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  最終修正日

  2020/1/1

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン MFDD インシリコ創薬受託サービス 受託計算サービス HyperChem取り扱い

 

Docking Study with HyperChem

Essential, Premium Essential, Professional, Advanced, and Ultimate

 

What's New in Revision D1.

 

完全自動で主観なく、生体高分子システム(タンパク質分子システム並びに核酸分子システム)およびドッキングに用いる化合物ともにフレキシブルに取り扱える真のフレキシブルドッキングプログラム。化合物に対しては網羅的なコンフォメーションサーチを実行できることはもちろん、生体高分子の側鎖や主鎖のフレキシビリティ、生体高分子システムに含まれる水分子、低分子、金属原子などのフレキシビリティを考慮したドッキングも極めて容易で、誘導適合効果(インデュースドフィット効果)などもまともに取り扱える。非グリッドアルゴリズム採用で全系を対象に精密にエネルギー計算を実施、従来製品が採用するグリッドアルゴリズムに対する圧倒的優位性。

下図は内部構造(フェニルアラニン残基)によって完全に潰された(占有された)アポ体の潜在的な基質結合部位に対して全自動、全く主観なしにタンパク・化合物フレキシブルドッキングシミュレーションを実施した結果(赤色のボール&スティック)です。比較のため、結晶構造解析されたホロ体中での基質(青色のボール&スティック)を重ね合わせています。なお、ホロ体ではフェニルアラニン残基並びにその周囲の主鎖構造は全く異なった位置に移動します。

アポ体を用いた全自動タンパク−リガンドフレキシブルドッキング

 

旧リビジョンへの追加、変更機能は以下の通りです。

 

現行のスタティックドッキングおよび誘導適合効果を考慮したフレキシブルドッキングに加え、アポ体へのドッキングなど、誘導適合効果を超えた大きな構造変化を取り扱える新たなフレキシブルドッキングアルゴリズムを搭載(なお、本アルゴリズムはアポ体でホロ体のドッキングモードを再現させるという複数の顧客事例で検証済みです)

汎用関数のC++ダイナミックリンクライブラリへの移行(なお、律速段階と考えられる計算化学エンジン部は高信頼性・高速HyperChemバックエンド計算エンジンを利用しています)

構造ベース予測ファーマコフォア点全点を利用したドッキングシミュレーションが可能

複数ドッキング候補サイトへの同時シミュレーションが可能

全自動生体高分子・ペプチドドッキングについても許容範囲のシミュレーション時間内で実施可能

 

リビジョンD1に対応した日本語マニュアル

日本語マニュアル目次

 

 

Homology Modeling Professional for HyperChem

 

What's New in Revision E1.

 

タンパクホモロジーモデリング作業は主鎖、側鎖、全体構造の最適化に関する3つのモジュールを利用するだけです。また、これらモジュール内の作業は自動化されているため、ほぼ全自動で高精度にホモロジーモデリングできます。

もちろんこれまで通り、低分子、水分子、他の生体高分子、金属原子、タンパクと共有結合した低分子などが混在したまま、真空条件から水溶液条件でホモロジーモデリングするための様々な最先端のモデリング機能、機能解析、シミュレーション機能が利用できます。

 

コントロールセンター ダーク色 コントロールセンター Windows色

ホモロジーモデリングモジュール 水素原子初期座標評価モジュール

周辺モデリングモジュール インターフェイス選択モジュール

側鎖ロータマーモデリングモジュール タンパウ重ね合わせモジュール

ラマチャンドランプロットモジュール トラジェクトリー解析モジュール

束縛モジュール 幾何学修正モジュール

Gaussian Interface for HyperChem ONIOM Interface for Receptor

 

旧リビジョンへの追加、変更機能は以下の通りです。

 

リビジョンC2までで搭載された豊富な機能が洗練

全11個のモジュールプログラムのユーザーインターフェイスをリニューアル

Windowsデフォルト色と高級感のあるダーク色をウインドウカラーとして選択可能

ボタンからアイコンに移行

10万原子を超える系にて安定動作確認

モーダルダイアログからマルチウインドウに移行

HyperChemを含むウインドウマネージメント機能搭載

汎用関数のC++ダイナミックリンクライブラリへの移行

コントロールセンターはワークベンチとしての機能を拡張し、作業フォルダや各種ファイル、Webなどに直接アクセス、編集でき、最善の鋳型選定並びに予備的なアラインメント準備に必要な作業環境を提供

その他、サポート対象外ではあるものの作業用フォルダやファイル名などへのこれまでのUnixベースの制限が事実上なくなりました。

 

コントロールセンターを使ったホモロジー検索作業、基本的なホモロジーモデリング作業をフィギュア付きで紹介した日本語リファレンスマニュアルを添付

日本語リファレンスマニュアル目次

 

リビジョンE1に対応した日本語マニュアル

日本語マニュアル目次

 

Homology Modeling Professional for HyperChem (PDFファイル:4MB) 旧パンフレットと併せてご利用ください

 

SBDD資料

 

旧リビジョンに関しては以下を参照してください。

What's New 2007/11

What's New 2007/02

 

 

 

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