最終修正日

2024/9/10

分子機能研究所創立21周年

インシリコ創薬受託研究サービス（MFDDサービス）

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスは、単純な受託計算ではなく、事前に検証や論文調査を行い、最先端の構造ベース創薬（SBDD）やリガンドベース創薬（LBDD）、次世代の量子化学創薬（QMDD）などのインシリコ創薬技術を駆使して、お客様に最善の手法を提案します。

ホモロジー検索、アミノ酸配列アラインメント解析、ホモロジーモデリング、タンパク質二次構造予測、立体構造予測、生体高分子立体構造精密化、核酸（DNA、RNA）モデリング、ペプチドモデリング、複雑な生体高分子システムモデリング、分子動力学計算、分子シミュレーション、リガンド結合部位予測、基質結合部位予測、相互作用部位予測、分子ドッキング、誘導適合効果(インデュースドフィット)を考慮した生体高分子システム及びリガンドフレキシブルドッキング、タンパク質-リガンドドッキング、核酸-リガンドドッキング、タンパク質-タンパク質(ペプチド)ドッキング、化合物ライブラリー構築、化合物データベース作成、三次元化合物ライブラリー構築、インシリコスクリーニング、バーチャルスクリーニング、精密ドッキングスタディー解析、構造ベースファーマコフォア予測、結合様式予測、生体分子及び低分子の量子化学計算、フラグメント分子軌道計算、全系量子化学計算、インターフラグメント相互作用解析、QM/MM計算、ONIOM計算、電子相関MP2レベルでの振動解析による結合自由エネルギー計算、リガンドベースファーマコフォア予測、ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング、リガンドベースバーチャルスクリーニング、類似化合物検索、部分構造検索、類似構造探索、活性化合物からの標的予測(逆引き予測)、定量的構造活性相関解析、3D QSAR、ROC分析、分子設計、ドラッグデザイン、リード最適化、遷移状態解析、NBO解析、反応座標解析、合成ルート検索、合成ルートデザイン、生体分子ネットワーク・パスウェイ解析などを駆使して創薬化学研究の課題解決をトータルにサポートします。

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インシリコ創薬受託研究サービス（MFDDサービス）

インシリコ創薬受託研究対応技術一覧

・　研究結果の無保証（免責事項）

・　受託研究実績、共同研究実績、製品導入実績

・　2000年以前の医薬化学、生物有機化学、精密有機合成化学関連論文

・　その他の商品

新着情報

2024年9月10日

プレスリリース：分子機能研究所がMFDDインシリコ創薬受託研究サービスで量子化学計算による生体高分子のシミュレーション・解析サービスを充実

2024年7月9日

公益財団法人横浜工業会　学術研究等助成金贈呈式にて贈呈状が分子機能研究所代表辻一徳に授与されました

2024年6月26日

化学工業日報紙CCS特集に分子機能研究所の記事「インシリコ創薬技術強み」が掲載されました

2024年6月11日

令和6年度公益財団法人横浜工業会研究開発助成、「産学連携に対する研究開発助成」に「原子動力学ソフトウェアによる分子ドッキング計算の創薬応用への評価」が採択されました

2024年6月9日

分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が第45回日本炎症・再生医学会（7月17日、福岡）にて発表されます

2024年4月9日

プレスリリース：分子機能研究所と理科研株式会社がインシリコ創薬分野で代理店契約を締結

2024年4月4日

理科研株式会社（本社：東京都文京区本郷）とMFDDインシリコ創薬受託研究サービスの代理店契約を締結

2024年4月1日

分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学の共同研究「構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究」が2024年度生体医歯工学共同研究拠点共同研究プロジェクトに採択されました

2023年12月6日

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスの研究成果を含む名古屋大学、修文大学との研究成果「Hydroxyhexylitaconic acids as potent IMP-type metallo-β-lactamase inhibitors for controlling carbapenem resistance in Enterobacterales」が2023年12月6日付でMicrobiology Spectrum誌（インパクトファクター：9.043）に受理されました

2023年11月7日

CCSnewsで分子機能研究所が担当しているインシリコ創薬の受託・共同研究と研究成果に関する記事が取り上げられました

2023年11月1日

プレスリリース：分子機能研究所が大阪大学、京都府立医科大学とがん治療薬の開発を目指した共同研究を開始

2023年10月30日

一般の個別計算メニューについて単価を改定しました。ご理解をお願い致します

2023年10月23日

プレスリリース：分子機能研究所がインシリコスクリーニングで有効成分を発見

2023年8月10日

辻一徳が「AutoDockおよびAutoDock Vinaの概要と使用方法：フリーソフトだけで実施する構造ベースドラッグデザイン」と題して北海道科学大学（計算科学技術を成長的発展に導くプロフェッショナル人材育成の足場づくり）で招待講演（講演と実演で180分）を行いました

2023年7月1日

分子機能研究所創立20周年を迎えました

2023年6月29日

化学工業日報紙CCS特集で分子機能研究所のMFDDインシリコ創薬受託研究に関する記事が掲載されました

2023年6月16日

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスの研究成果を含む東京大学医学部との研究成果「Functional evaluation of rare OASL variants by analysis of SLE patient-derived iPSCs」が2023年6月16日付でJournal of Autoimmunity誌（インパクトファクター：14.511）に受理されました

2023年6月5日

プレスリリース：MFDDインシリコ創薬受託研究サービス「基本料金半年間無料キャンペーン」を実施　～分子機能研究所創立20周年記念～

2023年6月1日－2023年9月30日

祝20周年記念半年間基本料金無料キャンペーン

2023年5月26-27日

分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が第66回春季日本歯周病学会学術大会にて発表されます

2023年4月1日

分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学の共同研究「構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究」が2023年度生体医歯工学共同研究拠点共同研究プロジェクトに採択されました

