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辻 一徳

ツジ モトノリ

Motonori Tsuji


 

341-0037 埼玉県三郷市高州2-105-14

 

分子機能研究所 代表

国立大学法人 東京医科歯科大学 非常勤講師 兼任(2017年4月〜)

国立大学法人 千葉大学大学院医学研究院 招聘研究員(大学院非常勤講師) 兼任(2007年度)

 

E-mail:motonori_#_molfunction.com ("_#_" を "@" に変更してください)

Tel: 048-956-6985

Fax: 048-956-6985

 

生年月日: 1968年1月1日

出身地: 大阪府泉南郡阪南町

 

研究者情報

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ResearchGate

Google Scholar Citation

 

1986年から1992年に九州大学大学院農学研究科農芸化学農業薬剤化学江藤守総研究室(1994年アメリカ化学会農薬研究国際賞受賞、2004年瑞宝中綬章叙勲受賞)とその流れを汲む九州共立大学工学部環境化学生態化学吉川博道研究室での遷移状態アナログ薬剤や生物制御化合物の合成・生物活性と分子設計研究、特に、植物発芽生長開花と昆虫変態に関する細胞組織の分化・増殖・恒常性にかかわる受容体発見を目指した有機合成化学を基盤とする研究から始まり、1992年から2001年までは東京大学大学院薬学系研究科薬化学首藤紘一研究室(2005年タミバロテン承認、2010年瑞宝中綬章叙勲受賞)で有機合成化学を基盤とした動物の発生・分化・増殖・恒常性にかかわるレチノイン酸受容体を主とする核内受容体を標的とした実験創薬化学を修得、1998年からはポストゲノム創薬を先導する「コンピュータ分子設計法の高度化とその有効性の実験的検証研究」に関する国家プロジェクト(医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構、東京大学分子細胞生物学研究所生体有機化学研究分野橋本祐一研究室)に参画し、1980年代からコンピュータ薬物分子設計(CADD)システムの研究分野を牽引してきた東京大学薬学部医薬分子設計学板井昭子研究室、東京大学発ベンチャー株式会社医薬分子設計研究所から2003年に独立し、それまで確立した手順のなかったホモロジーモデリング過程を科学的根拠に基づいて2005年に世界で最初に標準化した国産初のホモロジーモデリングソフトを研究開発製品化し、また、2006年には世界で初めて生体高分子側のインデュースドフィット効果も取り扱え、かつ、試行化合物の電荷をコンフォメーション毎に任意半経験分子軌道法でアサインしながらドッキングできる商用としては現在(2020年時点)も国産唯一のドッキングシミュレーションソフト及びこれをクラスター化したバーチャルスクリーニングシステムを研究開発製品化しています。ポストゲノム創薬、特に構造ベース創薬で画期的生物制御化合物(発生と細胞組織の分化・増殖を高度に制御するミラクルドラッグ)発見を目指しています。創薬基盤技術の更なる高度化と国内外オープンソースプログラムや商用プログラムを統合した革新的インシリコ創薬システム開発、及び、国内外研究機関との受託研究や共同研究、新規生物活性化合物(医農薬品)や分子標的発見、基盤である基礎有機化学(理論有機化学)や計算化学で実績がありますので、お気軽にご連絡ください。

 

代表作品

研究教育用学術ソフトウェア、Homology Modeling Professional for HyperChem, Virtual Screening System, Docking Study with HyperChem, AutoDock Vina In Silico Screenings Interface, ONIOM Interface for Receptor, Gaussian Interface for HyperChem, Ab Initio Protein 3D Modeling, Protein Secondary Structure Predictionなど、の開発者。

国産初 構造ベース創薬システム

 

新型コロナウイルス感染症(COVID-19)に対して必要に応じて協力します(2020/3/9)。

新型コロナウイルス構造タンパクを認識する抗体医薬品設計や新型コロナウイルスメインプロテアーゼを標的とした既知医薬品(ChEMBL、約200万化合物)のインシリコスクリーニングを実施しており、要請があれば成果を提供する準備があります。お気軽にお問い合わせください。

詳しくは図のリンクを参照してください。

コロナウイルス構造タンパクを認識する抗体設計

 

新型コロナウイルス主要プロテアーゼに対する阻害剤探索

 

 

原著論文

Major Publications

 

主要な著作物(2000年以降)

YouTube動画コンテンツ(教育、研究、科学技術振興、社会貢献)

 


2020年


Uranan Tumkosit, Uamporn Siripanyaphinyo, Naokazu Takeda, Motonori Tsuji, Yusuke Maeda, Kriangsak Ruchusatsawat, Tatsuo Shioda, Hiroto Mizushima, Prukswan Chetanachan, Pattara Wongjaroen, Yoshiharu Matsuura, Masashi Tatsumi, Atsushi Tanaka. Anti-Chikungunya Virus Monoclonal Antibody Inhibiting Viral Fusion and Release. J Virol. 2020. DOI: 10.1128/JVI.00252-20.

