |
| リガンドベースの単純な方法があり、実施可能です。方法論が簡単なため、最近は、AI創薬で付加価値をつけて高額な受託費用を請求して行っているところもあるようです。弊所では前者のリガンドベースで標的タンパク質を探索した後に、構造ベース創薬を実施していただけることを前提に対応しています。 |
| Q6. 分子機能研究所のインシリコ創薬技術を導入して同様の研究設備を整備及び人材育成していただけるようなコンサルティングサービスを受けることは可能でしょうか。 |
| 多くの大学研究機関や民間研究機関でMFDDインシリコ創薬受託研究サービスを通して自社技術を一から整備されています。人材育成のためのコンサルタントも実施しています。インシリコ創薬コンサルティングサービスは個別に行っていますので、詳しくはお問い合わせください。なお、分子機能研究所のMFDDサービスと競合するサービスを提供する可能性がある場合はご遠慮頂いていますので、ご理解をお願い致します。 |
| Q7. ある立体構造既知の標的タンパク質に、手持ちの化合物数個が結合するかを精密ドッキングスタディー解析で確認できますか。その場合の概算を教えてください。 |
|
目的や既知情報の質によって費用が異なってきます。お客様からの情報開示後に、難易度が高いと判明し、課題解決のために個別計算メニューを多数組み合わせる必要があり、お問合せ時にお伝えしていました概算をオーバーする御見積となる場合がありますが、特別割引等で対応しますので、まずはご相談ください。 MFDDインシリコ創薬受託研究サービスはオーダーメイドの学術研究であり、創薬化学に精通した博士研究者が課題解決のための論文調査や検証のもとに試行錯誤、時には高度に自動化してあるプログラムを書き換えつつ、高額なコンピュータやソフトウエアを駆使して手作業で研究を繰り返し、成果報告します。一般の商品とは異なりますのでご理解をお願いします。 |
| Q8. 既に結晶構造が明らかなタンパク質に対して、結合する化合物のスクリーニングをインシリコで実施したいと考えています。その場合の概算を教えてください。 |
|
目的や既知情報の質によって費用が異なってきます。お客様からの情報開示後に、難易度が高いと判明し、課題解決のために個別計算メニューを多数組み合わせる必要があり、お問合せ時にお伝えしていました概算をオーバーする御見積となる場合がありますが、特別割引等で対応しますので、まずはご相談ください。 MFDDインシリコ創薬受託研究サービスはオーダーメイドの学術研究であり、創薬化学に精通した博士研究者が課題解決のための論文調査や検証のもとに試行錯誤、時には高度に自動化してあるプログラムを書き換えつつ、高額なコンピュータやソフトウエアを駆使して手作業で研究を繰り返し、成果報告します。一般の商品とは異なりますのでご理解をお願いします。 |
| Q9. 分子ドッキングやバーチャルスクリーニングを依頼したいのですが、概算と納期を教えてください。 |
| 標的タンパク質の生物学的機能本体の全アミノ酸配列数が分からないと、予測できませんので、全アミノ酸配列数（モノマーではありません。生物学的機能本体がテトラマーの場合はモノマーアミノ酸配列数x4の数）をお知らせください。加えて、ミッシング残基やミューテーション情報などをお調べしますので、標的タンパク質名をお知らせください。分子機能研究所は業界で唯一価格を明記しています。詳しくは価格表・納期をご確認ください。 |
| Q10. 複数の助成金から分割してお支払いしたいのですが、可能でしょうか。 |
| はい。問題ありません。 |
| Q11. 貴所はインボイス制度に対応していますか。 |
| 分子機能研究所はインボイス制度に対応しています。適格請求書発行事業者です。ご請求書に登録番号を記載しています。 |
| Q12. 投稿中の論文でドッキングを追加するようにレビューアに指摘されました。リバイス投稿まで１週間しかありません。新規に依頼する場合、すぐに対応していただけますか。 |
| 技術的・時間的に対応可能であっても、通常はお断りしています。 MFDDインシリコ創薬受託研究サービスの成果を学術利用される場合は、連名にしていただくことを前提とさせていただいています。 既に、リバイズ状態にある論文に分子機能研究所の成果を追加することはご遠慮いただいています（オーサーシップに違反します）。この場合、分子機能研究所はゴーストライターとなってしまいますので、ご容赦ください。英文校正などのサービスとは異なりますので、ご理解をお願いします。 通常、 秘密保持契約->ヒアリング->事前検証・事前調査->研究計画書・御見積書提示->受託研究契約締結->受託開始->納品->検収->報告会 の流れがあり、時間に余裕をもってご連絡ください。 また、リバイズ状態にある場合は、分子機能研究所がレビューアのコメントに沿った担当箇所の英文執筆を行うことになり、論文全体を理解している必要があります。 現在の論文が拒絶され、新しい雑誌に投稿される場合は連名にしていただくことを前提として、時間に余裕をもってお問い合わせいただけますようお願いします。 |
| Q13. 競争的資金の申請締切日まで1週間しかありません。今すぐ依頼したいのですが、対応可能でしょうか。 |
| 特急（オプション）扱いで対応可能です。 秘密保持契約を速やかに行っていただき、ヒアリングを行います。研究計画書と御見積書を提示しますので受託研究契約を速やかに取り交わしてください。 1週間以内に作業データ一式を納品し、報告会を実施します。但し、詳細報告書（オプション）だけは特急オプションの納期内での納品となりますので、ご了承ください。 |
| Q14. 大学に所属があるのですが、費用は企業が負担します。アカデミック価格が適用されますか。 |
