構造ベース創薬支援システム - SBDDソリューション -

構造ベース創薬支援（SBDD）システム概要

in silico構造ベース創薬支援システム概要

分子機能研究所のSBDD技術

講演

2008/01/11 辻一徳. 一般社団法人企業研究会、第21期CAMMフォーラム、反応面選択性を支配する軌道相互作用理論、核内レセプターリガンド結合領域正準フォールドに関わる局所モチーフ理論、核内レセプターリガンド認識におけるドライビングフォース、そして構造ベース創薬支援システムの開発. SBDDソリューション資料

2021/05/14 辻一徳. 一般社団法人企業研究会、第34期CAMMフォーラム、構造ベース創薬基盤技術の研究開発とその応用：核内受容体リガンド、COVID-19治療薬のドラッグデザイン.

論文

Motonori Tsuji. On Attempts at Generation of Carboranyl Carbocation. J. Org. Chem., 68, 9589-9597, 2003, DOI: 10.1021/jo035090f.

Motonori Tsuji. Most Stable Conformation of the Cyclopropane Ring Attached at a Carbon Atom in a 1,2-Dicarba-Closo-Dodecaborane(12) System. J. Org. Chem., 69, 4063-4074, 2004, DOI: 10.1021/jo049854i.

辻一徳.有機機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン, 分子機能研究所, 2006.

Motonori Tsuji. Development of the Structure-based Drug Design Systems, HMHC and DSHC. Molecular Science, 1, NP004, 2007.

Motonori Tsuji. Local Motifs Involved in the Canonical Structure of the Ligand-Binding Domain in the Nuclear Receptor Superfamily. J. Struct. Biol., 185, 355-365, 2014, DOI: org/10.1016/j.jsb.2013.12.007.

Motonori Tsuji. Geometrical Dependence of the Highest Occupied Molecular Orbital in Bicyclic Systems: Pai Facial Stereoselectivity of Bicyclic and Tricyclic Olefins. Asian J. Org. Chem., 4, 659-673, 2015, DOI: 10.1002/ajoc.201500054.

Motonori Tsuji^*, Koichi Shudo, Hiroyuki Kagechika. Docking Simulations Suggest That All-Trans Retinoic Acid Could Bind to Retinoid X Receptors. J. Comput. Aided Mol. Des., 26, 975-988, 2015, DOI: 10.1007/s10822-015-9869-9.

Motonori Tsuji. A Ligand-Entry Surface of the Nuclear Receptor Superfamily Consists of the Helix H3 of the Ligand-Binding Domain. J. Mol. Graph. Model., 62, 262-275, 2015, DOI: org/10.1016/j.jmgm.2015.10.002.

Motonori Tsuji^*, Koichi Shudo, Hiroyuki Kagechika. Identifying the Receptor Subtype Selectivity of Retinoid X and Retinoic Acid Receptors via Quantum Mechanics. FEBS Open Bio., 7, 391-396, 2017, DOI: 10.1002/2211-5463.12188.

Motonori Tsuji. Antagonist-Perturbation Mechanism for Activation Function-2 Fixed Motifs: Active Conformation and Docking Mode of Retinoid X Receptor Antagonists. J. Comput. Aided Mol. Des., 31, 577-585, 2017, DOI: 10.1007/s10822-017-0025-6.

Motonori Tsuji. Potential Anti-SARS-CoV-2 Drug Candidates Identified through Virtual Screening of the ChEMBL Database for Compounds That Target the Main Coronavirus Protease. FEBS Open Bio., 10, 995-1004, 2020,DOI:10.1002/2211-5463.12875.

Motonori Tsuji. Virtual Screening and Quantum Chemistry Analysis for SARS-CoV-2 RNA-Dependent RNA Polymerase Using the ChEMBL Database: Reproduction of the Remdesivir-RTP and Favipiravir-RTP Binding Modes Obtained from cryo-EM Experiments with High Binding Affinity. Int. J. Mol. Sci. 23, 11009, 2022. DOI: 10.3390/ijms231911009

特許

辻一徳. 生体高分子における相互作用部位の予測方法, 2006. 出願番号：特許出願2006-125188、公開番号：特許公開2007-299125.

プレスリリース

2005年07月11日 Institute of Molecular Function が高性能、高機能タンパクモデリング支援システム「Homology Modeling for HyperChem」を開発

2005年08月22日 Institute of Molecular Function が「HyperChem」から「Gaussian」を実行するためのインターフェイス「Gaussian Interface for HyperChem」を開発、これにより世界最強計算化学環境を実現

2006年05月08日分子機能研究所（Institute of Molecular Function）が、疾患に関わるタンパク質の立体構造のみから、その疾患に対する医薬候補化合物を高精度に予測できる世界初の革新技術を開発

2006年11月16日分子機能研究所（Institute of Molecular Function）がコンピュータ上で医薬候補化合物をスクリーニングできるシステムを国産としては初めて国内外の一般市場で販売開始する。

2013年12月23日アミノ酸配列（一次構造）からタンパク質の立体構造（三次構造）が形成されるメカニズムの一端を原子・電子レベルで解明することに成功、医薬品や農薬が効果を示すメカニズムの一端を明らかにした。

2015年04月17日有機化学反応における重要未解決問題である反応面立体選択性の本質的原理の解明に成功

2015年11月04日核内受容体スーパーファミリーにおけるリガンド認識機構の原理の解明に成功

2017年02月15日量子力学計算により医薬品の受容体サブタイプ選択性の予測・再現に成功

2020年05月08日抗新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）薬の医薬品候補リストを発表