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最終修正日 2008年6月5日
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新製品
Homology Modeling for HyperChem Homology Modeling Professional for HyperChem, Homology Modeling for HyperChem, ONIOM Interface for Receptor, Gaussian Interface for HyperChem
What's New in Revision C2.
2008年2月24日にメジャーアップデートした最新リビジョンC2（バージョン3.23）では現在最もニーズのある植物、昆虫由来アミノ酸配列のホモロジーモデリングをロジカルに実施するための様々な独自技術をホモロジーモデリングモジュールプログラムを中心に投入。 ホモロジー検索で適切な鋳型を用意し、ClustalWなどで用意した予備的なマルチプルアラインメント情報が準備できれば、アミノ酸一致度が10%程度でもモデリング可能。 挿入配列モデリング機能が格段に向上し、数十残基のインサーションが複数ある場合でも完全全自動モデリング ポイントミューテーション機能を追加搭載した最新リビジョンC2（バージョン3.24）が近日中に利用可能 New 2008/3/24
旧リビジョンへの追加、変更機能は以下の通りです。 ユーザーインターフェイスをHyperChemハードユーザー対象からHyperChemビギナー対象にポリーシーの全面変更（ポリシーの切り替え可能） HyperChemとは独立したUndo機能搭載 PDBフォーマットバージョン3.0および3.1に対応 核酸分子システムの構造精密化機能を追加 配列アラインメントへの多彩なプロパティーの反映が可能となり、よりロジカルなアライン作業環境を提供 保存されたS-S結合を自動モデリング 各モジュールプログラム内アルゴリズムのチューニング Windows Vista対応 （Aero機能有効時のタイトルバー操作を除く） 信頼性、安定性の向上と操作性のさらなる改善 全機能を実践チュートリアル形式で紹介した日本語版ユーザーマニュアルを改訂（文献、書籍からは絶対に得られない最先端ノウハウを満載し、文章だけで約120ページにわたる詳細解説）
Docking Study with HyperChem Essential, Premium Essential, Professional, Advanced, and Ultimate
リビジョンD1情報 リビジョンD1リリース準備始動（なお、ライセンス期間中は常に最新版が利用可能です） C++ダイナミックリンクライブラリへの段階的移行（なお、律速段階と考えられる計算化学は高信頼性・高速HyperChemバックエンド計算エンジンを利用しています） 予測ファーマコフォア点全点を利用したドッキングシミュレーションが可能 複数ドッキング候補サイトへの同時シミュレーションが可能 現行のスタティックドッキングおよび誘導適合効果を考慮したフレキシブルドッキングに加え、アポ体へのドッキングなど、誘導適合効果を超えた大きな構造変化を取り扱える新たなフレキシブルドッキングアルゴリズムを搭載（なお、本アルゴリズムはアポ体でホロ体のドッキングモードを再現させるという複数の顧客事例で検証済みです） 下図は内部構造（フェニルアラニン残基）によって完全に潰された（占有された）アポ体の潜在的な基質結合部位に対して全自動、全く主観なしにタンパクおよび化合物フレキシブルドッキングシミュレーションを実施した結果（赤色のボール&スティック）です。比較のため、結晶構造解析されたホロ体中での基質（青色のボール&スティック）を重ね合わせています。なお、ホロ体ではフェニルアラニン残基並びのその周囲の主鎖構造は全く異なった位置に移動します（タンパクに関する詳細）。
What's New in Revision C1.
旧リビジョンへの追加、変更機能は以下の通りです。 全自動タンパク・低分子フレキシブルドッキングに加え、全自動核酸・低分子フレキシブルドッキングが利用可能 化合物数の上限をなくした簡易スクリーニングオプションを追加利用可能 ユーザーインターフェイスをHyperChemハードユーザー対象からHyperChemビギナー対象にポリーシーの全面変更（ポリシーの切り替え可能） HyperChemとは独立したUndo機能搭載 PDBフォーマットバージョン3.0および3.1に対応 Windows Vista対応 （Aero機能有効時のタイトルバー操作を除く） 全機能を実践チュートリアル形式で紹介した日本語版ユーザーマニュアルを改訂（文献、書籍からは絶対に得られない最先端ノウハウを満載し、文章だけで約90ページにわたる詳細解説）
下図はDocking Study with HyperChem, Rev. C1を用いたDNAとマイナーグルーブバインダーとの再ドッキングの結果です。紫色のボール&スティックが結晶構造、緑色が最安定複合体構造です。なお、ドッキングに使用した核酸分子システムはHomology Modeling Professional for HyperChem, Rev. C2で精密化しています。
旧リビジョンのWhat's New
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