2023年4月1日

個別計算メニューの一部について単価を改定しました。ご理解をお願い致します

2023年3月1日－2023年5月31日

祝20周年記念半年間基本料金無料キャンペーン

2022年11月27日

分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果が第1回日本唾液ケア研究会学術集会で発表されます

2022年11月10日

第50回構造活性相関シンポジウムで辻一徳が「インシリコスクリーニングとCADDによるCOVID-19治療薬候補化合物の探索研究」と題して口頭発表を行います

2022年9月21日

プレスリリース：新型コロナウイルス（COVID-19）治療薬候補化合物リストを発表：世界最高水準のコンピュータシミュレーションによる医薬品分子設計方法論で成果

COVID-19治療薬候補化合物リスト

2022年9月20日

COVID-19治療薬候補候補化合物リストに関する辻一徳の学術論文がオンライン出版されました。Virtual screening and quantum chemistry analysis for SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase using the ChEMBL database: Reproduction of the remdesivir-RTP and favipiravir-RTP binding modes obtained from cryo-EM experiments with high binding affinity. Int. J. Mol. Sci. 23, 11009, 2022.

2022年9月17日

COVID-19治療薬候補化合物リスト、世界最高水準のコンピュータシミュレーションによる医薬品分子設計方法論に関する辻一徳の学術論文がInternational Journal of Molecular Sciences誌（インパクトファクター：6.208）に受理されました

COVID-19治療薬候補化合物リスト発表

2022年6月29日

化学工業日報紙CCS特集で分子機能研究所のMFDDインシリコ創薬受託研究・共同研究に関する記事が掲載されました

2022年6月23日

分子機能研究所が担当したMFDDインシリコ創薬受託研究成果を含む研究成果がIADR/APP General Session国際学会（成都）で発表されました

2022年6月16日

抗SARS-CoV-2薬に関する辻一徳の論文に対してTop Downloaded Article証明書がWiley社から授与されました

20年間にわたる大学研究機関・国立研究機関・民間研究機関のインシリコ創薬の受託研究やコンサルタントを実施してきた長年の信頼と豊富な実績があります。

2008年には分子機能研究所が提供した受託研究がScience誌に受理されるなど、多くの実績を持ちます。

NC2300と人カテプシンKとの最安定複合体構造 NC2300と人カテプシンKとの最安定複合体構造リボン表示 NC2300と人カテプシンKとの最安定複合体構造における相互作用

Science, 319, 624-7, 2008.

分子機能研究所は長年の豊富な実験創薬化学研究を基盤としつつ、独自に必要な創薬基盤技術を研究開発できる技術力があるため、他研究機関では取り扱い困難な難易度の高い研究にも対応可能で、創薬モダリティーにも対応しています。

分子機能研究所のインシリコ創薬コア技術

分子機能研究所コア技術

生体高分子システム立体構造からのリガンド結合部位予測、構造ベースファーマコフォア予測、生体高分子間相互作用部位予測に関する特許を取得しており、これら手法および構造ベースファーマコフォアとリガンドファーマコフォアとの重ね合わせによる高精度ドッキングシミュレーション、バーチャルスクリーニング、構造ベーススクリーニング、リガンドベーススクリーニング、構造ベースファーマコフォアを用いたデノボデザインなどの応用技術に関する権利を保有しています。

2005年の分子機能研究所ホームページ開設以来、分子機能研究所が保有するインシリコ創薬のコア技術に関する多くのページを公開してきました。これらのページも一読してください。

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスで使用する分子機能研究所独自開発プログラム（DSHC、HMHC、バーチャルスクリーニングシステム、AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス、rDockインターフェイス、ONIOMインターフェイス、Gaussianインターフェイス、Ab Init Protein 3D Modeling、Secondary Structure Predictionなど）はもちろん、GaussianやHyperChemなどの商用計算化学プログラムおよび計算化学オープンソースプログラムのそれぞれの開発元から商用利用許可を得ていますので安心してご利用いただけます。

インシリコ創薬

分子機能研究所の創薬化学研究ミッション

医薬品の開発には膨大な資金・時間・労力がかかります。分子機能研究所は創薬化学（探索）研究を高度化・効率化するための創薬化学基盤研究にウエットとインシリコの両面から長年取り組んでおり、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスではこれまでに培ってきた構造ベース創薬（SBDD）やリガンドベース創薬（LBDD）などの創薬化学基盤技術に加え、分子機能研究所が牽引する次世代の量子化学創薬（QMDD）などの最先端創薬化学技術でお客様に最善の課題解決策を提案します。

分子機能研究所の創薬化学ミッション

ドラッグリポジショニングやドラッグリユージングの戦略により、ドラッグラグやドラッグロスの課題解決にも取り組んでいます。

SBDDとLBDD

量子化学創薬

最先端のインシリコ創薬において、生体高分子システムなどの巨大分子システムに対して全系量子力学計算を実施する場合、分子力学計算による構造最適化計算や分子動力学計算で用意した初期構造では一点計算さえ収束しないか、異常なエネルギー値を与えます。フラグメント分子軌道法などで全系量子力学計算を実施する場合は、ONIOM法で予め初期構造を更に構造最適化して置く必要があります。ONIOM InterfaceはHMHCやDSHCで準備した高精度初期構造（複合体構造）を量子力学計算用に更に精密化して全系量子力学計算を成功させる最善のソリューションを提供します。

分子機能研究所では副作用を抑制する目的で受容体サブタイプ選択性問題に取り組んでおり、次世代インシリコ創薬技術である量子化学創薬技術（QMDD）の開発を進めており、複数の成功事例を論文発表しています。今後AI創薬に替わる次世代の創薬化学技術として注目されることが期待されます。

