分子機能研究所|定量的構造活性相関、3D QSAR

最終修正日

2008年8月30日

定量的構造活性相関

構造ベースおよびリガンドベース 3D QSAR

構造ベースおよびリガンドベース3D QSAR手順

3D QSAR法は構造ベースおよびリガンドベース方式に大別されます。

構造ベースの3D QSAR法は、活性化合物と複合体を形成した標的タンパクあるいはその同族タンパクの3D構造が、X線結晶構造解析により実験的に解かれている場合にのみ利用可能です。

結晶構造の代わりに相似モデリングした標的タンパクを用いた場合は、化合物のin vitro活性と複合体の相互作用エネルギー(あるいはスコア)間の直線関係を得るために、結合部位の側鎖ロータマーの無数の組み合わせを考慮する必要性が出てきます。

一方、標的タンパクの詳細な3D構造が実験的に知られていない場合、リガンドベースの3D QSAR法が利用できます。

ファーマコフォアマッピング

さらに、リガンドベース3D QSARから直線関係が得られる場合、重ね合わせ構造から準備されたレセプターイメージは重ね合わせ化合物のファーマコフォア特性によってマッピングされます。これにより、このレセプター・イメージはさらにドッキングスタディーに対して利用可能となります。