最終修正日
2025/1/1
分子機能研究所 製品・サービスの紹介
受託研究・共同研究（MFDDインシリコ創薬受託研究サービス）
受託研究・共同研究（MFDDインシリコ創薬受託研究サービス）
インシリコ創薬、計算化学、分子設計、ドラッグデザイン、分子シミュレーション、反応解析、メカニズム解析、生体分子間相互作用パスウェイ解析等
| 対応可能技術（一例） |
| ホモロジー検索、アミノ酸配列アラインメント解析、ホモロジーモデリング（タンパク質、タンパク質−低分子複合体、タンパク質−タンパク質複合体、タンパク質−核酸複合体、等）（ホモロジーモデリングによる立体構造予測、ドラッグデザイン用精密ホモロジーモデリング、等） |
| タンパク質二次構造予測（タンパク質） |
| 立体構造予測（タンパク質、核酸、低分子、等）、生体高分子システム立体構造精密化（タンパク質、核酸、低分子、金属原子、水分子等から成る複合体、等） |
| 核酸（DNA、RNA）モデリング、ペプチドモデリング |
| 複雑な生体高分子システムモデリング（タンパク質、核酸、低分子、金属原子、水分子等から成る複合体、等） |
| 分子動力学計算（シミュレーション）（タンパク質、核酸、低分子、等） |
| リガンド結合部位予測、基質結合部位予測、生体高分子間相互作用部位予測（タンパク質、核酸） |
| 精密ドッキングスタディー解析（生体高分子（タンパク質、核酸）−低分子、生体高分子−生体高分子、生体高分子−ペプチド、等）（インデュースドフィットを考慮した生体高分子システム及びリガンドフレキシブルドッキング、結合様式予測 |
| タンパク質−リガンドドッキング、核酸−リガンドドッキング |
| タンパク質−タンパク質（ペプチド）ドッキング（タンパク−タンパクドッキング） |
| インシリコスクリーニング（構造ベーススクリーニング、バーチャルスクリーニング）（タンパク−リガンドドッキング、核酸−リガンドドッキング、タンパク−ペプチドドッキング、核酸−ペプチドドッキング、等） |
| 類似化合物検索、部分構造検索、類似構造探索（低分子） |
| ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング、リガンドベーススクリーニング（低分子） |
| リガンドベースバーチャルスクリーニング（低分子） |
| 活性化合物からの標的予測（逆引き予測）（化合物 → 標的タンパク質探索）、逆引き探索（化合物 → 標的タンパク質） |
| 化合物ライブラリー構築、化合物データベース作成、三次元化合物ライブラリー構築（低分子、等） |
| 量子化学計算、フラグメント分子軌道計算（低分子、タンパク質−低分子、核酸−低分子、等） |
| QM/MM計算、ONIOM計算（低分子、タンパク質−低分子、核酸−低分子、等） |
| 生体分子との相互作用シミュレーション解析（電子相関MP2レベルでの振動解析による結合自由エネルギー計算、インターフラグメント相互作用解析、等）、分子シミュレーション |
| 定量的構造活性相関解析、ROC分析 |
| 遷移状態解析、NBO解析（ナチュラル結合軌道解析）、反応座標解析 |
| 合成ルート検索、合成ルートデザイン（分子設計、合成経路設計、低分子、等） |
| ドラッグデザイン（リード最適化、等） |
| 生体分子ネットワーク・パスウェイ解析（生体高分子、低分子、等） |
| その他（メカニズム解析、等） |
受託研究・共同研究：20年間の豊富な実績と信頼があります。
自社や他社サービスで諦めたテーマでも分子機能研究所の独自技術が解決します。国際査読誌に受理されている独自技術とこれに基づく独自製品を研究開発できる分子機能研究所が直接実施するため、短期納期でかつ圧倒的業界最安値で費用対効果も抜群です。アカデミック価格も用意しています。
実績一覧 （一例として、2008年にはScience誌に受託研究成果を発表しています）
分子量1,000程度までの中・低分子の単純計算（分子力学計算、分子動力学計算、半経験分子軌道法、ハートリー・フック法・密度汎関数法・摂動法などの量子化学計算）代行サービス
| 対応可能技術（一例） |
| 構造最適化計算 |
| 分子動力学計算 |
| コンフォメーション探索 |
| 分子軌道計算（最高被占軌道（HOMO）や最低空軌道（LUMO）などのエネルギー準位や分布の視覚情報） |
| 励起状態計算（一重項または三重項計算：蛍光またはリン光波長予測） |
| 双極子・多極子モーメント |
| 核磁気共鳴（NMR）ケミカルシフト予測 |
| 赤外（IR）吸収波長予測 |
| 紫外（UV）吸収波長予測 |
| 溶媒和効果 |
| LogP予測 |
| イラスト素材作成 |
| その他 |
面倒な研究業務委託契約などが必要なく、気軽に、安価に、即日（ケースにより数日）に結果が得られるメールベースの単純計算サービスです。
基底状態もしくは励起状態の最安定構造（グローバルミニマム）に対する予測が必要な場合は、計算メニューの組み合わせが必要になり、納期に時間がかかる場合があります。
分子モデリング・インシリコ創薬支援システム
構造ベース創薬支援システムフロー （Structure-based Drug Design）
| 標的疾患（関連遺伝子） | 構造ベース創薬支援システム | |||
| ↓ | ↓ | |||
| 標的アミノ酸配列 | → | タンパク質ホモロジーモデリング | → | Homology Modeling for HyperChem |
| ↓ | 生体高分子システム立体構造精密化 | Gaussian Interface for HyperChem | ||
| ↓ | ↓ | |||
| 標的生体高分子立体構造 | → | in silico スクリーニング | → | AutoDock Vina Screenings Interface |
| ↓ | 化合物データベース整備 | Docking Study with HyperChem | ||
| ↓ | リガンド結合部位予測 | Virtual Screening System | ||
| ↓ | ↓ | |||
| 生体子分子−リガンド複合体構造 | → | 複合体解析 | → | Docking Study with HyperChem |
| ↓ | 精密ドッキング解析 | ONIOM Interface for Receptor | ||
| ↓ | Gaussian Interface for HyperChem | |||
| ↓ | ↓ | |||
| リード化合物 | → | リード最適化 | → | AutoDock Vina Screenings Interface |
| ↓ | Docking Study with HyperChem | |||
