English

 

ホーム

製品紹介

チュートリアル

価格

ご注文・お見積り

ダウンロード

サポート

ご登録

よくある質問

リンク

お問い合わせ

 

 

 

  最終修正日

  2020/3/7

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン MFDD インシリコ創薬受託サービス 受託計算サービス HyperChem取り扱い

インシリコスクリーニングシステム AutoDockおよびAutoDock Vinaドッキング・スクリーニング用インターフェイス搭載

 

AutoDock Vina In Silico Screenings Interface

Docking Study with HyperChemの優れたGUI環境を利用し、AutoDock Vinaによるインシリコスクリーニングを実現、AutoDockおよびAutoDock Vina単独で実施したドッキングモードの閲覧も可能

新機能:SDFファイル形式でドッキング結果を出力するドッキングシミュレーションプログラム、例えば、高速rDockプログラムなどでスクリーニングした結果を閲覧、解析、ヒット絞り込みできる機能を搭載し、本高速ドッキングプログラムから得られたドッキングモードを初期構造として引き続きAutoDock Vinaでスクリーニングが実施できるようになりました。

 

AutoDock Vina インシリコスクリーニング インターフェイス

 

Docking Study with HyperChemMol DimensionモジュールプログラムにAutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイスを搭載し、 全自動でAutoDock PDBQT形式の化合物データベースを作成でき、そのままAutoDock Vinaインシリコスクリーニングが実施できます。本機能を利用し、AutoDock Vinaでインシリコスクリーニングを行い、得られた有望化合物について、更にDocking Studyモジュールプログラムによる高精度ドッキングスクリーニングを実施することで、医薬や農薬候補化合物を絞り込むことが可能になります。

 

本インターフェイスはAutoDock Vinaで数十万から数百万化合物の化合物データベースをスクリーニングし、引き続き、Docking Studyで有望化合物を高精度ドッキングスクリーニングで絞り込むために有効と考えられます。AutoDock Vinaスクリーニングに関する機能は分散化に対応しており、WindowsもしくはUnixマシンでバックエンドで実施することができます。

さらに、費用対効果でも優れており、AutoDock Vinaのバーチャルスクリーニングを簡単に実行して結果を閲覧、ヒット絞り込みできるソフトとして、薬学授業などでインシリコ創薬の教材として利用が期待されます。

もちろん、AutoDock Vinaスクリーニングの結果はPyMOLなどのビューア専用ソフトでも閲覧できます。単独で実施したAutoDockおよびAutoDock Vinaのドッキングモードやスコア値などの解析用インターフェイスとしても利用できます。

加えて、生体高分子インデュースドフィット効果を取り扱えるフレキシブルドッキング、高精度フレキシブルドッキング、剛体ドッキング、部分構造ドッキングなどの本格的なドッキングシミュレーション技術を搭載するDocking Study with HyperChemの精密ドッキング機能およびスクリーニング機能の全機能が同時に利用できます。*

 

AutoDock Vinaバーチャルスクリーニングあるいはドッキングスタディーに必要な化合物データベースの整備はMol Dimensionモジュールプログラムが担当します。

AutoDock Vinaに必要なConfigurationファイルはPIEFIIモジュールプログラムが用意します。

AutoDock Vina 設定

実行および結果ファイルの整備はMol Dimensionモジュールプログラムが行います。

AutoDock Vina Interface

結果ファイルの閲覧、解析およびヒット絞り込みはDock Viewerモジュールプログラムで行います。

AutoDock Vinaスクリーニング結果閲覧

 

*AutoDock VinaによるインシリコスクリーニングおよびドッキングシミュレーションはDocking Study with HyperChemとは全く異なるプログラムであることに注意してください。Docking Study with HyperChemはその優れたGUI環境でAutoDock Vinaインシリコスクリーニングのためのインターフェイスを提供しているだけです。AutoDock Vinaスクリーニングを実施するにあたり、パッケージグレード(スクリーニング能力)による化合物数の制限はありません。

 

 

 

サイトマップ

Copyright (C) 2003-2020 Institute of Molecular Function. All Rights Reserved.