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最終修正日 2008年8月30日
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Homology Modeling for HyperChem
Estimation of Hydrogen Atoms in Water（水素原子初期座標評価）
特徴 生体高分子結晶構造において、水素原子は、後から任意の方向に配置されます。一部の極性残基を除く、残基あるいはリガンドなどのヘテロ分子における水素原子では、その位置が比較的限定されるため、あまり問題になりません。しかしながら、最も大量に含まれている水分子では、その水素原子位置が単純に限定できないばかりでなく、リガンド結合部位などにある場合には水素結合ネットワークを形成して重要な因子となっていることがあります。また、生体高分子表面では静電ポテンシャルや誘電率に大きく寄与しています。水素原子初期座標評価プログラムは、この生体高分子結晶中に含まれる水の水素原子初期座標を独自アルゴリズムを基に自動的にそして論理的に準備します。
初期構造の重要性について 構造最適化計算や分子動力学計算では、最適化構造は初期構造に強く依存します。分子動力学計算で初期構造に依存させないためには長時間のサンプリングと高温条件が必要です。しかしながら、生体高分子システムではそうしたシミュレーションはほぼ不可能です。そのため、このような制約の中で、より信頼性のある最終構造を得るためにははじめによりよい初期構造を準備する必要があります。
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