対応可能技術の一例

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは、単に依頼内容を実施するのではなく、分子機能研究所が事前調査や受託研究中に多数の論文調査を行い、お客様に最善の手法を提案します。その上で、納期もお客様に合わせて対応しています。

対応可能技術（一例）

ホモロジー検索、アミノ酸配列アラインメント解析、鋳型検索、ホモロジーモデリング（タンパク質、タンパク質－低分子複合体、タンパク質－タンパク質複合体、タンパク質－核酸複合体、等）（ホモロジーモデリングによる立体構造予測、ドラッグデザイン用精密ホモロジーモデリング、側鎖ロータマーモデリング、側鎖配座予測、等）

タンパク質二次構造予測（タンパク質）

立体構造予測（タンパク質、核酸、低分子、等）

核酸（DNA、RNA）モデリング、ペプチドモデリング

複雑な生体高分子システムモデリング、生体高分子システム立体構造精密化（タンパク質、核酸、低分子、金属原子、水分子等から成る複合体、等）

分子動力学計算（シミュレーション）（タンパク質、核酸、低分子、等）

リガンド結合部位予測、基質結合部位予測、阻害剤結合部位予測、生体高分子間相互作用部位予測（タンパク質、核酸、PIEFII法）

精密ドッキングスタディー解析（生体高分子（タンパク質、核酸）－低分子、生体高分子－生体高分子、生体高分子－ペプチド、等）（インデュースドフィットを考慮した生体高分子システム及びリガンドフレキシブルドッキング、結合様式予測）

タンパク質－リガンドドッキング、核酸－リガンドドッキング

タンパク質－タンパク質（ペプチド）ドッキング（タンパク－タンパクドッキング、タンパク－抗体ドッキング、タンパク－ペプチドドッキング）

インシリコスクリーニング（構造ベーススクリーニング、バーチャルスクリーニング）（タンパク－リガンドドッキング、核酸－リガンドドッキング、タンパク－ペプチドドッキング、核酸－ペプチドドッキング、等）

類似化合物検索、部分構造検索、類似構造探索（低分子）

ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアモデル作成、ファーマコフォアマッピング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング、リガンドベーススクリーニング（低分子）

リガンドベースバーチャルスクリーニング（低分子）

活性化合物からの標的予測（逆引き予測）（化合物　→　標的タンパク質探索）

化合物ライブラリー構築、化合物データベース作成、三次元化合物ライブラリー構築（低分子、等）

量子化学計算、フラグメント分子軌道計算（低分子、タンパク質－低分子、核酸－低分子、等）

QM/MM計算、ONIOM計算（低分子、タンパク質－低分子、核酸－低分子、等）

生体分子との相互作用シミュレーション解析（電子相関MP2レベルでの振動解析による結合自由エネルギー計算、インターフラグメント相互作用解析、等）、分子シミュレーション

定量的構造活性相関解析、3D QSAR、ROC分析

遷移状態解析、NBO解析（ナチュラル結合軌道解析、自然結合軌道解析）、反応座標解析

合成ルート検索、合成ルートデザイン（分子設計、合成経路設計、低分子、等）

ドラッグデザイン（リード最適化、等）

生体分子ネットワーク・パスウェイ解析（生体高分子、低分子、等）

その他（メカニズム解析、等）

対応可能技術のリンクをクリックしていただければ、分子機能研究所が保有する独自技術の詳細を確認することができます。

Homology Modeling Professional for HyperChem（HMHC） vs AlphaFold2

下図は、アミノ酸配列が報告されてから20年以上もファミリーも含めて立体構造が不明なタンパク質についてHomology Modeling Professional for HyperChem（HMHC）とAlphaFold2で立体構造を予測した結果です。

HMHC（2005年公開）はAlphaFold2（2021年公開）より16年も前に公開していますが、膜貫通部分のアラインメントは一致しており、HMHCとAlphaFold2から得られたホモロジーモデルは熱力学的に複数のコンフォメーションを採用すると予測される膜外ループ構造が異なる程度でした。
本蛋白質は立体構造未知のため、どちらのホモロジーモデルが正解に近いかは現時点では不明ですが、HMHCのアルゴリズムは未公開であるものの開発当初より機械学習機能をそなえておりAlphaFold2と同様のモデルを提供できます。HMHCは側鎖ロータマーや生体高分子に含まれる結晶水や低分子までも高精度にモデリングできる点でアドバンテージがあります。加えて、HMHCではヘテロダイマーなどの高次構造や核酸との複合体モデルなども簡単にモデリングでき、量子化学計算プログラムGaussian（ONIOM計算）や分子動力学シミュレーションプログラムNAMDともシームレスに連携できます。AlphaFold2で主鎖構造を予測しておき、HMHCで側鎖立体配座や全体構造を精密化するといった方法論も有効と考えられます。

HMHC_vs_AlphaFold2

サービスの品質と信頼性

分子機能研究所は研究代表として国の研究助成に採択されており、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは採択研究と同レベルあるいはそれ以上のレベルの学術研究をサービスとして提供します。

2020年度	文部科学省　共同利用・共同研究拠点　生体医歯工学共同研究拠点　研究助成構造ベース創薬に基づく抗SARS-CoV-2薬候補化合物の探索研究分子機能研究所（研究代表）、大阪大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学
2021年度	文部科学省　共同利用・共同研究拠点　生体医歯工学共同研究拠点　研究助成構造ベース創薬に基づく抗SARS-CoV-2薬候補化合物の探索研究分子機能研究所（研究代表）、大阪大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学
2022年度	文部科学省　共同利用・共同研究拠点　生体医歯工学共同研究拠点　研究助成構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学
2023年度	文部科学省　共同利用・共同研究拠点　生体医歯工学共同研究拠点　研究助成構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学
2024年度	文部科学省　共同利用・共同研究拠点　生体医歯工学共同研究拠点　研究助成構造ベース創薬によるRARγサブタイプ選択的アンタゴニストの開発研究分子機能研究所（研究代表）、横浜国立大学、お茶の水女子大学、東京医科歯科大学

