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  最終修正日

  2019/02/08

 

低分子理論有機化学研究 核内レセプター研究 構造バイオインフォマティクス研究 創薬化学研究

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム AutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術 有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン MFDD インシリコ創薬受託サービス HyperChem取り扱い

インシリコスクリーニングシステム AutoDockおよびAutoDock Vinaドッキング・スクリーニング用インターフェイス搭載

 

AutoDock Vina In Silico Screenings Interface

Docking Study with HyperChemの優れたGUI環境を利用し、AutoDock Vinaによるインシリコスクリーニングを実現

 

AutoDock Vina インシリコスクリーニング インターフェイス

 

Docking Study with HyperChemMol DimensionモジュールプログラムにAutoDock Vinaインシリコスクリーニングインターフェイスを搭載し、 全自動でAutoDock PDBQT形式の化合物データベースを作成でき、そのままAutoDock Vinaインシリコスクリーニングが実施できます。本機能を利用し、AutoDock Vinaでインシリコスクリーニングを行い、得られた有望化合物について、更にDocking Studyモジュールプログラムによる高精度ドッキングスクリーニングを実施することで、医薬や農薬候補化合物を絞り込むことが可能になります。

 

本インターフェイスはAutoDock Vinaで数十万から数百万化合物の化合物データベースをスクリーニングし、引き続き、Docking Studyで有望化合物を高精度ドッキングスクリーニングで絞り込むために有効と考えられます。AutoDock Vinaスクリーニングに関する機能は分散化に対応しており、WindowsもしくはUnixマシンでバックエンドで実施することができます。

さらに、費用対効果でも優れており、AutoDock Vinaのバーチャルスクリーニングを簡単に実行して結果を閲覧、ヒット絞り込みできるソフトとして、薬学授業などでインシリコ創薬の教材として利用が期待されます。

もちろん、AutoDock Vinaスクリーニングの結果はPyMOLなどのビューア専用ソフトでも閲覧できます。

加えて、生体高分子インデュースドフィット効果を取り扱えるフレキシブルドッキング、高精度フレキシブルドッキング、剛体ドッキング、部分構造ドッキングなどの本格的なドッキングシミュレーション技術を搭載するDocking Study with HyperChemの精密ドッキング機能およびスクリーニング機能の全機能が同時に利用できます。*

 

AutoDock Vinaバーチャルスクリーニングあるいはドッキングスタディーに必要な化合物データベースの整備はMol Dimensionモジュールプログラムが担当します。

AutoDock Vinaに必要なConfigurationファイルはPIEFIIモジュールプログラムが用意します。

AutoDock Vina 設定

実行および結果ファイルの整備はMol Dimensionモジュールプログラムが行います。

AutoDock Vina Interface

結果ファイルの閲覧、解析およびヒット絞り込みはDock Viewerモジュールプログラムで行います。

AutoDock Vinaスクリーニング結果閲覧

 

*AutoDock VinaによるインシリコスクリーニングおよびドッキングシミュレーションはDocking Study with HyperChemとは全く異なるプログラムであることに注意してください。Docking Study with HyperChemはその優れたGUI環境でAutoDock Vinaインシリコスクリーニングのためのインターフェイスを提供しているだけです。AutoDock Vinaスクリーニングを実施するにあたり、パッケージグレード(スクリーニング能力)による化合物数の制限はありません。

 

 

 

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