| ↓ | Virtual Screening System | |||
| 医薬候補化合物 |
製品パッケージ
|
パッケージ モジュールプログラム |
|
|
|
| Revision H1 | Revision H1 | ||
| プロフェッショナル版 | 単一〜無制限 | ||
| コントロールセンター |
|
● | ● |
| 水素原子初期座標評価 |
|
● | |
| 幾何学修正 |
|
● | ● |
| ホモロジーモデリング プロフェッショナル版 |
|
● | |
| インターフェイス選択 |
|
● | ● |
| タンパク重ね合わせ |  |
● | |
| 周辺モデリング プロフェッショナル版 |
 |
● | |
| ONIOM インターフェイス |  |
● | |
| Gaussian インターフェイス |  |
● | |
| ラマチャンドランプロット |  |
● | |
| 束縛 |  |
● | |
| 側鎖ロータマーモデリング プロフェッショナル版 |
 |
● | |
| トラジェクトリー解析 |  |
● | |
| PIEFF |  |
●
同時予測可能原子数1000〜無制限 |
|
| ドッキングスタディー |  |
●
単一〜無制限 |
|
| ドックビューア |  |
● 無制限 |
|
| Mol Dimension |  |
●
単一〜無制限 |
|
| Mol ブラウザ |  |
● 無制限 |
|
| AutoDock Vina インシリコスクリーニング インターフェイス |  |
●
無制限 |
|
| Homology Modeling Professional for HyperChem マニュアル（日本語） |
● | ||
| Homology Modeling Professional for HyperChem マニュアル2（日本語） |
● | ||
| Homology Modeling Professional for HyperChem リファレンス（日本語） |
● | ||
| Docking Study with HyperChemマニュアル（Virtual Screening System対応; 日本語） | ● | ||
| Docking Study with HyperChemマニュアル2（Virtual Screening System対応; 日本語） | ● | ||
Docking Study with HyperChemパッケージグレード
|
グレード モジュールプログラム |
|
|
|||||
| Essential | Premium Essential | Professional | Advanced | Ultimate | Cluster | ||
| コントロールセンター |  |
非制限版 | 非制限版 | 非制限版 | 非制限版 | 非制限版 | 非制限版 |
| 幾何学修正 |  |
非制限版 | 非制限版 | 非制限版 | 非制限版 | 非制限版 | 非制限版 |
| PIEFF | |
制限版 | 制限版 | 制限版 | 制限版 | 制限版 | 非制限版 |
| Docking Study | |
単一化合物 | 最大10化合物 | 最大100化合物 | 最大1,000化合物 | 最大10,000化合物 | 無制限、クラスター対応 |
| Dock Viewer | |
無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 |
| Mol Dimension | |
単一化合物 | 最大10化合物 | 最大100化合物 | 最大1,000化合物 | 最大10,000化合物 | 無制限、クラスター対応 |
| Mol Browser | |
無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 |
| AutoDock Vina Screening Interface | |
無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 | 無制限 |
必要なソフトウェア*,**
| ソフトウエア | 開発元 | 特徴 | 関連サイト |
| HyperChem for Windows |  |
世界が認める最強の分子モデリング環境 | HyperChem概要 HyperChem機能詳細サイト 使用期間限定評価版（完全版）の入手方法 |
| Gaussian |  |
世界が認める最強の計算化学環境 | 必須ではありませんが、Homology Modeling Professional for HyperChemの全機能を利用する場合に必要です |
| TclPro1.2 for Windows |   |
HyperChem搭載開発言語 | ダウンロードサイト（無料） |
*HyperChemはHypercube, Incの登録商標です。**GaussianはGaussian, Inc.の登録商標です。
書籍
| タイトル | 備考 |
| Homology Modeling Reference for HyperChem | Homology Modeling for HyperChem, Revision A2（旧製品 ）のリファレンスマニュアル |
| 内容（一例） |
| お客様のテーマに合わせたHyperChemの使用方法 |
| お客様のテーマに合わせたHomology Modeling Professional for HyperChemの使用方法 |
| お客様のテーマに合わせたDocking Study with HyperChemの使用方法 |
| Homology Modeling Professional for HyperChemによるタンパクホモロジーモデリングと生体高分子システムの構造精密化 |
| Gaussian ONIOMインターフェイスを用いたQM/MM計算とフラグメント分子軌道法による生体高分子システム全系量子化学計算の実践 |
| Docking Study with HyperChemによる精密ドッキングスタディーとバーチャルスクリーニング、構造活性相関の実践 |
| AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイスを用いた市販化合物データベースの探索 |
| その他 |
大学、大学院、高校、国立・独立法人研究機関、民間企業での講義経験の実績があります。
2〜4時間程度の依頼講演・セミナーを1名以上の参加で適宜受け付けています。大学での出張講義などにも利用していただけます。
希望内容、費用、日程などのお問い合わせはこちらまで。