分子機能研究所が独自に研究している研究成果は継続して国際査読誌に受理されており、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスの品質の信頼性に努めています。

特に、核内受容体を標的とした有機合成化学と分子細胞生物学などのウエット実験、構造ベース創薬、医薬化学、創薬化学、リガンド認識メカニズム、サブタイプ選択性について30年以上にわたる研究実績があります。

計算メニューの一例と価格表

料金は基本料金に個別計算料金が加算されます。下記料金はおおよその費用のご参考にしてください。ご予算を大幅にオーバーする場合にもまずはご相談ください。最善の課題解決策をご提案いたします。

基本料金

一般　200,000円（税別）
アカデミック　100,000円（税別）

個別計算料金

計算メニュー（一例）	納期	価格（税別）
高速ドッキングスクリーニング（バーチャルスクリーニング、インシリコスクリーニング）生体高分子システムのBelly計算、リガンドや阻害剤との複合体構造を用いる場合には再ドッキング検証を含む。場合によりヒット化合物のRule of 5結果を提示
100万化合物以内（1つの化合物ライブラリ毎）	2週間	一般　400,000円アカデミック　200,000円
高信頼性ドッキングスクリーニング（サイトドッキングとブラインドドッキングにも対応）生体高分子システムのBelly計算、リガンドや阻害剤との複合体構造を用いる場合には再ドッキング検証を含む
1,000化合物以内（1つの化合物ライブラリ毎）	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
精密ドッキングスタディー解析・結合様式予測（インデュースドフィット効果（誘導適合効果）を水素原子、側鎖、主鎖、部分構造や全体構造など指定部分に適用可能）最安定複合体構造のドッキングモード・ドッキングポーズ予測、相互作用解析・定量的構造活性相関解析に有効生体高分子システムのBelly計算、リガンドや阻害剤との複合体構造を用いる場合には再ドッキング検証を含む
10化合物以内（エナンチオマー、ジアステレオマーを含む）生体高分子側　500残基以下	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
10化合物以内（エナンチオマー、ジアステレオマーを含む）生体高分子側　1,000残基以下	2週間	一般　300,000円アカデミック　150,000円
タンパク質－タンパク質ドッキング解析生体高分子システムのBelly計算を含む
1,000残基以下（合計残基数）	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
ドッキング解析用PDB選定目視確認、残基数確認、構造未決定部分確認、ミューテーション確認、文献確認
100 PDB以内（同種生体高分子毎）	1週間	一般　300,000円アカデミック　150,000円
類似化合物探索、部分構造検索
500万化合物以内（1つの化合物ライブラリ毎）	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
生体高分子システム立体構造精密化（複合体モデリング、ドッキング解析・相互作用解析・結合様式予測用立体構造精密化） NMRやCryo-EM構造など分解能が低い場合、あるいは、複数ユニットから成る四次構造作成時に有効ミッシング残基やミューテーションがある場合はホモロジーモデリングとの組み合わせが必要
500残基以下	1週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
1,000残基以下	1週間	一般　300,000円アカデミック　150,000円
リガンド結合部位予測、基質結合部位予測リガンド結合部位や基質結合部位が不明な場合
500残基以下	1週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
1,000残基以下	1週間	一般　300,000円アカデミック　150,000円
スクリーニング用三次元化合物ライブラリ構築 pHに合わせてプロトン化状態を反映、通常は生理的条件下のpH=7.4で準備
100万化合物以内（1つの化合物平面構造データベース毎）	2週間	一般　400,000円アカデミック　200,000円
ホモロジーモデリング (ホモロジー検索、鋳型検索、アミノ酸配列アラインメント解析を含む) ドッキング解析用の構造に構造未決定領域や多数のミューテーションや非天然残基がある場合に構造補完として有効
500残基以下　鋳型配列同一性　40%以上	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
1,000残基以下　鋳型配列同一性　40%以上	2週間	一般　300,000円アカデミック　150,000円
500残基以下　鋳型配列同一性　40%未満	3週間	一般　300,000円アカデミック　150,000円
1,000残基以下　鋳型配列同一性　40%未満	3週間	一般　400,000円アカデミック　200,000円
分子動力学シミュレーション（GPU対応）
500残基以下　1ns	1週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
500残基以下　10ns	2週間	一般　300,000円アカデミック　150,000円
500残基以下　100ns	2週間	一般　400,000円アカデミック　200,000円
1,000ns（1マイクロ秒）程度の分子動力学シミュレーションはスーパーコンピュータをご利用頂く必要があります*	応相談	応相談
*QM/MM構造最適化計算（B3LYP/6-31G:AM1:AMBER）** 全系量子化学計算用安定構造準備に必須、量子化学計算レベルでの結合自由エネルギー計算が可能
300残基以下　QM領域　10残基以下、High Layer（低分子）　分子量500以下	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
上記条件を超える生体高分子システムのQM/MM構造最適化計算はスーパーコンピュータをご利用頂く必要があります*	応相談	応相談
全系量子化学計算一点計算（MP2/6-31G) 電子レベルでの相互作用解析に有効
300残基（300フラグメント）以下（金属タンパクを除く、周期表Krまでの系（特に、ヨウ素原子を含む系はご注意ください））	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
上記条件を超える生体高分子システムの全系量子化学計算はスーパーコンピュータをご利用頂く必要があります*	応相談	応相談
ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング（構造ベース及びリガンドベース）
ファーマコフォアモデリング	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
ファーマコフォアモデリング用リガンド及びデコイ三次元構造準備（100化合物以内、10コンフォメーション / 1化合物）	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
ファーマコフォアベーススクリーニング　100万コンフォメーション以内（1化合物につき100コンフォメーション処理する場合は1万化合物以内）（別途、スクリーニング用三次元化合物ライブラリ構築が必要）	2週間	一般　300,000円アカデミック　150,000円
分子設計、ドラッグデザイン、リード最適化精密ドッキング解析などから候補となった骨格化合物について、合成ルートから原材料調査と反応条件検索を実施し、合成可否を判断して目的化合物をデザインします（デザインした化合物の標的との親和性については別途に対応する個別計算を実施していただく必要があります）。目的活性及び合成達成を保証するものではありません
合成目的化合物の合成ルートの提示がある場合　1骨格　20化合物以内	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円
合成目的化合物の合成ルートの提示がない（合成ルートの調査が必要な）場合　1骨格　20化合物以内	3週間	一般　400,000円アカデミック　200,000円
詳細報告書等	2週間	一般　200,000円アカデミック　100,000円

