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有機合成化学者のための論理的ドラッグデザイン手法の紹介

タンパク・リガンドフレキシブルドッキングプログラム、Docking Study with HyperChem

 

      最終修正日

   2008年11月15日

 

新製品

高性能、高機能タンパクモデリング機能解析システムHomology Modeling for HyperChem 史上最強計算化学環境Gaussian Interface for HyperChem 世界初完全自動インターラクティブONIOM法インターフェイス 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術を搭載 完全GUIベース分子2D-3D変換プログラム 比類なき構造ベース創薬支援システム 世界初、化学第一原理のみに基づく究極の革新技術

 

Docking Study with HyperChem

Essential, Premium Essential, Professional, Advanced, and Ultimate

 

What's New in Revision D1.

なお、ライセンス期間中は常に最新版が利用可能です

 

完全自動で主観なく、生体高分子システム(タンパク質分子システム並びに核酸分子システム)およびドッキングに用いる化合物ともにフレキシブルに取り扱える真のフレキシブルドッキングプログラム。化合物に対しては網羅的なコンフォメーションサーチを実行できることはもちろん、生体高分子の側鎖や主鎖のフレキシビリティ、生体高分子システムに含まれる水分子、低分子、金属原子などのフレキシビリティを考慮したドッキングも極めて容易で、誘導適合効果(インデュースドフィット効果)などもまともに取り扱える。非グリッドアルゴリズム採用で全系を対象に精密にエネルギー計算を実施、従来製品が採用するグリッドアルゴリズムに対する圧倒的優位性。

 

アポ体に対する全自動フレキシブルドッキング結果

 

旧リビジョンへの追加、変更機能は以下の通りです。

 

現行のスタティックドッキングおよび誘導適合効果を考慮したフレキシブルドッキングに加え、アポ体へのドッキングなど、誘導適合効果を超えた大きな構造変化を取り扱える新たなフレキシブルドッキングアルゴリズムを搭載(なお、本アルゴリズムはアポ体でホロ体のドッキングモードを再現させるという複数の顧客事例で検証済みです)

汎用関数のC++ダイナミックリンクライブラリへの移行(なお、律速段階と考えられる計算化学エンジン部は高信頼性・高速HyperChemバックエンド計算エンジンを利用しています)

構造ベース予測ファーマコフォア点全点を利用したドッキングシミュレーションが可能

複数ドッキング候補サイトへの同時シミュレーションが可能

全自動生体高分子・ペプチドドッキングについても許容範囲のシミュレーション時間内で実施可能

 

リビジョンD1に対応した日本語マニュアル

日本語マニュアル目次

 

 

Homology Modeling for HyperChem

 

What's New in Revision E1.

 

タンパクホモロジーモデリング作業は主鎖、側鎖、全体構造の最適化に関する3つのモジュールを利用するだけです。また、これらモジュール内の作業は自動化されているため、ほぼ全自動で高精度にホモロジーモデリングできます。

もちろんこれまで通り、低分子、水分子、他の生体高分子、金属原子、タンパクと共有結合した低分子などが混在したまま、真空条件から水溶液条件でホモロジーモデリングするための様々な最先端のモデリング機能、機能解析、シミュレーション機能が利用できます。

 

 

旧リビジョンへの追加、変更機能は以下の通りです。

 

リビジョンC2までで搭載された豊富な機能が洗練

全11個のモジュールプログラムのユーザーインターフェイスをリニューアル

Windowsデフォルト色と高級感のあるダーク色をウインドウカラーとして選択可能

ボタンからアイコンに移行

10万原子を超える系にて安定動作確認

モーダルダイアログからマルチウインドウに移行

HyperChemを含むウインドウマネージメント機能搭載

汎用関数のC++ダイナミックリンクライブラリへの移行

コントロールセンターはワークベンチとしての機能を拡張し、作業フォルダや各種ファイル、Webなどに直接アクセス、編集でき、最善の鋳型選定並びに予備的なアラインメント準備に必要な作業環境を提供

その他、サポート対象外ではあるものの作業用フォルダやファイル名などへのこれまでのUnixベースの制限が事実上なくなりました。

 

コントロールセンターを使ったホモロジー検索作業、基本的なホモロジーモデリング作業をフィギュア付きで紹介した日本語リファレンスマニュアルを添付

日本語リファレンスマニュアル目次

 

リビジョンE1に対応した日本語マニュアル

日本語マニュアル目次

 

Homology Modeling Professional for HyperChem (PDFファイル:4MB) 旧リビジョンのパンフレットと併せてご利用ください

 

SBDD資料

 

旧リビジョンに関しては以下を参照してください。

What's New 2007/11

What's New 2007/02

 

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