構造ベース創薬支援システム - SBDDソリューション -

構造ベース創薬（SBDD）の受託研究・共同研究を受け付けています。20年以上の豊富な実績があります。お気軽にお問い合わせください。

分子機能研究所 MFDD: Molecular Function Drug Design and Discovery

MFDDインシリコ創薬受託研究サービス

構造ベース創薬（SBDD）やリガンドベース創薬（LBDD）技術を駆使してお客様の課題解決を支援するオーダーメイドの受託研究サービスです

一般：20万円～
アカデミック：10万円～

・ホモロジーモデリング
・立体構造予測/精密化金属タンパク質、複雑な四次構造やキメラ構造も予測できます
鋳型がなくてもAlpha Foldと組み合わせて高精度モデルが予測できます

アミノ酸配列さえ用意できればタンパク質分子の立体構造を予測し、精密化まで実施できます。
生体高分子（タンパク質や核酸）の安定性や着目残基の情報が予測できます。
精密化した立体構造を用いて、分子ドッキングやインシリコ/バーチャルスクリーニングが実施できます。

構造ベース創薬（SBDD）システム

・分子ドッキング
・結合部位予測/結合様式予測
・親和性予測複合体形成部位が既知のサイトドッキングだけでなく、生体高分子全体構造からアロステリックサイトを予測するなど、ブラインドドッキングにも対応しています

結合部位を予測して、分子ドッキングを実施することで着目化合物（医薬品、農薬、食品成分など）の結合様式や生体高分子との親和性が予測できます。
生体高分子－低分子ドッキングだけでなく、タンパク質－タンパク質ドッキングやタンパク質－ペプチドドッキングにも対応しています。

・インシリコスクリーニング
・バーチャルスクリーニングインハウスデータベース、公共データベース、市販化合物データベースなど様々なデータベースを用いてスクリーニングできます

標的生体高分子に対する活性化合物（医薬品、農薬、食品成分など）をコンピュータ上で予測します（ヒット化合物といいます）。
数百万化合物から探索することも可能です。
ヒット化合物を生物評価することで偶然に頼るより実際に目的の活性が認められる可能性が格段に高くなります。

バーチャルスクリーニング

・定量的構造活性相関解析
・化合物デザイン/分子設計活性化合物の構造から標的生体高分子を予測してSBDDを実施できます

分子ドッキングで構造活性相関解析を実施し、目的化合物（医薬品、農薬、食品成分など）の活性を予測します。
化合物デザイン/分子設計で活性向上を図ります。
シード/リード最適化に利用できます。
合成ルートデザインなども承っています。

ドラッグデザイン

リガンドベース創薬（LBDD）、ファーマコフォアベース創薬、分子動力学計算、量子化学計算による創薬も取り揃えています

MFDDインシリコ創薬受託研究サービス

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構造ベース創薬支援（SBDD）システム概要

分子機能研究所のSBDD技術

講演

2008/01/11 辻一徳. 一般社団法人企業研究会、第21期CAMMフォーラム、反応面選択性を支配する軌道相互作用理論、核内レセプターリガンド結合領域正準フォールドに関わる局所モチーフ理論、核内レセプターリガンド認識におけるドライビングフォース、そして構造ベース創薬支援システムの開発. SBDDソリューション資料

2021/05/14 辻一徳. 一般社団法人企業研究会、第34期CAMMフォーラム、構造ベース創薬基盤技術の研究開発とその応用：核内受容体リガンド、COVID-19治療薬のドラッグデザイン.

論文

Motonori Tsuji. On Attempts at Generation of Carboranyl Carbocation. J. Org. Chem., 68, 9589-9597, 2003, DOI: 10.1021/jo035090f.

Motonori Tsuji. Most Stable Conformation of the Cyclopropane Ring Attached at a Carbon Atom in a 1,2-Dicarba-Closo-Dodecaborane(12) System. J. Org. Chem., 69, 4063-4074, 2004, DOI: 10.1021/jo049854i.

辻一徳.有機機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン, 分子機能研究所, 2006.

Motonori Tsuji. Development of the Structure-based Drug Design Systems, HMHC and DSHC. Molecular Science, 1, NP004, 2007.