実際の受託研究サービスではお客様のご要望に合わせて、これら個別計算メニューの組み合わせで対応することになります。

納品物はお客様の使用環境に変換した結果データ類の電子媒体、簡易報告書、簡単な結果報告が基本となります。

詳細報告書が必要な場合は詳細報告書等オプションも選択して頂く必要があります。

国内数か所のスーパーコンピュータの利用実績もあります。スーパーコンピュータを利用される場合は研究テーマ等の使用目的が利用審査に必要になる場合がありますので、ご希望のスーパーコンピュータ利用規約をご確認ください。

* スーパーコンピュータで実施をご希望の場合にはスーパーコンピュータ利用料金の実費は別途、全額お客様ご負担となります。スパコンで商用ソフトをご利用されたい場合も、ソフトの使用ライセンス料金は全額お客様のご負担となります。その他、スパコンの使用にあたっては技術料等が別途に必要になります。詳しくはご相談ください。

納期

研究業務仕様書が作成できた段階（課題解決出来た段階）で報告書を残してほとんどの計算が完了しているため、契約成立後の納品期間は、2週間から1カ月程度、長くても1カ月半以内となります。

通常納期は個別計算メニューの納期の加算以内となります。同じ計算メニューを複数実施する必要のある場合は並列計算しますので納期は変わりません。

お急ぎの場合は特急オプション（有償）を指定していただくことで柔軟に対応しますので、ご相談ください。

年内および年度内納品の案件が大変増えています。予約制となり、先に正式発注された案件の納期が優先されますので、ご了承ください。日数に十分な余裕をもってお問い合わせください。

圧倒的費用対効果（業界最安値）

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは、高額なコンピュータやソフトウエア使用料の元、限界まで費用を抑えています。

他研究機関と個別計算メニューが同じ場合、納期は同じで、定価はその半額以下です。その上で、長年の豊富な実績があり、加えて、インシリコ創薬基盤技術の高度化を進めており、受託研究は他研究機関以上の成果が期待できます。

ご予算内で課題解決に努めますので、秘密保持契約の下で、まずはご予算とターゲット及び目的をお知らせください。

スポット契約と年間契約

特別割引と併用することで、ご予算にあわせた受託研究サービスがご利用いただけます。

MFDDインシリコ創薬受託研究（一般向け）

一般向け（上）

MFDDインシリコ創薬受託研究（アカデミック向け）

アカデミック向け

過去の実施例

SARS-CoV-2関連タンパク、GPCR、イオンチャネル、トランスポーター、電子伝達系、光合成系などの膜貫通タンパク、核内受容体、各種受容体、PPI、輸送タンパク、抗原抗体、キナーゼ、プロテアーゼ、シンターゼなどの酵素、ペプチド医薬、DNA、RNAの核酸医薬等を標的とした創薬モダリティーを志向した多数の企業・大学・官庁への納品実績があります。医薬品、医薬中間体、医薬部外品、農薬、化粧品、サプリメント、健康食品、保健機能食品などの食品成分、ファイトケミカル、天然物、機能性材料、環境ホルモン、内分泌かく乱物質、ペプチド、環状ペプチド化合物などのペプチド医薬、核酸誘導体などの核酸医薬、抗体医薬、バイオ医薬、ヘルスケア製品成分などのドッキングシミュレーションやスクリーニングなど、様々な業界のご要望にお応えしてきた実績があります。がんなどのアンメットメディカルニーズの医薬品開発については核内受容体を中心に長年研究を行っており、ドラッグリポジショニングやドラッグリユージングの観点に基づくスクリーニングでも実績があります。機能性材料などの低分子の分子設計、触媒設計や遷移状態解析と反応経路探索などの反応解析・反応設計、反応メカニズムの提案、さらには、これまでに計算事例の存在しない医歯薬化粧材料の効果に対する新たな計算手法の提案と実施でも実績があります。