Motonori Tsuji. Potential Anti-SARS-CoV-2 Drug Candidates Identified through Virtual Screening of the ChEMBL Database for Compounds that Target the Main Coronavirus Protease. FEBS Open Bio, 2020. DOI:10.1002/2211-5463.12875.

(FEBS Open Bio誌直近5年間のMost Read Articleを達成)

抗新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)薬の医薬品候補化合物のバーチャルスクリーニング 

Wei Yang, Zaiqiang Yu, Mari Chiyoya, Xu Liu, Kazuyuki Daitoku, Shigeru Motomura, Tadaatsu Imaizumi, Ikuo Fukuda, Ken-Ichi Furukawa, Motonori Tsuji, Kazuhiko Seya. Menaquinone-4 Accelerates Calcification of Human Aortic Valve Interstitial Cells in High-Phosphate Medium through PXR. J. Pharmacol. Exp. Ther., 372, 277-284, 2020.


2019年


 


2018年


構造ベース創薬

辻一徳. Docking Study with HyperChem Manualマニュアル 2、分子機能研究所、1-54、初版、2018.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemマニュアル 2、分子機能研究所、1-34、初版、2018.

Motonori Tsuji. AutoDock Vina In Silico Screenings Interface, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2018.

Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision H1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2018.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision H1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2018.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision H1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2018.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision H1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2018.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision H1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2018.


2017年


Motonori Tsuji. Antagonist-Perturbation Mechanism for Activation Function-2 Fixed Motifs: Active Conformation and Docking Mode of Retinoid X Receptor Antagonists. J. Comput. Aided Mol. Des., 31, 577-585, 2017, DOI: 10.1007/s10822-017-0025-6.(研究概要

Antagonist AF-2 Fixed Motif Perturbation Mechanism

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision G1.2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2017.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision G1.2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2017.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision G1.2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2017.

Motonori Tsuji,* Koichi Shudo, Hiroyuki Kagechika. Identifying the Receptor Subtype Selectivity of Retinoid X and Retinoic Acid Receptors via Quantum Mechanics. FEBS Open Bio. 7, 391-396, 2017, DOI: 10.1002/2211-5463.12188.(研究概要

全系量子化学計算によるレセプターサブタイプ選択性起源の解明


2016年


Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision G1.1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2016.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision G1.1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2016.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision G1.1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2016.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision G1.1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2016.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision G1.1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2016.


2015年


Motonori Tsuji. A Ligand-Entry Surface of the Nuclear Receptor Superfamily Consists of the Helix H3 of the Ligand-Binding Domain J. Mol. Graph. Model., 62, 262-275, 2015.(研究概要

Helix H3 Three-point Initial-binding Hypothesis

Motonori Tsuji,* Koichi Shudo, Hiroyuki Kagechika. Docking Simulations Suggest that all-trans Retinoic Acid Could Bind to Retinoid X Receptors. J. Comput. Aided Mol. Des., 29, 975-988, 2015.(研究概要

定説を覆す核内受容体分子機構の提唱 

Motonori Tsuji. Geometrical Dependence of the Highest Occupied Molecular Orbital in Bicyclic Systems:p Facial Stereoselectivity of Bicyclic and Tricyclic Olefins. Asian J. Org. Chem., 2015, 4, 659-673.(研究概要

Graphic Abstract 

Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision G1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2015.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision G1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2015.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision G1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2015.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision G1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2015.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision G1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2015.


2014年


Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision F3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2014.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision F3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2014.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision F3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2014.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision F3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2014.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision F3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2014.

Motonori Tsuji. Local Motifs Involved in the Canonical Structure of the Ligand-Binding Domain in the Nuclear Receptor Superfamily. J. Struct. Biol., 2014, 185, 355-365.(研究概要

(90日間で本論文のダウンロード数がベスト22位に入りました)

Graphical Abstract

Motonori Tsuji, Tetsuya Yoshida, Masashi Asakai, Masaya Tojo, Jyun Watanabe, Hideyuki Otsuka, Shusaku Koie, Masaki Okubo. Charge Control Agent and Toner Using Same. JP2014-120386, 2014.

Masaki Okubo, Masami Ito, Motonori Tsuji, Masashi Asakai, Tatsuya Yoshida. Charge Control Agent and Toner Using Same. JP2014-056083, 2014.

Masaki Okubo, Motonori Tsuji, Masashi Asakai, Masaya Tojo, Masami Ito. Charge Control Agent and Toner Using Same. WO2014017298, 2014.


2013年


Masaki Okubo, Ikuo Kimura, Masami Ito, Motonori Tsuji, Takeshi Yamamoto, Masaya Tojo, Masashi Asakai, Tetsuya Yoshida. Charge Control Agent and Toner Using Same. WO2015046214, 2013.

Makoto Nagaoka, Shuichi Hayashi, Motonori Tsuji, Yoshikazu Aoki. Organic Electroluminesence Device. WO2013179536, 2013.