| 学術利用されるのか、商用利用されるのかで異なってきますので、まずはご相談ください。 一例として、 見積書、請求書、納品書だけ企業や政府系研究機関で、受託研究契約書の署名が大学研究機関の場合はアカデミック価格で対応しています。受託研究契約書の署名も企業や政府系研究機関にする必要がある場合は一般価格としていただいています。 |
| Q15. 貴所と同種サービスを提供している他社との違いを教えてください。 |
| MFDDサービスは十分な事前検証と事前調査に基づいたオーダーメイドの受託学術研究です。バーチャルスクリーニングなど名称が同じ場合でも、他社が提供している受託計算とはサービスの本質が異なります。MFDDサービスはお客様が学術論文として投稿することを前提とした受託研究を実施しています。ぜひ分子機能研究所の費用対効果の優れた受託研究サービスをご利用ください。 |
| Q16. バーチャルスクリーニングに利用するスクリーニング用三次元化合物ライブラリ構築費用は必ず必要ですか。 |
| 分子機能研究所が保有していないお客様ご指定の化合物データベースを利用する場合に必要となります。 分子機能研究所では HTSライブラリ（約300,000化合物）、 ドラッグライブラリ（約13,000化合物）、 天然物化合物ライブラリ（約20,000化合物）、 食品成分ライブラリ（約20,000化合物）、 を保有しており、上記ライブラリを使用される場合は費用は発生いたしません。 ただし、構築済みライブラリは納品物には含まれませんのでご注意ください。 |
| Q17. 嗅覚受容体や味覚受容体のようなGPCRのバーチャルスクリーニングでアゴニスト（作動薬）やアンタゴニスト（拮抗薬）を見つけることは可能ですか。 |
| MFDDサービスではこれまでに複数の嗅覚受容体（Olfactory receptor）や味覚受容体に対するバーチャルスクリーニングの依頼を受けてきています。いずれも、作動薬や拮抗薬が見つかっており、学会発表や特許明細書出願をサポートしてきています。機能性食品だけでなく、嗅覚受容体はある種のがんで過剰に発現していることが知られており、医薬品への展開でも成果を示しています。 |
| Q18. ファミリーの関係にある複数の酵素群に対して特異性を示す阻害剤を探しています。それぞれに対してバーチャルスクリーニングを実施し、特定の酵素だけを阻害できる阻害剤を見つけることは可能ですか。 |
| それぞれの酵素に対してバーチャルスクリーニングを実施し、重複解析を実施して、特異性が期待できる阻害剤を提示できます。これまでも酵素に限らず、GPCRやその他受容体に対して多数の実績があります。 |
インシリコ創薬、構造ベース創薬、計算化学が全く分からないというお客様でも安心してご利用いただけます
ほとんどのお客様がウエット実験を主体とした医師やケミカルバイオロジーあるいは有機合成化学を専門とされる方ですが、研究課題解決に分子機能研究所の受託研究サービスをご利用されています。
分子機能研究所は20年以上の実験創薬、実験分子細胞生物学、実験有機合成化学、理論有機化学での実績があり、そのうえで30年以上のインシリコ創薬研究の実績がありますので、お客様の研究分野にあわせて分かりやすくご相談サポートさせていただきます。
お客様とのヒアリングを通して、文献調査や周辺調査の上、課題解決のための詳細な研究計画書を提示させていただきます。
インシリコ創薬や計算化学、あるいは業界情報など、通常では高額なコンサルタント費用が発生するサービスを受けることができます。
まずはどのような内容でも構いませんのでお客様の課題についてお気軽にお問い合わせください。
お客様の課題やご質問内容をお知らせください。事前調査・事前検証の上、研究計画書、御見積書をご用意いたします。
ぜひ、分子機能研究所が提供するMFDDインシリコ創薬受託研究サービスを検討してみてください。
ご不明な点等ありましたら、お気軽にご連絡ください。
まずはお問い合わせください。
| お見積、お問い合わせ |
パンフレットはこちらから。
即日納品可能、分子量1,000程度までの中・低分子を対象とした、単純計算あるいは分子のイラスト素材作成などをお気軽にお試しいただける受託計算サービスもご用意しています。
営業時間
電話でのお問い合わせ：平日9:00〜20:00、土曜日9:00〜13:00（至急の案件については365日24時間体制で対応します）
作業時間：365日24時間（年中無休）
MFDDインシリコ創薬受託研究サービスパンフレット
その他のサービス及び関連商品を提供します。お気軽にお問い合わせください。
構造ベース創薬（SBDD）の初心者向け解説書（PDF版）
「AutoDockおよびAutoDock Vinaの概要と使用方法：フリーソフトだけで実施する構造ベースドラッグデザイン」（55ページ、2023年改訂版）、著者 辻一徳
AutoDock、AutoDock Vina、AutoDock Tools、Open-source PyMOL、PyRx、PyMOL AutoDock/Vina PlugIn、Windowsコマンドラインを使用したチュートリアル形式での詳細解説
価格：税込110,000円
構造ベース創薬（SBDD）の初心者向け手順書（PDF版）
「Open-source PyMOLのインストール方法」（2024年7月版）、著者 辻一徳
価格：税込11,000円
オープンソースPyMOLの入手方法が2024年7月から変更となっています。本マニュアルではインターネット上に公開されていない最新のインストール方法について記載しています。
オープンソースPyMOL2.x.x及びオープンソースPyMOL3.x.xが無料で使用できます（有償版PyMOLを検討される前に分子機能研究所にご相談ください）。
インストール手順に不安があるお客様に対してはオンラインでOpen-source PyMOLのWindowsマシンへのインストールを別途有償にてお手伝いいたします
分子機能研究所