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  最終修正日

  2020/1/1

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン MFDD インシリコ創薬受託サービス 受託計算サービス HyperChem取り扱い

書籍

 

分子モデリング関連

 

Homology Modeling Reference for HyperChem, 1st ed.

Motonori Tsuji

 

目次

 

英文

前半37頁までHomology Modeling for HyperChemのユーザーインターフェイスおよび機能の説明がある。

後半62頁までHyperChem上でHomology Modeling for HyperChemを使用して人ロドプシンを例にホモロジーモデリングを実践する。

また、Homology Modeling for HyperChemに備わる強力なツールを用い、レチノール結合タンパクのアポ型(リガンド結合前)とホロ型(リガンド結合後)立体構造を例に、低温分子動力学アニーリングによる構造変化の解析手順を解説する。

 

目次

 

推奨最小システム構成

必要なソフトウェア

インストール

   TclPro1.2のインストール

   Homology Modeling for HyperChemのインストール

ユーザーインターフェイス

   全プログラム共通

   Estimation of Hydrogen Atoms in Water

   Geometry Correction

   Homology Modeling

   Interface Selection

   Protein Superposition

   Ramachandran Plot

   Restraints

   Side Chain Rotamer Modeling

ホモロジーモデリングチュートリアル1

ホモロジーモデリングチュートリアル2

補遺

   マニュアル側鎖ロータマーモデリング

 

 

 

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