最終修正日
2025/1/1
側鎖ローターマーモデリング性能テスト
Side Chain Rotamer Modelingプログラムにおける一点計算および構造最適化にかかる計算時間
Side Chain Rotamer Modelingプログラムで自動エネルギー評価機能を使用すると詳細なログファイルが自動で生成されます。ここでの計測時間はこのログファイル中のTotal Timeを参照しています。
| Number of Rotamers | Methods | Small Size (Glucagon, 1BH0) | Middle Size (PPARg, 3PRG) | Large Size (COX, 6COX-A) | |
| 29 Residues, 470 Atoms | 267 Residues, 4361 Atoms | 557 Residues, 9057 Atoms (HEM x 1, MAG x 4, S58 x 1) | |||
| 6 + 1(Original) | Single Point | Faster | 00m 01s (Ser2) | 00m 04s (Val201) | 00m 10s (Ser38) |
| Conventional | 00m 01s (Ser2) | 00m 17s (Val201) | 01m 4s (Ser38) | ||
| 6 + 1(Original) | Geometry Optimization | 00m 08s (Ser2) | 00m 24s (Val201) | 02m 33s (Ser38) | |
| 36 + 1(Original) | Single Point | Faster | 00m 07s (His1) | 00m 25s (His202) | 00m 55s (Asn34) |
| Conventional | 00m 07s (His1) | 01m 30s (His202) | 05m 37s (Asn34) | ||
| 36 + 1(Original) | Geometry Optimization | 01m 12s (His1) | 08m 00s (His202) | 38m 14s (Asn34) | |
| 216 + 1(Original) | Single Point | Faster | 00m 40s (Gln3) | 02m 26s (Glu207) | 05m 25s (Gln42) |
| Conventional | 00m 44s (Gln3) | 08m 49s (Glu207) | 32m 58s (Gln42) | ||
| 216 + 1(Original) | Geometry Optimization | 05m 54s (Gln3) | 41m 27s (Glu207) | 04h 20m 05s (Gln42) | |
| 1296 + 1(Original) | Single Point | Faster | 04m 03s (Lys12) | 14m 52s (Arg212) | 32m 49s (Lys56) |
| Conventional | 04m 23s (Lys12) | 52m 41s (Arg212) | 03h 16m 43s (Lys56) | ||
| 1296 + 1(Original) | Geometry Optimization | - (Lys12) | - (Arg212) | - (Lys56) | |
使用システム環境
CPU: インテル Pentium4 3.20EGHz (FSB 800MHz; L2 1MB)
メモリー: PC3200 (デュアルチャンネル) CL3 4GB
チップセット: インテル I875P
SCSI: Ultra320
HDD: Ultra320 36GB
OS: マイクロソフト Windows XP Professional SP2
HyperChem: バージョン7.51
Rotation Angles: Gamma, 60.0; Delta, 60.0; Epsilon, 60.0; Zeta, 60.0 (deg.)
Off Redispaly
Force Field: AMBER94
Dielectric: Distance Dependent; Scale Factor, 1.0
1-4 Scale Factors: Electrostatic, 0.833; van der Waals, 0.5
Cutoffs: None
Use All Atom Conditions
Single Point Calculations
or Geometry Optimization
Polak-Ribiere
RMS Gradient: 1.0, Maximum Cycles: 100
その他の性能テスト
テスト 1: 牛ロドプシン 1HZX (PDBフォーマット)
全分子数: 40
全原子数: 10,761
全タンパク数: 2
水分子数: 12
他の分子数: 26
タンパク中全残基数: 659
タンパク中全ロイシン数: 55
タンパク中全孤立電子数: 102
タンパク中全原子数: 10,505
Geometry Correction
ロイシン: < 1 秒
孤立電子対: < 1 秒
Estimation of Hydrogen Atoms in Water
予測計算 (描画を含む): < 22 秒
Homology Modeling
アラインメント計算: < 1 秒
モデリング (描画を含む): < 3 秒
テスト 2：人ロドプシンモデル (HINフォーマット)
全分子数: 3
全原子数: 5,401
全タンパク数: 3
タンパク中全残基数: 340
Protein Superposition
マージ:
1HZX (テスト 1で使用したもの; 描画を含む): < 8 秒
重ね合わせ:
1HZX (テスト 1で使用したもの; 描画を含む): < 20 秒
Ramachandran Plot
プロット表示: < 1 秒
Side Chain Rotamer Modeling
自動（一点計算）ロータマー探索 (Faster法； 力場: Amber94; 二面角: gamma = 60°, delta = 60°, epsilon = 60°, zeta = 60°; 再描画: OFF; その他: デフォルト):
6 + 1 ロータマー (CYS, SER, THR, VAL): < 16 秒
36 + 1 ロータマー (ASP, PHE, HIS, ILE, LEU, ASN, TRP, TYR): < 1 分 19 秒
216 + 1 ロータマー (GLU, MET, GLN): < 7 分 35 秒
1,296 + 1 ロータマー (LYS, ARG): < 45 分 16 秒
テスト 3: 人レチノール結合タンパク 1BRP (HINフォーマット)
全分子数: 2
全原子数: 2,825
全タンパク数: 1
タンパク中全残基数: 175
Interface Selection
接触残基の選択 (選択ターゲット: 残基; 重原子間距離: 4 Å ; 参照選択: OFF; 含再描画): < 1 秒
Restraints
束縛原子表示 (主鎖; 701束縛; 描画を含む): < 5 秒
束縛生成 (主鎖; 701束縛): < 5 秒
使用システム環境
CPU: インテル Pentium4 3.20EGHz (FSB 800MHz; L2 1MB)
メモリー: PC3200 (デュアルチャンネル) CL3 4GB
チップセット: インテル I875P
SCSI: Ultra320
HDD: Ultra320 36GB
OS: マイクロソフト Windows XP Professional SP2
HyperChem: バージョン6.03
Homology Modeling Professional for HyperChem, Rev. A2
2005年6月6日