Motonori Tsuji. Local Motifs Involved in the Canonical Structure of the Ligand-Binding Domain in the Nuclear Receptor Superfamily. J. Struct. Biol., 185, 355-365, 2014, DOI: org/10.1016/j.jsb.2013.12.007.

Motonori Tsuji. Geometrical Dependence of the Highest Occupied Molecular Orbital in Bicyclic Systems: Pai Facial Stereoselectivity of Bicyclic and Tricyclic Olefins. Asian J. Org. Chem., 4, 659-673, 2015, DOI: 10.1002/ajoc.201500054.

Motonori Tsuji^*, Koichi Shudo, Hiroyuki Kagechika. Docking Simulations Suggest That All-Trans Retinoic Acid Could Bind to Retinoid X Receptors. J. Comput. Aided Mol. Des., 26, 975-988, 2015, DOI: 10.1007/s10822-015-9869-9.

Motonori Tsuji. A Ligand-Entry Surface of the Nuclear Receptor Superfamily Consists of the Helix H3 of the Ligand-Binding Domain. J. Mol. Graph. Model., 62, 262-275, 2015, DOI: org/10.1016/j.jmgm.2015.10.002.

Motonori Tsuji^*, Koichi Shudo, Hiroyuki Kagechika. Identifying the Receptor Subtype Selectivity of Retinoid X and Retinoic Acid Receptors via Quantum Mechanics. FEBS Open Bio., 7, 391-396, 2017, DOI: 10.1002/2211-5463.12188.

Motonori Tsuji. Antagonist-Perturbation Mechanism for Activation Function-2 Fixed Motifs: Active Conformation and Docking Mode of Retinoid X Receptor Antagonists. J. Comput. Aided Mol. Des., 31, 577-585, 2017, DOI: 10.1007/s10822-017-0025-6.

Motonori Tsuji. Potential Anti-SARS-CoV-2 Drug Candidates Identified through Virtual Screening of the ChEMBL Database for Compounds That Target the Main Coronavirus Protease. FEBS Open Bio., 10, 995-1004, 2020,DOI:10.1002/2211-5463.12875.

Motonori Tsuji. Virtual Screening and Quantum Chemistry Analysis for SARS-CoV-2 RNA-Dependent RNA Polymerase Using the ChEMBL Database: Reproduction of the Remdesivir-RTP and Favipiravir-RTP Binding Modes Obtained from cryo-EM Experiments with High Binding Affinity. Int. J. Mol. Sci. 23, 11009, 2022. DOI: 10.3390/ijms231911009

特許

辻一徳. 生体高分子における相互作用部位の予測方法, 2006. 出願番号：特許出願2006-125188、公開番号：特許公開2007-299125.

プレスリリース

2005年07月11日 Institute of Molecular Function が高性能、高機能タンパクモデリング支援システム「Homology Modeling for HyperChem」を開発

2005年08月22日 Institute of Molecular Function が「HyperChem」から「Gaussian」を実行するためのインターフェイス「Gaussian Interface for HyperChem」を開発、これにより世界最強計算化学環境を実現

2006年05月08日分子機能研究所（Institute of Molecular Function）が、疾患に関わるタンパク質の立体構造のみから、その疾患に対する医薬候補化合物を高精度に予測できる世界初の革新技術を開発

2006年11月16日分子機能研究所（Institute of Molecular Function）がコンピュータ上で医薬候補化合物をスクリーニングできるシステムを国産としては初めて国内外の一般市場で販売開始する。

2013年12月23日アミノ酸配列（一次構造）からタンパク質の立体構造（三次構造）が形成されるメカニズムの一端を原子・電子レベルで解明することに成功、医薬品や農薬が効果を示すメカニズムの一端を明らかにした。

2015年04月17日有機化学反応における重要未解決問題である反応面立体選択性の本質的原理の解明に成功

2015年11月04日核内受容体スーパーファミリーにおけるリガンド認識機構の原理の解明に成功

2017年02月15日量子力学計算により医薬品の受容体サブタイプ選択性の予測・再現に成功

2020年05月08日抗新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）薬の医薬品候補リストを発表