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  最終修正日

  2020/1/1

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン MFDD インシリコ創薬受託サービス 受託計算サービス HyperChem取り扱い

性能テスト

 

Side Chain Rotamer Modelingプログラムにおける一点計算および構造最適化にかかる計算時間

Side Chain Rotamer Modelingプログラムで自動エネルギー評価機能を使用すると詳細なログファイルが自動で生成されます。ここでの計測時間はこのログファイル中のTotal Timeを参照しています。

側鎖ロータマーモデリングプログラムログファイル

Number of Rotamers Methods Small Size (Glucagon, 1BH0) Middle Size (PPARg, 3PRG) Large Size (COX, 6COX-A)
29 Residues, 470 Atoms 267 Residues, 4361 Atoms 557 Residues, 9057 Atoms (HEM x 1, MAG x 4, S58 x 1)
6 + 1(Original) Single Point Faster 00m 01s (Ser2) 00m 04s (Val201) 00m 10s (Ser38)
Conventional 00m 01s (Ser2) 00m 17s (Val201) 01m 4s (Ser38)
6 + 1(Original) Geometry Optimization 00m 08s (Ser2) 00m 24s (Val201) 02m 33s (Ser38)
36 + 1(Original) Single Point Faster 00m 07s (His1) 00m 25s (His202) 00m 55s (Asn34)
Conventional 00m 07s (His1) 01m 30s (His202) 05m 37s (Asn34)
36 + 1(Original) Geometry Optimization 01m 12s (His1) 08m 00s (His202) 38m 14s (Asn34)
216 + 1(Original) Single Point Faster 00m 40s (Gln3) 02m 26s (Glu207) 05m 25s (Gln42)
Conventional 00m 44s (Gln3) 08m 49s (Glu207) 32m 58s (Gln42)
216 + 1(Original) Geometry Optimization 05m 54s (Gln3) 41m 27s (Glu207) 04h 20m 05s (Gln42)
1296 + 1(Original) Single Point Faster 04m 03s (Lys12) 14m 52s (Arg212) 32m 49s (Lys56)
Conventional 04m 23s (Lys12) 52m 41s (Arg212) 03h 16m 43s (Lys56)
1296 + 1(Original) Geometry Optimization - (Lys12) - (Arg212) - (Lys56)

使用システム環境

CPU: インテル Pentium4 3.20EGHz (FSB 800MHz; L2 1MB)

メモリー: PC3200 (デュアルチャンネル) CL3 4GB

チップセット: インテル I875P

SCSI: Ultra320

HDD: Ultra320 36GB

OS: マイクロソフト Windows XP Professional SP2

HyperChem: バージョン7.51

 

Rotation Angles: Gamma, 60.0; Delta, 60.0; Epsilon, 60.0; Zeta, 60.0 (deg.)

Off Redispaly

Force Field: AMBER94

Dielectric: Distance Dependent; Scale Factor, 1.0

1-4 Scale Factors: Electrostatic, 0.833; van der Waals, 0.5

Cutoffs: None

Use All Atom Conditions

Single Point Calculations

or Geometry Optimization

   Polak-Ribiere

   RMS Gradient: 1.0, Maximum Cycles: 100

 

その他の性能テスト

テスト 1: 牛ロドプシン 1HZX (PDBフォーマット)

   全分子数: 40

   全原子数: 10,761

   全タンパク数: 2

   水分子数: 12

   他の分子数: 26

   タンパク中全残基数: 659

   タンパク中全ロイシン数: 55

   タンパク中全孤立電子数: 102

   タンパク中全原子数: 10,505

 

Geometry Correction

   ロイシン: < 1 秒

   孤立電子対: < 1 秒

 

Estimation of Hydrogen Atoms in Water

   予測計算 (描画を含む): < 22 秒

 

Homology Modeling

   アラインメント計算: < 1 秒

   モデリング (描画を含む): < 3 秒

 

テスト 2:人ロドプシンモデル (HINフォーマット)

   全分子数: 3

   全原子数: 5,401

   全タンパク数: 3

   タンパク中全残基数: 340

 

Protein Superposition

   マージ: 

      1HZX (テスト 1で使用したもの; 描画を含む):  < 8 秒

   重ね合わせ:

      1HZX (テスト 1で使用したもの; 描画を含む): < 20 秒

 

Ramachandran Plot

   プロット表示: < 1 秒

 

Side Chain Rotamer Modeling

   自動(一点計算)ロータマー探索 (Faster法; 力場: Amber94; 二面角: gamma = 60°, delta =  60°, epsilon = 60°, zeta = 60°; 再描画: OFF; その他: デフォルト):

      6 + 1 ロータマー (CYS, SER, THR, VAL): < 16 秒

      36 + 1 ロータマー (ASP, PHE, HIS, ILE, LEU, ASN, TRP, TYR): < 1 分 19 秒

      216 + 1 ロータマー (GLU, MET, GLN): < 7 分 35 秒

      1,296 + 1 ロータマー (LYS, ARG): < 45 分 16 秒

 

テスト 3: 人レチノール結合タンパク 1BRP (HINフォーマット)

   全分子数: 2

   全原子数: 2,825

   全タンパク数: 1

   タンパク中全残基数: 175

 

Interface Selection

   接触残基の選択 (選択ターゲット: 残基; 重原子間距離: 4 Å ; 参照選択: OFF; 含再描画): < 1 秒

 

Restraints

   束縛原子表示 (主鎖; 701束縛; 描画を含む): < 5 秒

   束縛生成 (主鎖; 701束縛): < 5 秒

 

使用システム環境

CPU: インテル Pentium4 3.20EGHz (FSB 800MHz; L2 1MB)

メモリー: PC3200 (デュアルチャンネル) CL3 4GB

チップセット: インテル I875P

SCSI: Ultra320

HDD: Ultra320 36GB

OS: マイクロソフト Windows XP Professional SP2

HyperChem: バージョン6.03

Homology Modeling Professional for HyperChem, Rev. A2

 

2005年6月6日

 

 

 

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