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      最終修正日

   2008年7月29日

分子モデリング、創薬支援システム

Peripheral Modeling Professional for HyperChem^*

with Gaussian Interface for HyperChem & ONIOM Interface for Receptor

本プログラムには、周辺モデリングプログラム、Gaussian Interface for HyperChemおよびONIOM Interface for Receptorのすべての機能を搭載し、レセプターとリガンドなどのタンパク分子と低分子からなる分子システムの2-レイヤ（QM:QMおよびQM:MM）あるいは3-レイヤONIOM（QM:QM:QMおよびQM:QM:MM）計算用入力ファイルが自動生成できます。これにより、インターフェイス起動後、わずか数秒で巨大分子システムの高精度な量子化学計算がGaussianでシームレスに実行き、リアルタイムにHyperChem上の分子システムにその計算結果（電荷と構造）をフィードバックさせることができます。

本プログラムにより、HyperChemとGaussianにおける分子モデリングがシームレスとなり、既存システムでは不可能なあらゆる形態の分子システムについての高精度な論理的分子設計がGUIベースで完全自動化されて、可能となります。

以下は周辺モデリングプロフェッショナルプログラムで調整した初期構造（赤色）をもとにGaussianの2-レイヤONIOM（HF/6-31G*:Amber）で構造最適化（青色）し、その構造をHyperChemにフィードバックしてタンパク重ね合わせプログラムでRMSフィットした結果です（右図はLowレイヤの重原子座標を固定した部分構造最適化の結果です）。

推奨最小システム構成

プロセッサー: インテル Pentium III, Pentium 4, Celeron, Core2DuoおよびXeon　（推奨1GHz以上、AMDプロセッサは未確認）

オペレーティングシステム: マイクロソフト Windows 95, 98, NT4, 2000, XPおよびVista

メモリー (RAM): 256 MB (推奨512 MB以上)

グラフィックスボード：OpenGL対応ボード

その他: HD (30 MB); CD-ROMドライブ; マウス

必要なソフトウェア

HyperChem^*: 5.x/6.x/7.x/8.0x (Windows版；学生版は未確認)。ONIOM Interface for Receptorの使用にはバージョン6.x以上が必要です。

Gaussian^**: Gaussian Interface for HyperChemおよびONIOM Interface for Receptorの使用にはGaussian98W Revision A.9以上（推奨Gaussian03W以上）が必要です。^***

TclPro1.2: TclPro1.2 (Windows版)。TclPro1.2はウェブ上から無料で入手できます。

備考

本プログラムはHomology Modeling Professional for HyperChemにパッケージングされています。

^* HyperChemはHypercube, Incの登録商標です。

^** GaussianはGaussian, Inc.の登録商標です。

^*** Gaussian03のオプションが表示されますので、Gaussian98では使用できないオプションがあります。また、生成されるONIOM計算用入力ファイルをGaussian98で動作させるにはこれを手動で編集する必要があります。

本プログラムにはHyperChemおよびGaussianは含まれていません。

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