最終修正日
2024/1/1
インシリコスクリーニングシステム AutoDockおよびAutoDock Vinaドッキング・スクリーニング用インターフェイス搭載
AutoDock Vina In Silico Screenings Interface
Docking Study with HyperChemの優れたGUI環境を利用し、AutoDock Vinaによるインシリコスクリーニングを実現、AutoDockおよびAutoDock Vina単独で実施したドッキングモードの閲覧も可能
新機能：SDFファイル形式でドッキング結果を出力するドッキングシミュレーションプログラム、例えば、高速rDockプログラムなどでスクリーニングした結果を閲覧、解析、ヒット絞り込みできる機能を搭載し、本高速ドッキングプログラムから得られたドッキングモードを初期構造として引き続きAutoDock Vinaでスクリーニングが実施できるようになりました。
AutoDock, AutoDock Vina, rDock, RxDockドッキングスクリーニング互換機能搭載
新型コロナウイルスに対する世界初大規模仮想スクリーニング成果を達成、国内最初の抗SARS-CoV-2薬医薬品候補リスト論文発表を達成（2020年5月1日）
DSHCを用いた受託研究サービスがご利用いただけます。多数の実績がありますので、是非導入前にご検討ください。
Docking Study with HyperChemのMol DimensionモジュールプログラムにAutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイスを搭載し、 全自動でAutoDock PDBQT形式の化合物データベースを作成でき、そのままAutoDock Vinaインシリコスクリーニングが実施できます。本機能を利用し、AutoDock Vinaでインシリコスクリーニングを行い、得られた有望化合物について、更にDocking Studyモジュールプログラムによる高精度ドッキングスクリーニングを実施することで、医薬や農薬候補化合物を絞り込むことが可能になります。
本インターフェイスはAutoDock Vinaで数十万から数百万化合物の化合物データベースをスクリーニングし、引き続き、Docking Studyで有望化合物を高精度ドッキングスクリーニングで絞り込むために有効と考えられます。AutoDock Vinaスクリーニングに関する機能は分散化に対応しており、WindowsもしくはUnixマシンでバックエンドで実施することができます。
さらに、費用対効果でも優れており、AutoDock Vinaのバーチャルスクリーニングを簡単に実行して結果を閲覧、ヒット絞り込みできるソフトとして、薬学授業などでインシリコ創薬の教材として利用が期待されます。
もちろん、AutoDock Vinaスクリーニングの結果はPyMOLなどのビューア専用ソフトでも閲覧できます。単独で実施したAutoDockおよびAutoDock Vinaのドッキングモードやスコア値などの解析用インターフェイスとしても利用できます。
加えて、生体高分子インデュースドフィット効果を取り扱えるフレキシブルドッキング、高精度フレキシブルドッキング、剛体ドッキング、部分構造ドッキングなどの本格的なドッキングシミュレーション技術を搭載するDocking Study with HyperChemの精密ドッキング機能およびスクリーニング機能の全機能が同時に利用できます。*
AutoDock Vinaバーチャルスクリーニングあるいはドッキングスタディーに必要な化合物データベースの整備はMol Dimensionモジュールプログラムが担当します。
AutoDock Vinaに必要なConfigurationファイルはPIEFIIモジュールプログラムが用意します。
実行および結果ファイルの整備はMol Dimensionモジュールプログラムが行います。
結果ファイルの閲覧、解析およびヒット絞り込みはDock Viewerモジュールプログラムで行います。
*AutoDock VinaによるインシリコスクリーニングおよびドッキングシミュレーションはDocking Study with HyperChemとは全く異なるプログラムであることに注意してください。Docking Study with HyperChemはその優れたGUI環境でAutoDock Vinaインシリコスクリーニングのためのインターフェイスを提供しているだけです。AutoDock Vinaスクリーニングを実施するにあたり、パッケージグレード（スクリーニング能力）による化合物数の制限はありません。