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最終修正日 2024/1/1
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高精度二次構造予測アルゴリズムを搭載するab initio 立体構造予測モデリングツール検証結果予測された3D構造は対応するタンパク結晶構造を高精度に再現した(下図の重ね合わせ結果参照)。未公開の機械学習機能による本アルゴリズムの特徴はループあるいはランダムコイル領域を極めて精度よく再現するところにある。そのため、二次構造部分(へリックスおよびシート)が適切な空間配置をとって全体構造を再現している(これまでに以下の3例のみ検証しただけであるが、すべてのケースで良好な結果となった。また、予測3D構造は構造最適化など一切適用していないため、さらなる構造の改善が期待される)。
タンパク主鎖原子のφ、ψ値のみによる新規二次構造予測アルゴリズム 既知アルゴリズム(Chou-Fasmanやニューラルネットワークアルゴリズム等)と比較して非常に高い予測精度
2002年11月検証
独自開発高精度二次構造予測アルゴリズムおよびab initio 3Dモデリングアルゴリズムに基づくタンパク立体構造予測技術はHomology Moldeing Professional for HyperChemのホモロジーモデリングプロフェッショナルモジュールプログラムに搭載されています。
AlphaFold2 vs Homology Modeling Professional for HyperChem(HMHC) 下図は、アミノ酸配列が報告されてから20年以上もファミリーも含めて立体構造が不明なタンパク質についてHomology Modeling Professional for HyperChem(HMHC)とAlphaFold2で立体構造を予測した結果です。 HMHC(2005年公開)はAlphaFold2(2021年公開)より16年も前に公開していますが、膜貫通部分のアラインメントは一致しており、HMHCとAlphaFold2から得られたホモロジーモデルは熱力学的に複数のコンフォメーションを採用すると予測される膜外ループ構造が異なる程度でした。
Homology Modeling Professional for HyperChem(HMHC)についてはこちら。 HMHCを用いたホモロジーモデリングによる立体構造予測から立体構造精密化のチュートリアルはこちら。
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