以下はこれまでに実施してきた受託研究の一例です。

過去の実施例（一例）

ねじれ結合17個からなる光学活性医薬候補化合物の精密ドッキングスタディー解析による最安定複合体構造予測

核内受容体を創薬ターゲットとしたリード探索と合成提案

アポタンパク質を用いたインデュースドフィット効果を考慮した精密ドッキングスタディー解析

金属タンパク質のホモロジーモデリング、阻害剤との精密ドッキング解析、メカニズム解析

ペプチドドッキングスタディーによる構造活性相関解析

抗原抗体ドッキングスタディーと最安定複合体構造に対するQM/MM（ONIOM）構造最適化計算

DNAマイナーグルーブバインダーの精密ドッキングスタディー解析

6サブユニットから成る超巨大膜貫通型領域を持ち、かつ、巨大膜外領域からなる超巨大タンパク複合体アポフォームのホモローモデリングおよび立体構造予測と誘導適合効果を考慮した阻害剤の高精度ドッキングスタディーによるスコアリングおよびドッキングポーズ解析

膜貫通型タンパク質複合体全体構造のホモロジーモデリングと膜外および膜内領域の立体構造予測と医薬候補化合物とのドッキングポーズ（結合様式）予測

DNAアプタマー（中分子）の精密ドッキングスタディー解析とQM/MM（ONIOM）構造最適化計算

RNAアプタマーの精密ドッキングスタディー解析、QM/MM（ONIOM）構造最適化計算、全系量子化学計算（フラグメント分子軌道法）による構造活性相関解析

3500残基からなる超巨大複合体構造のホモロジーモデリング、1ns分子動力学シミュレーション、阻害剤結合サイト予測、医薬候補化合物の精密ドッキングスタディー解析と構造活性相関解析

輸送タンパクに対する150万化合物のインシリコスクリーニングと上位ヒット化合物に対する高信頼性ドッキングスクリーニングの組み合わせによるヒット絞り込み

糖尿病、肥満、抗炎症、アルツハイマー、がん等のアンメット・メディカルニーズに対するパスウェイ検索による創薬ターゲット選定、ホモロジーモデリング、バーチャルスクリーニング、精密ドッキングスタディー解析、ファーマコフォアスクリーニング、デノボデザイン、リード最適化、合成ルート提案

機能性材料の工業的合成ルートの設計：遷移状態解析による反応経路探索に基づく反応設計と触媒設計、反応メカニズムの提案

スーパーコンピュータを用いた1マイクロ秒スケールでの分子動力学シミュレーション解析

スーパーコンピュータを用いた約20,000原子からなるタンパクー核酸ーリガンドー金属イオン複合体のMP2理論レベルでのQM/MM（ONIOM）構造最適化計算と振動解析による結合自由エネルギー計算及びMP2理論レベルでの全系フラグメント分子軌道計算によるインターフラグメント相互作用エネルギー解析（約1,200フラグメント）

計算事例のない医歯薬化粧材料の性能・機能・効果に対する計算手法の提案と実施

ペプチドホルモンの標的探索（逆引き探索）と候補ターゲット膜貫通タンパク質のホモロジーモデリング、タンパク－ペプチドドッキング解析

1億化合物データベースを用いた類似構造検索、部分構造検索と合成ルートデザイン

RNAセンサータンパク質－RNA複合体の立体構造精密化とフラグメント分子軌道法によるインターフラグメント解析、及び、RNA結合表面でのリガンド結合部位予測とドラッグリポジショニングの観点に基づくドラッグライブラリーを用いたインシリコスクリーニング

活性型の味覚・嗅覚センサー膜貫通タンパク質のホモロジーモデリングとリガンド結合部位予測、及び、食品成分のインシリコスクリーニング

ペプチドホルモン受容体の膜外領域活性コンフォメーションのホモロジーモデリング、リガンド結合部位予測、環状ペプチド化合物の精密ドッキング解析による構造活性相関解析、及び、活性候補化合物のデザインと合成ルートデザイン

活性及び不活性化合物の分子重ね合わせ手法によるリガンドファーマコフォア予測とリガンドベースバーチャルスクリーニング

アロステリックサイト予測とアロステリックエフェクターのドッキング解析

分子動力学シミュレーションによる経年劣化シミュレーション

高精度ブラインドドッキング解析によるPPIインターフェイスの構造ベースファーマコフォア（ホットスポット）予測とペプチド及び生体高分子に置き換わる低分子阻害剤のスクリーニング

分子機能研究所ではCOVID-19治療薬候補薬に加え、インフルエンザAウイルスに対する治療薬の研究開発やチクングニアウイルスの中和抗体設計でも実績があります。

ウイルス構造タンパクのホモロジーモデリングとドッキングシミュレーションウイルス表面タンパク複合体

受託研究過程で、生体分子ネットワーク・パスウェイ解析、定量的構造活性相関解析などの解析も実施します。

レチノイン酸レセプターの分子ネットワーク

機能性材料などの低分子の分子設計、触媒設計や遷移状態解析や反応経路探索などの反応解析・反応設計にもご利用いただけます。

精密有機合成化学を基盤とした理論有機化学、反応理論、分子軌道理論、遷移状態理論の研究とプロセス化学への応用研究に関する多くの国際査読誌論文実績があり、有機EL材料や有機薄膜太陽電池材料などの機能性材料に関する実験・理論研究とこれら機能性材料に関する多くの国際特許取得実績があります。

知的財産権^*

分子機能研究所の提供するMFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは、分子機能研究所が担当した部分に知的財産権が発生します。成果物の一部または全部を使用する場合、分子機能研究所を連名に入れていただく必要があります。連名にすることにより、学会や論文などの発表で必要なサポートが受けられます。

知的財産権を分子機能研究所が完全に放棄する必要のある場合は、学術利用と商用利用で条件が異なりますが、いずれの場合にも受託料金とは別途にロイヤリティーに関する契約を取り交わさせていただきます。

^* 2018年より方針を変更しましたので、ご注意ください。

なお、受託研究結果を公開する場合、分子機能研究所の研究成果も特許明細書や論文中で引用していただく必要があります。

受託研究期間終了後のサポート

研究成果を連名にしていただくことにより、受託研究期間終了後も査読論文受理や特許明細書出願まで徹底的にサポートを行っており、英文・和文に関係なく即日校正にも対応します。論文中の図表に必要な高品位図表作成等にも対応しています。

