分子機能研究所|計算化学性能テスト

最終修正日

2008年8月30日

性能テスト

Side Chain Rotamer Modelingプログラムにおける一点計算および構造最適化にかかる計算時間

Side Chain Rotamer Modelingプログラムで自動エネルギー評価機能を使用すると詳細なログファイルが自動で生成されます。ここでの計測時間はこのログファイル中のTotal Timeを参照しています。

側鎖ロータマーモデリングプログラムログファイル

Number of Rotamers	Methods		Small Size (Glucagon, 1BH0)	Middle Size (PPARg, 3PRG)	Large Size (COX, 6COX-A)
Number of Rotamers	Methods		29 Residues, 470 Atoms	267 Residues, 4361 Atoms	557 Residues, 9057 Atoms (HEM x 1, MAG x 4, S58 x 1)
6 + 1(Original)	Single Point	Faster	00m 01s (Ser2)	00m 04s (Val201)	00m 10s (Ser38)
6 + 1(Original)	Single Point	Conventional	00m 01s (Ser2)	00m 17s (Val201)	01m 4s (Ser38)
6 + 1(Original)	Geometry Optimization		00m 08s (Ser2)	00m 24s (Val201)	02m 33s (Ser38)
36 + 1(Original)	Single Point	Faster	00m 07s (His1)	00m 25s (His202)	00m 55s (Asn34)
36 + 1(Original)	Single Point	Conventional	00m 07s (His1)	01m 30s (His202)	05m 37s (Asn34)
36 + 1(Original)	Geometry Optimization		01m 12s (His1)	08m 00s (His202)	38m 14s (Asn34)
216 + 1(Original)	Single Point	Faster	00m 40s (Gln3)	02m 26s (Glu207)	05m 25s (Gln42)
216 + 1(Original)	Single Point	Conventional	00m 44s (Gln3)	08m 49s (Glu207)	32m 58s (Gln42)
216 + 1(Original)	Geometry Optimization		05m 54s (Gln3)	41m 27s (Glu207)	04h 20m 05s (Gln42)
1296 + 1(Original)	Single Point	Faster	04m 03s (Lys12)	14m 52s (Arg212)	32m 49s (Lys56)
1296 + 1(Original)	Single Point	Conventional	04m 23s (Lys12)	52m 41s (Arg212)	03h 16m 43s (Lys56)
1296 + 1(Original)	Geometry Optimization		- (Lys12)	- (Arg212)	- (Lys56)

使用システム環境

CPU: インテル Pentium4 3.20EGHz (FSB 800MHz; L2 1MB)

メモリー: PC3200 (デュアルチャンネル) CL3 4GB

チップセット: インテル I875P

SCSI: Ultra320

HDD: Ultra320 36GB

OS: マイクロソフト　Windows XP Professional SP2

HyperChem: バージョン7.51

Rotation Angles: Gamma, 60.0; Delta, 60.0; Epsilon, 60.0; Zeta, 60.0 (deg.)

Off Redispaly

Force Field: AMBER94

Dielectric: Distance Dependent; Scale Factor, 1.0

1-4 Scale Factors: Electrostatic, 0.833; van der Waals, 0.5

Cutoffs: None

Use All Atom Conditions

Single Point Calculations

or Geometry Optimization

Polak-Ribiere

RMS Gradient: 1.0, Maximum Cycles: 100

その他の性能テスト

テスト 1: 牛ロドプシン 1HZX (PDBフォーマット)

全分子数: 40

全原子数: 10,761

全タンパク数: 2

水分子数: 12

他の分子数: 26

タンパク中全残基数: 659

タンパク中全ロイシン数: 55

タンパク中全孤立電子数: 102

タンパク中全原子数: 10,505

Geometry Correction

起動: < 21 秒 (時間)

ロイシン: < 1 秒

孤立電子対: < 1 秒

Estimation of Hydrogen Atoms in Water

起動: < 25 秒

予測計算 (描画を含む): < 22 秒

Homology Modeling

起動: < 6 秒

アラインメント計算: < 1 秒

モデリング (描画を含む): < 3 秒

テスト 2：人ロドプシンモデル (HINフォーマット)

全分子数: 3

全原子数: 5,401

全タンパク数: 3

タンパク中全残基数: 340

Protein Superposition

起動: < 3 秒

マージ:

1HZX (テスト 1で使用したもの; 描画を含む): < 8 秒

重ね合わせ:

1HZX (テスト 1で使用したもの; 描画を含む): < 20 秒

Ramachandran Plot

起動: < 10 秒

プロット表示: < 1 秒

Side Chain Rotamer Modeling

起動: < 4 秒

自動（一点計算）ロータマー探索 (Faster法；力場: Amber94; 二面角: gamma = 60°, delta = 60°, epsilon = 60°, zeta = 60°; 再描画: OFF; その他: デフォルト):

6 + 1 ロータマー (CYS, SER, THR, VAL): < 16 秒

36 + 1 ロータマー (ASP, PHE, HIS, ILE, LEU, ASN, TRP, TYR): < 1 分 19 秒

216 + 1 ロータマー (GLU, MET, GLN): < 7 分 35 秒

1,296 + 1 ロータマー (LYS, ARG): < 45 分 16 秒

テスト 3: 人レチノール結合タンパク 1BRP (HINフォーマット)

全分子数: 2

全原子数: 2,825

全タンパク数: 1

タンパク中全残基数: 175

Interface Selection

起動: < 2 秒

接触残基の選択 (選択ターゲット: 残基; 重原子間距離: 4 Å ; 参照選択: OFF; 含再描画): < 1 秒

Restraints

起動: < 5 秒

束縛原子表示 (主鎖; 701束縛; 描画を含む): < 5 秒

束縛生成 (主鎖; 701束縛): < 5 秒