Ikuo Kimura, Motonori Tsuji, Masaya Tojo, Masashi Asakai. Charge Control Agent and Toner Using Same. WO2013129015, 2013.


2012年


Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision F2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2012.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision F2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2012.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision F2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2012.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision F2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2012.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision F2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2012.

Masaki Okubo, Motonori Tsuji, Masashi Asakai, Masaya Tojo, Masami Ito, Takeshi Yamamoto, Tetsuya Yoshida. Polymerized Toner Comprising Cyclic Phenol Sulfide. WO2014077288, 2012.

Ikuo Kimura, Motonori Tsuji, Masaya Tojo, Masashi Asakai. Charge Control Agent and Toner Using Same. WO2012102137, 2012.


2011年


 


2010年


Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision F1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2010.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision F1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2010.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision F1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2010.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision F1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2010.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision F1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2010.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemリファレンス、分子機能研究所、1-22、第4版、2010.

辻一徳. Docking Study with HyperChem Manualマニュアル、分子機能研究所、1-108、第5版、2010.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemマニュアル、分子機能研究所、1-133、第6版、2010.


2009年


Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision E2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2009.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision E2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2009.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision E2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2009.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision E2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2009.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision E2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2009.

辻一徳. Docking Study with HyperChem Manualマニュアル、分子機能研究所、第4版、2009.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemリファレンス、分子機能研究所、第3版、2009.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemマニュアル、分子機能研究所、第5版、2009.


2008年


Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision E1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision E1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision D1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision D1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision E1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision E1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision E1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

辻一徳. Docking Study with HyperChem Manualマニュアル、分子機能研究所、第3版、2008.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemリファレンス、分子機能研究所、第2版、2008.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemマニュアル、分子機能研究所、第4版、2008.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision D1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision D1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision D1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision C2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision C2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2008.


2007年


辻一徳. 構造ベース創薬支援システム, HMHCおよびDSHCの開発. Mol. Sci., 2007, 1, NP004.

Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision C1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision C1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision C2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision C2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision C2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision B1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision B1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision C1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision C1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision C1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

辻一徳. Docking Study with HyperChem Manualマニュアル、分子機能研究所、第2版、2007.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemリファレンス、分子機能研究所、初版、2007.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemマニュアル、分子機能研究所、第3版、2007.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision B1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision B1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision B1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2007.


2006年


辻一徳.有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン. 分子機能研究所, 2006.

辻一徳. 生体高分子における相互作用部位の予測方法. JP2007-299125, 2006.(研究概要

Motonori Tsuji. Virtual Screening System, Revision A2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2006.

Motonori Tsuji. Docking Study with HyperChem, Revision A2, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2006.

Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision B1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2006.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision B1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2006.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision B1, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2006.

辻一徳. Docking Study with HyperChem Manualマニュアル、分子機能研究所、初版、2006.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemマニュアル、分子機能研究所、第2版、2006.


2005年


Motonori Tsuji. ONIOM Interface for Receptor, Revision A3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2005.

Motonori Tsuji. Gaussian Interface for HyperChem, Revision A3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2005.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Professional for HyperChem, Revision A3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2005.

辻一徳. Homology Modeling Professional for HyperChemマニュアル、分子機能研究所、初版、2005.

Motonori Tsuji. Homology Modeling for HyperChem, Revision A3, Institute of Molecular Function, Saitama, Japan, 2005.

Motonori Tsuji. Homology Modeling Reference for HyperChem., 1st ed.; Institute of Molecular Function: JAPAN, 1-66, 2005.


2004年


Motonori Tsuji. Most Stable Conformation of the Cyclopropane Ring Attached at a Carbon Atom in a 1,2-Dicarba-closo-dodecaborane(12) System. J. Org. Chem., 2004, 69, 4063-4074.(研究概要

Graphical Abstract


2003年


Motonori Tsuji. On Attempts at Generation of Carboranyl Carbocation. J. Org. Chem., 2003, 68, 9589-9597.(研究概要

Graphical Abstract


2002年


Motonori Tsuji. Ab Initio Protein 3D Modeling. 2002.

Motonori Tsuji. Protein Secondary Structure Prediction. 2002.


2001年


 


2000年


Motonori Tsuji, Yukiko Koiso, Hiroyasu Takahashi, Yuichi Hashimoto, Yasuyuki Endo. Modulators of Tumor Necrosis Factor a Production Bearing Dicarba-closo-dodecaborane as a Hydrophobic Pharmacophore. Biol. Pharm. Bull., 2000, 23, 513-516.

 

 


学会活動


 

企業研究会 2008年1月−至現在 特別会員

アメリカ化学会 2003年7月−至現在 正会員

日本レチノイド研究会 1994年4月−至現在 正会員

日本コンピュータ化学会 1994年4月−至現在 正会員

日本薬学会 1992年4月−至現在 正会員

日本農芸化学会 1990年4月−1995年3月 学生会員

日本農薬学会 1990年4月−1995年3月 学生会員