最高品質の成果報告

受託内容にもよりますが、詳細報告書は、通算で数万報の論文を精読し、数十報の論文を執筆、20年以上の国際査読誌論文レフェリー経験のある研究者が、そのまま論文として投稿可能な状態にまで短期間で仕上げて提出しており、これまでも多くのお客様からご好評をいただいています。

学位（博士号）取得への対応

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスをご利用された民間企業及び大学研究機関のお客様の中には、大学教授になられた方や学位（博士号）を取得された方も複数おられ、分子機能研究所の受託研究成果の質の高さが裏付けられています。

受託研究過程で、依頼者とのディスカッション、学会発表や論文執筆共同作業等を通して学位（博士号）取得が適切と判断される場合、必要な推薦書、誓約書や同意書に対応します。

受託研究結果の無保証（免責事項）

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスでは、事前調査で十分な調査・検証を行い、お客様が納得されたのちに、受託研究契約を締結し、発注していただいています。逆に、ヒアリングや事前調査で明らかに技術範囲を超える課題については対応できない旨をお伝えすることがありますので、ご了承ください。

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスは学術研究であり、お客様にとって価値のある結果を保証するものではありません。期待した結果が得られない可能性もある事をご理解の上、発注してください。

受託研究サービスの流れ

お問い合わせ

まずはお問い合わせフォームまたは電話にてご連絡ください。

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秘密保持契約

具体的な課題に対するヒアリング前に秘密保持契約をいたします。

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ヒアリング

日程調整を行い、Web会議にて現状の確認やお客様のご要望などをお伺いいたします。

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研究業務仕様書・お見積り書提案

ヒアリングした内容を元に通常1～2週間程度で文献調査、十分な事前検証を実施し、納期を含む研究業務仕様書とお見積り書をご提案させていただきます。

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ご契約・発注

発注に際して受託研究契約を取り交わせていただきます。本契約締結を持って正式発注とさせていただきますので、あわせて発注書をお送りください。

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サービスのご提供

研究業務仕様書に基づいて受託研究を実施いたします。
受託研究と同時に多数の文献調査を実施しますので、最善の手法をご提案させていただく場合があります。
お客様にご納得いただける場合は、追加費用のご負担なしに、納期までに変更研究を実施します。
なお、お客様より直接ご指示のあった追加研究に関しては新たなお見積りと納期変更が伴います。

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納品・報告

成果物に対して、ご確認いただきます。
お客様で検収していただいたのちに、結果報告と質疑・応答に対応いたします。
瑕疵等が見つかった場合には修正を行い、納品いたします。

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ご入金

納品と同時に請求書を発行させていただきますので、通常は翌月末までに入金をお願いします。
翌月末締め、翌々月末入金にも対応いたします。分割でのお支払いなどにも対応しますのでご相談ください。

実績

受託研究実績

大阪大学、大阪工業大学、金沢工業大学、甲南大学、修文大学、帝京大学、電気通信大学、東京医科歯科大学、東京大学、東京農工大学、名古屋大学、兵庫県立大学、弘前大学、北海道大学、北海道科学大学

国立医薬品食品衛生研究所、日本医療研究開発機構、量子科学技術研究開発機構

民間多数

共同研究実績

大阪大学産業科学研究所、大阪大学蛋白質研究所、大阪大学微生物病研究所、お茶の水女子大学、神奈川歯科大学、京都府立医科大学、金城学院大学、甲南大学、修文大学、千葉大学、東京大学、東京医科歯科大学生体材料工学研究所、東京医科歯科大学医学部、東京医科歯科大学大学院医歯学、富山県立大学、兵庫県立大学、弘前大学大学院医学、横浜国立大学、University of Minnesota

乙卯研究所、国立医薬品食品衛生研究所、国立感染症研究所、日本医薬情報センター、理化学研究所

民間多数

製品導入実績

愛知県立大学、岩手医科大学、愛媛大学、岡山大学、岡山理科大学、大阪大学、お茶の水女子大学、九州大学、京都大学、近畿大学、熊本県立大学、熊本高等専門学校、慶應義塾大学、静岡大学、創価大学、千葉大学、筑波大学、東海大学、東京大学、東京家政学院大学、東京農工大学、東京理科大学、東京薬科大学、獨協医科大学、長崎国際大学、奈良県立医科大学、新潟大学、広島大学、北陸大学、北海道大学、前橋工科大学、宮崎大学、武庫川女子大学、山口県立大学、Skagit Valley College、The University of Bradford、University of South Carolina

産業技術総合研究所、千葉県がんセンター、日本原子力研究開発機構、理化学研究所

民間多数

受理論文

MFDDインシリコ創薬受託研究で発表された学術論文は20報以上あり、投稿中の学術論文や執筆中の特許明細書も複数あります。以下は受託研究で発表された論文の一部です。

インパクトファクター： 4.353、4.354、41.845、3.162、3.575、4.937、2.867、3.686、2.518、3.319、2.231、3.686、4.030、2.231、5.103、1.645、3.240、6.208、14.511、9.043 （2021年）.

