English

            

 

有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン手法の紹介

タンパク・リガンドフレキシブルドッキングプログラム、Docking Study with HyperChem

 

      最終修正日

   2008年6月5日

 

分子設計支援システム

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術

 

Gaussian Interface for HyperChem

- HyperChem GUIをコアとする、かつてない世界最強計算化学環境が実現 -

PDBフォーマットバージョン2.3、3.0、3.1対応

 

 

世界が認める最強の分子モデリング環境     

HyperChem   front-ended

HyperChemの魅力を凝縮したスライドショーへのリンク

 

世界が認める最強の計算化学環境

Gaussian   back-ended

弊社はGaussianオフィシャルサイトにトップレベルでリンクされている国内唯一のメーカーです。

 

特徴

Gaussian Interface for HyperChemはHyperChemの分子モデリング機能で用意した分子の初期構造あるいは最適化構造に対してGaussianの入力ファイルを自動的に生成して起動し、その計算結果を再びHyperChemに取り込むためのインターフェイスです。ONIOM法を除く、主なメソッドおよびオプションがほぼすべて準備できます。また、リンク1計算にも対応しています。HyperChemに取り込める情報としては、各種電荷および計算構造です。さらに、構造最適化中の途中構造をリアルタイムで更新でき、別ジョブがある場合には区別して情報を取り込むことができます。HyperChem作業領域に複数の分子がある場合、これらを同時および個別に取り扱うことができます。

Gaussian Interface for HyperChemは分子モデリング、分子エディタモジュールプログラムである周辺モデリングプログラムと一体となっており、低分子のGaussianインターフェイスとしてのみならず、タンパク構造中に含まれる基質、リガンド、金属、ポリマー(核酸等)あるいは金属錯体等のモデリングツールとして威力を発揮します。具体的には、周辺モデリングプログラムにおいて、ONIOM法等のQM/MMに代わる簡便、高速、高精度な手法(ONIOM法でのハイレイヤとローレイヤから成る方法に相当)を提供します(応用例またはチュートリアルを参照)。

  

その他の機能

その他、HyperChemにはMopac5,6,7用Z-マトリックスのインターフェイスが標準装備されていますので、内部座標を書き直さずに直接HyperChemからこれらのGaussianジョブを実行できます。さらに、Q-Chem for WindowsあるいはMOPAC2000Mopac Interface for HyperChemが利用可能な環境では、これらの場合も同様に、Gaussian入力ファイルを別途用意することなく、そのままHyperChemからGaussianジョブを実行できます。したがって、本プログラムにより、HyperChem <-> Gaussian <-> Mopac <-> Q-Chemの相互変換が可能となり、HyperChem GUIをコアとする、かつてない計算化学、分子設計環境が生まれます。

 

* Gaussian Interface for HyperChemのLink0オプションにあるCheckpointファイル入力ボックスにファイル名を指定すれば、GaussianのCheckpointファイルが生成されますので、CheckpointファイルあるいはFormcheckファイルを必要とする他のGaussianビューアで静電ポテンシャルや分子軌道などの詳細な計算結果を確認することができます。

 

推奨最小システム構成

プロセッサー: インテル Pentium III, Pentium 4, Celeron, Core2DuoおよびXeon (推奨1GHz以上、AMDプロセッサは未確認)

オペレーティングシステム: マイクロソフト Windows 95, 98, NT4, 2000, XPおよびVista*

メモリー (RAM): 256 MB (推奨512 MB)

グラフィックスボード:OpenGL対応ボード**

その他: HD (30 MB); CD-ROMドライブ; マウス

* Windows Aero機能を利用してアクティブウインドウ以外を操作しようとした場合にHyperChemとのコミュニケーションが一旦中断される場合があります。

** Windows Vistaでは Aero機能有効時にグラフィックスドライバが最適化されていないと極端な描画速度の低下および二次構造が表示できないなどの問題を招く場合があります。

 

必要なソフトウェア

HyperChem: 5.x/6.x/7.x/8.0x (Windows版;学生版は未確認)

Gaussian: Gaussian98W Revision A.9以上(Gaussian03W)

TclPro1.2: Gaussian Interface for HyperChemの使用にはTclPro1.2 (Windows版)が必要です。TclPro1.2はウェブ上から無料で入手できます。

 

備考

Gaussian Interface for HyperChemは分子モデリング、分子エディタプログラムである周辺モデリングプログラムに付属していますので、そちらもご参照ください。

 

最新、高性能・高機能タンパクモデリング、機能解析、シミュレーションパッケージ

Homology Modeling Professional for HyperChem

  

 

* HyperChemはHypercube, Incの登録商標です。

** GaussianはGaussian, Inc.の登録商標です。

*** 本製品の開発にあたり、Hypercube, Inc.およびGaussian, Inc.の承認済みです。

 

 

サイトマップ

Copyright (C) 2004-2008 Institute of Molecular Function. All Rights Reserved.