よくあるご質問

Q1. 貴所サービスにて実施可能なのかどうかをご相談させていただきたく考えています。私どもはin silico解析をこれまで行ったことはなく、まずは一度お話をお聞かせいただくことは可能でしょうか。

上記のお問い合わを最初にいただき、ヒアリングをもとに適切な手法をご提案させて頂き、目的化合物を見出すことに成功しています。現在、お客様で特許化を進められています。

Q2. 「どういった事が出来るのか？」や、「こういったスクリーニングを依頼することは可能ですか？」など、一度お話を伺う為の面談の場を設けさせて頂けませんでしょうか？

上記のお問い合わせを最初にいただき、ヒアリングの機会をいただきました。秘密保持契約を実施させていただき、より具体的な標的等をヒアリングさせていただき、課題解決策をご提案、受託を実施させていただきました。本お問い合わせから半年内に論文を投稿、レビューア対応や担当箇所執筆の対応をさせていただき、無事、学術論文として受理されました。また、学会発表も精力的に実施され、依頼者の方はその後博士号を取得されています。

Q3. 新規変異蛋白の構造予測、変異部位へ結合する化合物のスクリーニングを検討しています。本領域に不慣れなため、手法の相談も含めお時間をいただけないでしょうか。

上記のお問い合わせを最初にいただき、ヒアリングの後、課題解決策をご提案させていただき、受託研究期間も含め１か月以内に受託成果を含む学会発表を行われています。その後もスクリーニングを実施され、特許性の高い成果が得られています。

Q4. 他研究機関に依頼すると成果が出なくても1,000万円あるいはそれ以上かかる依頼内容が、貴所に依頼するとその10分の1以下の費用で済むのはなぜですか。

分子機能研究所は営利を第一目的としておらず、科学技術振興・人材育成・社会貢献を第一目的としているため、最低限の費用で学術論文として投稿できる水準の高度な研究成果を提供しており、実際にほとんどのお客様が受託成果を含む論文発表や学会発表を行っています。また、成果発表支援も行っており、サービスに一切の妥協はありません。一方で、同種受託サービスを行ってきた他の国内外創薬ベンチャー企業のほとんどは数年で実質的に倒産しています。これは分野が狭く、もともとニーズが少ないというだけでなく、高額な商用ソフトウエアの維持やワークステーションなどのインフラ整備に加え、依頼者それぞれの研究テーマについて課題解決能力が求められるため、専門の博士研究員を雇用する必要があり、他研究機関では高額な費用を請求されることになります。高額だからと言って、必ずしも成果が得られるとは限らないことは、発表している学術論文の質と数から明白です。ぜひ、分子機能研究所のインシリコ創薬受託研究サービスをまずはご検討ください。

Q5. 指定の化合物に親和性のあるタンパクを探すことは難しいでしょうか。

リガンドベースの単純な方法があり、実施可能です。方法論が簡単なため、最近は、AI創薬で付加価値をつけて高額な受託費用を請求して行っているところもあるようです。弊所では前者のリガンドベースで標的タンパク質を探索した後に、構造ベース創薬を実施していただけることを前提に対応しています。

Q6. 分子機能研究所のインシリコ創薬技術を導入して同様の研究設備を整備及び人材育成していただけるようなコンサルティングサービスを受けることは可能でしょうか。

多くの大学研究機関や民間研究機関でMFDDインシリコ創薬受託研究サービスを通して自社技術を一から整備されています。人材育成のためのコンサルタントも実施しています。インシリコ創薬コンサルティングサービスは個別に行っていますので、詳しくはお問い合わせください。なお、分子機能研究所のMFDDサービスと競合するサービスを提供する可能性がある場合はご遠慮頂いていますので、ご理解をお願い致します。

Q7. ある立体構造既知の標的タンパク質に、手持ちの化合物数個が結合するかを精密ドッキングスタディー解析で確認できますか。その場合の概算を教えてください。

目的や既知情報の質によって費用が異なってきます。お客様からの情報開示後に、難易度が高いと判明し、課題解決のために個別計算メニューを多数組み合わせる必要があり、お問合せ時にお伝えしていました概算をオーバーする御見積となる場合がありますが、特別割引等で対応しますので、まずはご相談ください。

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスはオーダーメイドの学術研究であり、創薬化学に精通した博士研究者が課題解決のための論文調査や検証のもとに試行錯誤、時には高度に自動化してあるプログラムを書き換えつつ、高額なコンピュータやソフトウエアを駆使して手作業で研究を繰り返し、成果報告します。一般の商品とは異なりますのでご理解をお願いします。

Q8. 既に結晶構造が明らかなタンパク質に対して、結合する化合物のスクリーニングをインシリコで実施したいと考えています。その場合の概算を教えてください。

Q9. 貴所はインボイス制度に対応していますか。

分子機能研究所はインボイス制度に対応しています。適格請求書発行事業者です。ご請求書に登録番号を記載しています。

インシリコ創薬、構造ベース創薬、計算化学が全く分からないというお客様でも安心してご利用いただけます

ほとんどのお客様がウエット実験を主体とした医師やケミカルバイオロジーあるいは有機合成化学を専門とされる方ですが、研究課題解決に分子機能研究所の受託研究サービスをご利用されています。

分子機能研究所は20年以上の実験創薬、実験分子細胞生物学、実験有機合成化学での実績があり、そのうえで30年以上のインシリコ創薬研究の実績がありますので、お客様の研究分野にあわせて分かりやすくご相談サポートさせていただきます。

お客様とのヒアリングを通して、文献調査や周辺調査の上、課題解決のための詳細な研究業務仕様書を提示させていただきます。

インシリコ創薬や計算化学、あるいは業界情報など、通常では高額なコンサルタント費用が発生するサービスを受けることができます。

まずはどのような内容でも構いませんのでお客様の課題についてお気軽にお問い合わせください。

お問い合わせ、お見積り

お客様の課題やご質問内容をお知らせください。事前調査・事前検証の上、研究業務仕様書、御見積り書をご用意いたします。

ぜひ、分子機能研究所が提供するMFDDインシリコ創薬受託研究サービスを検討してみてください。